16S/18S/ITS Amplikon-volgordebepaling-NGS
Dienskenmerke
● Volgordebepalingsplatform: Illumina NovaSeq.
● Versterking van kort streke van 16S, 18S en ITS, onder andere versterkingsteikens.
● Buigsame keuses van amplikon.
● Vorige projekervaring met veelvuldige versterkingsteikens.
Diensvoordele
●Isolasievry:Vinnige identifikasie van mikrobiese samestelling in omgewingsmonsters.
●Hoë ResolusieIn lae-oorvloedige komponente in omgewingsmonsters.
●Wyd toepaslikDiverse mikrobiese gemeenskapsstudies.
●Omvattende Bioinformatiese AnaliseDie nuutste QIIME2-pakket (kwantitatiewe insig in mikrobiese ekologie) met diverse ontledings in terme van databasis, annotasie, OTU/ASV.
●Uitgebreide kundigheidMet 150 duisend amplikon-volgordebepalingsprojekte wat jaarliks uitgevoer word, bring BMKGENE meer as 'n dekade se ondervinding, 'n hoogs bekwame ontledingspan, omvattende inhoud en uitstekende na-verkope ondersteuning.
Diensspesifikasies
| Biblioteek | Volgordebepalingstrategie | Aanbevole data |
| Amplikon | Illumina PE250 | 50/100/300K etikette (Leespare) |
Diensvereistes
| Konsentrasie (ng/µL) | Totale bedrag (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Grond/slyk: 1-2 g
● Derminhoud-dier: 0.5-2g
● Derminhoud-insekte: 0.1-0.25g
● Plantoppervlak (verrykte sediment): 0.1-0.5g
● Fermentasiebouillonverrykte sediment): 0.1-0.5g
● Ontlasting (groot diere): 0.5-2g
● Ontlasting (muis): 3-5 korrels
● Pulmonale alveolêre lavagevloeistof: filterpapier
● Vaginale depper: 5-6 deppers
● Vel-/genitale depper/speeksel/mond sagteweefsel/faringeale depper/rektale depper: 2-3 deppers
● Oppervlakmikroörganismes: filterpapier
● Waterliggaam/lug/biofilm: filterpapier
● Endofiete: 1-2g
● Tandplak: 0.5-1g
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Sluit die volgende ontleding in:
- Rou data kwaliteitsbeheer
- OTU-groepering / Geraasdegenerasie (ASV)
- OTU-annotasie
- Alfa-diversiteitsanalise: verskeie indekse, insluitend Shannon, Simpson en ACE.
- Beta-diversiteitsanalise
- Intergroepanalise
- Korrelasie-analise: tussen omgewingsfaktore en OUT-samestelling en -diversiteit
- 16S funksionele geenvoorspelling
Histogram van taksonomiese verspreiding
taksonomiese oorvloedsgroepering hittekaart
Alfa-diversiteitsanalise: verdunningskurwe
beta-diversiteitsanalise: NMDS
Intergroepanalise: LEFSE-biomerkerontdekking
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se amplikon-volgordebepalingsdienste met Illumina moontlik gemaak word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Dong, C. et al. (2022) 'Samestelling, Kernmikrobiota en Funksie van die Rizosfeer Grond- en Basmikrobiota in Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Sintetiese bakteriële konsortium-oorplanting vir die behandeling van Gardnerella vaginalis-geïnduseerde bakteriële vaginose in muise', Microbiome, 11(1), pp. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. en Liu, H. (2022) 'Mikrobiome van lugstof versamel tydens die grondgebaseerde geslote bioregeneratiewe lewensondersteuningseksperiment “Lunar Palace 365”', Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Voerstofafhanklike oorvloed van funksionele gene wat verband hou met stikstoftransformasie het stikstofverlies in kompostering beheer', Bioresource Technology, 361, bl. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
