16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Diensvoordele
● Isolasievrye en vinnige identifikasie van mikrobiese samestelling in omgewingsmonsters
● Hoë resolusie in min-volop komponente in omgewingsmonsters
● Nuutste QIIME2-ontledingsvloei met diverse ontledings in terme van databasis, annotasie, OTU/ASV.
● Hoë deurset, hoër akkuraatheid
● Van toepassing op diverse mikrobiese gemeenskapstudies
● BMK besit uitgebreide ondervinding met meer as 100 000 monsters/jaar, wat grond, water, gas, slyk, ontlasting, ingewande, vel, fermentasiebouillon, insekte, plante, ens.
● BMKCloud het data-interpretasie gefasiliteer wat 45 gepersonaliseerde ontledingsinstrumente bevat
Diensspesifikasies
| OpeenvolgingPlatform | Biblioteek | Aanbevole data-opbrengs | Geskatte omkeertyd |
| Illumina NovaSeq-platform | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 dae |
Bioinformatika-ontledings
● Rou data kwaliteit beheer
● OTU-groepering/de-geraas (ASV)
● OTU-aantekening
● Alfa-diversiteit
● Beta-diversiteit
● Intergroepanalise
● Assosiasie-analise teen eksperimentele faktore
● Funksie geen voorspelling
Voorbeeldvereistes en aflewering
Voorbeeldvereistes:
VirDNA-ekstrakte:
| Voorbeeld tipe | Bedrag | Konsentrasie | Reinheid |
| DNA-ekstrakte | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Vir omgewingsmonsters:
| Voorbeeld tipe | Aanbevole monsternemingsprosedure |
| Grond | Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Oorblywende verdorde stof moet van oppervlak verwyder word;Maal groot stukke en gaan deur 2 mm filter;Aliquot monsters in steriele EP-buis of cyrotube vir bespreking. |
| Ontlasting | Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Versamel en verdeel monsters in steriele EP-buis of kriobuis vir bespreking. |
| Derminhoud | Monsters moet onder aseptiese toestand verwerk word.Was versamelde weefsel met PBS;Sentrifugeer die PBS en versamel die neerslagmiddel in EP-buise. |
| Slyk | Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Versamel en verdeel slykmonster in steriele EP-buis of kriobuis vir bespreking |
| Waterliggaam | Vir monster met beperkte hoeveelheid mikrobiese, soos kraanwater, putwater, ens., Versamel ten minste 1 L water en gaan deur 0.22 μm filter om mikrobiese op die membraan te verryk.Berg die membraan in steriele buis. |
| Vel | Skraap veloppervlak versigtig met steriele watte depper of chirurgiese lem en plaas dit in steriele buis. |
Aanbevole voorbeeldaflewering
Vries die monsters in vloeibare stikstof vir 3-4 uur en stoor in vloeibare stikstof of -80 grade tot langtermyn bespreking.Monsterversending met droë-ys word vereis.
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
1.Spesies verspreiding
2. Hittekaart: Spesierykdomgroepering
3.Rare faksiekurwe
4.NMDS-analise
5.Lefse-analise
BMK saak
Vetsugtige individue met en sonder tipe 2-diabetes toon verskillende ingewande mikrobiese funksionele kapasiteit en samestelling
Gepubliseer:Selgasheer en mikrobe, 2019
Opeenvolgingstrategie:
Maer nie-diabetes (n=633);Vetsugtige nie-diabetes (n=494);Vetsugtig-tipe 2-diabetes (n=153);
Teikenstreek: 16S rDNA V1-V2
Platform: Illumina Miseq (NGS-gebaseerde amplicon-volgordebepaling)
Subset van DNA-ekstrakte is onderwerp aan metagenomiese volgordebepaling op Illumina Hiseq
Sleutel resultate
Mikrobiese profiele van hierdie metaboliese siektes is suksesvol gedifferensieer.
Deur mikrobiese kenmerke gegenereer deur 16S-volgordebepaling te vergelyk, is gevind dat vetsug verband hou met veranderinge in mikrobiese samestelling, individuele kenmerke, veral beduidende afname in Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, ens. Daarbenewens is gevind dat T2D geassosieer word met toename in Escherichia/shigella .
Verwysing
Thingholm, LB, et al."Vesugtige individue met en sonder tipe 2-diabetes toon verskillende dermmikrobiese funksionele vermoë en samestelling."Selgasheer en mikrobe26.2 (2019).
