CircRNA-volgordebepaling-Illumina
Kenmerke
● rRNA-uitputting gevolg deur gerigte biblioteekvoorbereiding, wat strengspesifieke volgordebepalingsdata moontlik maak.
● Bioinformatiese werkvloei maak circRNA-voorspelling en ekspressiekwantifisering moontlik.
Diensvoordele
●Uitgebreide kundigheidOns het meer as 20 000 monsters verwerk, wat uiteenlopende monstertipes dek, en ons bring die rykdom van kundigheid na elke projek.
●Streng gehaltebeheerOns implementeer kernkontrolepunte oor alle stadiums, van monstervoorbereiding tot biblioteekvoorbereiding, volgordebepaling en bioinformatika. Ons noukeurige monitering verseker die lewering van konsekwent hoëgehalte-resultate.
●Meer omvattende RNA-biblioteke:Ons gebruik rRNA-uitputting in plaas van lineêre RNA-uitputting in ons voor-biblioteekvoorbereiding, wat verseker dat die volgordebepalingsdata nie net circRNA insluit nie, maar ook mRNA en lncRNA, wat gesamentlike analise van hierdie datastelle moontlik maak.
●Opsionele Analise van Mededingende Endogene RNA (ceRNA) Netwerke: Verskaf dieper insigte in sellulêre regulatoriese meganismes.
● Na-verkope ondersteuningOns verstaan hoe belangrik dit is om teenwoordig te wees, daarom strek ons verbintenis verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolg, hulp met probleemoplossing en vraag-en-antwoordsessies om enige navrae rakende die resultate te beantwoord.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Platform | Aanbevole data | Data-kwaliteitskontrole |
| rRNA-uitgeputte rigtingbiblioteek | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Voorbeeldvereistes:
Nukleotiede:
| Kons. (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Suiwerheid | Integriteit |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNS-kontaminasie op gel getoon nie. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislynhoogte |
● Plante:
Wortel, Stingel of Blaar: 450 mg
Blaar of Saad: 300 mg
Vrugte: 1.2 g
● Dier:
Hart of ingewande: 450 mg
Ingewande of Brein: 240 mg
Spier: 600 mg
Bene, hare of vel: 1.5g
● Geleedpotiges:
Insekte: 9g
Skaaldiere: 450 mg
● Volbloed:2 buise
● Selle: 106 selle
● Serum en Plasma: 6 ml
Aanbevole monsteraflewering
Houer: 2 ml sentrifugebuis (Foelie word nie aanbeveel nie)
Voorbeeldbenoeming: Groep+herhaal bv. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNAstable-buise: RNA-monsters kan in 'n RNA-stabiliseringsbuis (bv. RNAstable®) gedroog word en by kamertemperatuur verskeep word.
Dienswerkvloei
Eksperimentontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Bioinformatika
- Data-kwaliteitskontrole
- Genoombelyning
- CircRNA-identifikasie
- CircRNA-uitdrukking
- Differensiële uitdrukkingsanalise
circRNA-voorspelling: chromosomale verspreiding
Differensieel Uitgedrukte sirkRNA's – Vulkaanplot
Differensieel Uitgedrukte sirkRNA's – hiërargiese groepering
Funksionele verryking van circRNA se gasheergene
Verken die navorsingsvorderings wat deur BMKGene se circRNA-volgordebepalingsdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Wang, X. et al. (2021) 'CPSF4 reguleer sirkRNA-vorming en mikroRNA-gemedieerde geenstilmaak in hepatosellulêre karsinoom',Onkogeen2021 40:25, 40(25), bl. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. (2023) 'X oo-responsiewe transkriptome onthul die rol van die sirkulêre RNA133 in siekteweerstand deur die uitdrukking van OsARAB in rys te reguleer',Fitopatologie Navorsing, 5(1), pp. 1–14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. et al. (2023) 'CPSF3 moduleer die balans van sirkelvormige en lineêre transkripsies in hepatosellulêre karsinoom'. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al. (2023) 'Omvattende evaluering van sirkRNA's in sirrotiese kardiomiopatie voor en na leweroorplanting',Internasionale Immunofarmakologie, 114, bl. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
