Produkte

10x Genomics Visium Ruimtelike Transkriptoom

Ruimtelike transkriptomika is 'n voorpunt-tegnologie wat navorsers in staat stel om geenuitdrukkingspatrone binne weefsels te ondersoek, terwyl hul ruimtelike konteks bewaar word.Een kragtige platform in hierdie domein is 10x Genomics Visium tesame met Illumina-volgordebepaling.Die beginsel van 10X Visium lê op 'n gespesialiseerde skyfie met 'n aangewese vangarea waar weefselafdelings geplaas word.Hierdie vangarea bevat strepieskode kolle, wat elk ooreenstem met 'n unieke ruimtelike ligging binne die weefsel.Die vasgevang RNA-molekules van die weefsel word dan gemerk met unieke molekulêre identifiseerders (UMI's) tydens die omgekeerde transkripsieproses.Hierdie strepieskode kolle en UMI's maak presiese ruimtelike kartering en kwantifisering van geenuitdrukking by 'n enkelsel-resolusie moontlik.Die kombinasie van ruimtelike strepieskode-monsters en UMI's verseker die akkuraatheid en spesifisiteit van die gegenereerde data.Deur hierdie Ruimtelike Transkriptomika-tegnologie te gebruik, kan navorsers 'n dieper begrip kry van die ruimtelike organisasie van selle en die komplekse molekulêre interaksies wat binne weefsels voorkom, wat waardevolle insigte bied in die meganismes onderliggend aan biologiese prosesse in verskeie velde, insluitend onkologie, neurowetenskap, ontwikkelingsbiologie, immunologie , en botaniese studies.

Platform: 10X Genomics Visium en Illumina NovaSeq

VAB prys:VS $0,5 - 9 999 / Stuk

Minimum bestelhoeveelheid:100 stukke/stukke

Voorsieningsvermoë:10000 Stuk/Stuks per maand

Kontak Ons

Diensbesonderhede

Bioinformatika

Demo resultate

Uitgestalte publikasies

Kenmerke

● Resolusie: 100 µM

● Koldeursnee: 55 µM

● Aantal plekke: 4992

● Vang area: 6,5 x 6,5 mm

● Elke strepieskodekol is gelaai met primers wat uit 4 afdelings bestaan:

- poli(dT) stert vir mRNA-priming en cDNA-sintese

- Unieke Molekulêre Identifiseerder (UMI) om amplifikasie-vooroordeel reg te stel

- Ruimtelike strepieskode

- Bindingsvolgorde van gedeeltelike lees 1 volgordebepaling primer

● H&E-kleuring van snitte

Voordele

●Eenstopdiens: integreer alle ervaring- en vaardigheidsgebaseerde stappe, insluitend krio-seksie, kleuring, weefseloptimering, ruimtelike strepieskodering, biblioteekvoorbereiding, volgordebepaling en bioinformatika.

● Hoogs bekwame tegniese span: met ondervinding in meer as 250 weefseltipes en 100+ spesies insluitend mens, muis, soogdier, visse en plante.

●Intydse opdatering van die hele projek: met volle beheer van eksperimentele vordering.

●Omvattende standaard bioinformatika:pakket bevat 29 ontledings en 100+ syfers van hoë gehalte.

●Pasgemaakte data-analise en visualisering: beskikbaar vir verskillende navorsingsversoeke.

●Opsionele gesamentlike analise met enkelsel mRNA volgordebepaling

Spesifikasies

Voorbeeldvereistes

Biblioteek

Opeenvolgingstrategie

Data aanbeveel

Kwaliteitsbeheer

OKT-ingebedde cryo-monsters, FFPE-monsters

(Optimale deursnee: ongeveer 6x6x6 mm3)

3 blokke per monster

10X Visium cDNA-biblioteek

Illumina PE150

50K PE lees per plek

(60 Gb)

RIN>7

Vir meer besonderhede oor voorbeeldvoorbereidingsleiding en dienswerkvloei, praat gerus met aBMKGENE deskundige

Dienswerkvloei

In die monstervoorbereidingsfase word 'n aanvanklike grootmaat-RNA-ekstraksieproef uitgevoer om te verseker dat 'n hoë-gehalte RNA verkry kan word.In die weefseloptimaliseringstadium word die snitte gekleur en gevisualiseer en die permeabiliseringstoestande vir mRNA vrystelling uit weefsel word geoptimaliseer.Die geoptimaliseerde protokol word dan tydens biblioteekkonstruksie toegepas, gevolg deur volgordebepaling en data-analise.

Die volledige dienswerkvloei behels intydse opdaterings en kliëntbevestigings om 'n responsiewe terugvoerlus te handhaaf, wat gladde projekuitvoering verseker.

Vorige: Vollengte mRNA-volgordebepaling-Nanopore

Volgende: BMKMANU S1000 Ruimtelike Transkriptoom

Sluit die volgende ontleding in:

Datakwaliteitbeheer:

o Data-uitset en kwaliteit telling verspreiding

o Geenopsporing per kol

o Weefseldekking

Binne-steekproef analise:

o Gene rykdom

o Kolgroepering, insluitend verminderde dimensie-analise

o Differensiële uitdrukkingsanalise tussen trosse: identifikasie van merkergene

o Funksionele annotasie en verryking van merkergene

Intergroepanalise

o Herkombinasie van kolle van beide monsters (bv. siek en kontrole) en hergroepering

o Identifikasie van merkergene vir elke groepering

o Funksionele annotasie en verryking van merkergene

o Differensiële uitdrukking van dieselfde groep tussen groepe

Binne-steekproef Analise

Kolgroepering

10x (10)

Merkergene-identifikasie en ruimtelike verspreiding

10x (12)

Intergroep Analise

Datakombinasie van beide groepe en hergroepeer

Merkergene van nuwe trosse

Verken die vooruitgang gefasiliteer deur BMKGene se ruimtelike transkriptomika-diens deur 10X Visium In hierdie uitgesproke publikasies:

Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, 'n potensiële Drosophila homoloog van soogdier adhesie GPCR's, is betrokke by antitumor reaksies op ingespuite onkogene selle in vlieë', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120

Chen, Y. et al.(2023) 'STAAL maak 'n hoë-resolusie-afbakening van tydruimtelike transkriptomiese data moontlik', Briefings in Bioinformatics, 24(2), pp. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.

Liu, C. et al.(2022) ''n Spatiotemporale atlas van organogenese in die ontwikkeling van orgideeblomme', Nucleic Acids Research, 50(17), pp. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.

Wang, J. et al.(2023) 'Integrasie van ruimtelike transkriptomika en enkelkern-RNA-volgordebepaling onthul die potensiële terapeutiese strategieë vir baarmoederleiomyoom', Internasionale Tydskrif vir Biologiese Wetenskappe, 19(8), pp. 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.