Toets vir Transposase-Toeganklike Chromatien met Hoë Deurset Volgordebepaling (ATAC-volgordebepaling)
Dienskenmerke
● Diens vereis weefselmonsters, in plaas van geëkstraheerde nukleïensure, om die DNS-proteïen-interaksies te bewaar.
● Die ATAC-metode sluit weefseldissosiasie in, gevolg deur selkernisolasie, Tn5-behandeling en -suiwering, PCR-amplifikasie, grootteseleksie en volgordebepaling.
● Volgordebepaling in Illumina NovaSeq
Diensvoordele
●Hoë sensitiwiteit:'n Lae aanvangssellhoeveelheid is voldoende vir biblioteekvoorbereiding en -volgordebepaling.
●Hoogs Insiggewende Tegniek: onthul gelyktydig die genomiese liggings van oop chromatien en aktiewe regulatoriese elemente soos transkripsiefaktorbindingsplekke.
●Goeie eksperimentele reproduceerbaarheidTegniese replikate toon uitstekende herhaalbaarheid.
●Uitgebreide kundigheidMet honderde ATAC-volgordebepalingsprojekte wat suksesvol voltooi is, bring BMKGENE meer as 'n dekade se ondervinding, 'n hoogs bekwame ontledingspan, omvattende inhoud en uitstekende na-verkope ondersteuning.
●Moontlikheid om aan te sluit by Transkriptomika-analise: wat die geïntegreerde analise van ATAC-seq met ander omika-data soos RNA-seq moontlik maak.
● Omvattende Bioinformatiese Analise: wat nie net die identifisering van die oop streke van die chromatien en hul ooreenstemmende funksionaliteit (promoters, UT's, eksone, introne) moontlik maak nie, maar ook die analise van verskille tussen chromatien oop streke tussen monsters.
Diensspesifikasies
| Biblioteek | Volgordebepalingstrategie | Aanbevole data-uitvoer | Gehaltebeheer |
| ATAC-volgorde | Illumina PE150 | > 20 miljoen lesings Afhangende van genoomgrootte (Mens: 50 M lesings) | Q30≥85% |
Voorbeeldvereistes
Monstertipe: Weefsels, lewende of bevrore selle, bloed
● Selnommer: ≥ 106selle
● Weefselgewig: ≥ 200 mg vars weefsel
● Bloed: ≥ 4 ml
Dienswerkvloei
Eksperimentontwerp
Voorbeeld aflewering
DNS-ekstraksie
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Sluit die volgende analise in:
● Rou data kwaliteitsbeheer;
● Piekroeping gebaseer op kartering na verwysingsgenoom;
● Geenannotasie op piekligging;
● Motiefanalise: identifisering van transkripsiefaktorbindingsplekke (TFBS);
● Differensiële Piek Analise en annotasie.
1. Hittekaart op ATAC lees verspreiding by TSS en aangrensende streke (±3 kb)
2. Verspreiding van oop chromatienstreek in verskillende genoomkomponente
3. Differensiële piekroeping tussen groepe
Verken die navorsingsvorderings wat deur BMKGene se ATAC-volgordebepalingsdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Fu, A.et al.(2023) 'Telomeer-tot-telomeer genoomsamestelling van bitter spanspek (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) onthul vrugontwikkeling, samestelling en rypwordingsgenetiese eienskappe',Tuinbounavorsing, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gong, B.et al.(2023) 'Epigenetiese en transkripsionele aktivering van die sekretoriese kinase FAM20C as 'n onkogeen in glioom',Tydskrif vir Genetika en Genomika, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Hy, Y.et al.(2023) 'Butiraat keer ferroptose-weerstand in kolorektale kanker om deur c-Fos-afhanklike xCT-onderdrukking te veroorsaak',Redoksbiologie, 65, bl. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
