16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Diensvoordele
● Langlees wat die vollengte-reeks van 16S/18S/ITS openbaar
● Hoogs akkurate basisoproepe met PacBio CCS-modus-volgordebepaling
● Spesievlak-resolusie in OTU/ASV-aantekening
● Nuutste QIIME2-ontledingsvloei met diverse ontledings in terme van databasis, annotasie, OTU/ASV.
● Van toepassing op diverse mikrobiese gemeenskapstudies
● BMK besit uitgebreide ondervinding met meer as 100 000 monsters/jaar, wat grond, water, gas, slyk, ontlasting, ingewande, vel, fermentasiebouillon, insekte, plante, ens.
● BMKCloud het data-interpretasie gefasiliteer wat 45 gepersonaliseerde ontledingsinstrumente bevat
Diensspesifikasies
| OpeenvolgingPlatform | Biblioteek | Aanbevole data | Omkeertyd |
| PacBio Vervolg II | SMRT-klok | 5K/10K/20K Tags | 44 Werksdae |
Bioinformatika-ontledings
● Rou data kwaliteit beheer
● OTU-groepering/de-geraas (ASV)
● OTU-aantekening
● Alfa-diversiteit
● Beta-diversiteit
● Intergroepanalise
● Assosiasie-analise teen eksperimentele faktore
● Funksie geen voorspelling
Voorbeeldvereistes en aflewering
Voorbeeldvereistes:
VirDNA-ekstrakte:
| Voorbeeld tipe | Bedrag | Konsentrasie | Reinheid |
| DNA-ekstrakte | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Vir omgewingsmonsters:
| Voorbeeld tipe | Aanbevole monsternemingsprosedure |
| Grond | Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Oorblywende verdorde stof moet van oppervlak verwyder word;Maal groot stukke en gaan deur 2 mm filter;Aliquot monsters in steriele EP-buis of cyrotube vir bespreking. |
| Ontlasting | Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Versamel en verdeel monsters in steriele EP-buis of kriobuis vir bespreking. |
| Derminhoud | Monsters moet onder aseptiese toestand verwerk word.Was versamelde weefsel met PBS;Sentrifugeer die PBS en versamel die neerslagmiddel in EP-buise. |
| Slyk | Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Versamel en verdeel slykmonster in steriele EP-buis of kriobuis vir bespreking |
| Waterliggaam | Vir monster met beperkte hoeveelheid mikrobiese, soos kraanwater, putwater, ens., Versamel ten minste 1 L water en gaan deur 0.22 μm filter om mikrobiese op die membraan te verryk.Berg die membraan in steriele buis. |
| Vel | Skraap veloppervlak versigtig met steriele watte depper of chirurgiese lem en plaas dit in steriele buis. |
Aanbevole voorbeeldaflewering
Vries die monsters in vloeibare stikstof vir 3-4 uur en stoor in vloeibare stikstof of -80 grade tot langtermyn bespreking.Monsterversending met droë-ys word vereis.
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
1. Annotasietempo van V3+V4(Illumina)-gebaseerde mikrobiese gemeenskapsprofilering teenoor vollengte (PacBio)-gebaseerde profilering.
(Data van 30 lukraak geselekteerde projekte is vir statistiek aangewend)
2. Annotasietempo van vollengte amplikonvolgordebepaling op spesievlak in verskillende monstertipes
3.Spesies verspreiding
4.Filogenetiese boom
BMK saak
Arseenblootstelling veroorsaak dermversperringskade en gevolglike aktivering van derm-lewer-as wat lei tot inflammasie en piroptose van lewer by eende
Gepubliseer:Wetenskap van die totale omgewing,2021
Opeenvolgingstrategie:
Monsters: Kontrole vs 8 mg/kg ATO-blootgestelde groep
Opeenvolgingdata-opbrengs: 102 583 rou CCS-reekse in totaal
Beheer: 54 518 ± 747 effektiewe CCS
ATO-blootgestel: 45 050 ± 1675 effektiewe CCS
Sleutel resultate
Alfa diversiteit:ATO-blootstelling het die intestinale mikrobiese rykdom en diversiteit in die eende aansienlik verander.
Metastas analise:
In filumvlak: 2 bakteriese filums slegs in kontrolegroepe opgespoor
In genusvlak: 6 genera is beduidend verskillend gevind in relatiewe oorvloed
In spesievlak: 36 spesies is altesaam geïdentifiseer, met 6 van hulle beduidend verskillend in herlewende oorvloed
Verwysing
Thingholm, LB, et al."Vesugtige individue met en sonder tipe 2-diabetes toon verskillende dermmikrobiese funksionele vermoë en samestelling."Selgasheer en mikrobe26.2 (2019).
