数据质控报告

1 测序reads统计

测序reads统计如下表:

表1 测序数据统计

TypeNumberPercent(%)
Number of ReadsXXX
Valid BarcodesXXX
Valid UMIsXXX
Final Valid ReadsXXX

注:
Number of Reads:reads总数;
Valid Barcodes:包含有效Barcode的reads数 ;
Valid UMIs:包含有效UMIs的reads数;
Final Valid Reads:同时包含有效barcode与UMI的最终reads数。

2 数据比对

比对结果统计如下表:

表2 比对结果统计

TypeValues
Reads Mapped to GenomeXXX
Reads Mapped Confidently to GenomeXXX
Reads Mapped Confidently to Intergenic RegionsXXX
Reads Mapped Confidently to Intronic RegionsXXX
Reads Mapped Confidently to Exonic RegionsXXX
Reads Mapped Confidently to TranscriptomeXXX
Reads Mapped Antisense to GeneXXX

注:
Reads Mapped to Genomes:比对到参考基因组上的Reads在总Reads中占的比例;
Reads Mapped Confidently to Genome:比对到参考基因组并得到转录本GTF信息支持的Reads在总Reads中占的比例;
Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions:比对到基因间区域的Reads在总Reads中占的比例;
Reads Mapped Confidently to Intronic Regions:比对到内含子区域的Reads在总Reads中占的比例;
Reads Mapped Confidently to Exonic Regions:比对到外显子区域的Reads在总Reads中占的比例;
Reads Mapped Confidently to Transcriptome:比对到已知参考转录本的Reads在总Reads中占的比例;
Reads Mapped Antisense to Gene:比对到基因反义链上的Reads所占的比例。

3 图像处理

每个玻片上都有Spots,实验时被组织切片覆盖,但是切片只会覆盖到部分Spots,实验时也只会获得覆盖区域下Spots中的基因表达。

he_roi_small.png

图1 组织切片HE染色图

4 Spots统计

空间转录组的基因表达定量,主要基于UMI计数来实现的。通过UMI可以区分一条read是属于生物学重复还是技术重复,能够有效地去除PCR效应。对每个Barcode下的基因去除重复的UMI,统计unique UMI数目即表示细胞基因的表达量。分析统计如下:

表3 Spots统计

TypeValues
Sequencing SaturationXXX
Percent of Spots Under TissueXXX
Fraction Reads in Spots Under TissueXXX

注:
Sequencing Saturation:测序饱和度;
Percent of Spots Under Tissue:切片组织下Spots的比例;
Fraction Reads in Spots Under Tissue:切片组织下Reads的比例。

表4 不同水平Spots统计

LevelXXX
Number of SupSpotsXXX
Median UMI Counts per SupSpotXXX
Median Genes per SupSpotXXX
Total Genes DetectedXXX

注:
Level:分辨率水平;
Number of SupSpots:一个或多个spot合并成的supspot个数;
Median UMI Counts per SupSpot:每个SupSpot的UMI中位数;
Median Genes per SupSpot:每个SupSpot中基因数目的中位数;
Total Genes Detected:基因总数。

roi_umi_count_small.png

图2 组织UMI count统计图

5 聚类分析

图3 cluster聚类图

6 分辨率水平说明

百创S1000芯片可实现多级分辨率分析。通过调整supspot level参数,选取不同大小的spot点数作为分析单元,可以实现不同分辨率的数据分析和数据挖掘,最高分辨率supspot level 1可达到5μm亚细胞水平。

表5 supspot level分辨率表

SupSpot Level分辨率Spot点数
13100μm469
750μm127
642μm91
535μm61
427μm37
320μm19
210μm7
15μm1

level2.png

图4 supspot level与spot点数图