16S/18S/ITS Amplikon-volgordebepaling-PacBio
Dienskenmerke
● Volgordebepalingsplatform: PacBio Revio
● Volgordebepalingsmodus: CCS (HiFi-lesings)
● Versterking van die teikengebied gevolg deur tandemkoppeling van amplikons voor voorbereiding van die HiFi SMRT-klokbiblioteek
Diensvoordele
●Hoër taksonomiese resolusie: Than kort-amplikon volgordebepaling,wat hoër OTU-klassifikasiesyfers op spesievlak moontlik maak.
●Hoogs akkurate basisoproepingPacBio CCS-modusvolgordebepaling (HiFi-lesings).
●IsolasievryVinnige identifikasie van mikrobiese samestelling in omgewingsmonsters.
●Wyd toepaslikDiverse mikrobiese gemeenskapsstudies.
●Omvattende bioinformatiese analiseDie nuutste QIIME2-pakket (kwantitatiewe insig in mikrobiese ekologie) met diverse ontledings in terme van databasis, annotasie, OTU/ASV.
●Uitgebreide kundigheidMet duisende amplikon-volgordebepalingsprojekte wat jaarliks uitgevoer word, bring BMKGENE meer as 'n dekade se ondervinding, 'n hoogs bekwame ontledingspan, omvattende inhoud en uitstekende na-verkope ondersteuning.
Diensspesifikasies
| Biblioteek | Volgordebepalingstrategie | Aanbevole data |
| Amplikon | PacBio Revio | 10/30/50 K etikette (CCS) |
Voorbeeldvereistes
| Konsentrasie (ng/µL) | Totale hoeveelheid (µg) | Volume (µL) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥20 |
Aanbevole monsteraflewering
Vries die monsters vir 3-4 uur in vloeibare stikstof en bêre dit in vloeibare stikstof of -80 grade vir langtermynbewaring. Monsterversending met droëys is nodig.
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Sluit die volgende ontleding in:
● Rou data kwaliteitsbeheer
● OTU-groepering/De-ruis (ASV)
●OTU-annotasie
●Alfa-diversiteitsanalise: verskeie indekse, insluitend Shannon, Simpson en ACE.
● Beta-diversiteitsanalise
● Intergroepanalise
●Korrelasie-analise: tussen omgewingsfaktore en OUT-samestelling en -diversiteit
●16S funksionele geenvoorspelling
Histogram van taksonomiese verspreiding
Gemeenskapsverspreiding filogenetiese boom
Alfa-diversiteitsanalise: ACE
indeks
Beta-diversiteitsanalise: PCoA
Intergroepanalise: ANOVA
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se amplikon-volgordebepalingsdienste met PacBio vergemaklik word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Gao, X. en Wang, H. (2023) 'Vergelykende Analise van Rumen Bakteriële Profiele en Funksies tydens Aanpassing aan Verskillende Fenologie (Hergroen vs. Grasagtig) in Alpynse Merino Skape met Twee Groeistadiums op 'n Alpynse Weide', Fermentasie, 9(1), bl. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. et al. (2023) 'Vaslegging van die mikrobiese donker materie in woestyngronde met behulp van kulturomika-gebaseerde metagenomika en hoë-resolusie analise', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) 'Effekte van vetsuursoute op fermentasie-eienskappe, bakteriese diversiteit en aërobiese stabiliteit van gemengde kuilvoer voorberei met lusern, rysstrooi en koringsemels', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), pp. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. et al. (2023) 'Die interaksie tussen oksidatiewe stres-biomerkers en dermmikrobiota in die antioksidant-effekte van uittreksels van Sonchus brachyotus DC. in oksasoloon-geïnduseerde derm-oksidatiewe stres in volwasse sebravisse', Antioksidante 2023, Vol. 12, Bladsy 192, 12(1), p. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
