circRNA-volgordebepaling-Illumina
Kenmerke
● rRNA-uitputting gevolg deur rigtinggewende biblioteekvoorbereiding, wat volgordebepalingdata moontlik maak wat string-spesifiek is.
● Bioinformatiese werkvloei maak sirRNA-voorspelling en uitdrukkingskwantifisering moontlik
Diensvoordele
●Meer omvattende RNA-biblioteke:ons gebruik rRNA-uitputting in plaas van lineêre RNA-uitputting in ons pre-biblioteek voorbereiding, om te verseker dat die volgordebepalingdata nie net circRNA insluit nie, maar ook mRNA en lncRNA, wat gesamentlike analise op hierdie datastelle moontlik maak
●Opsionele ontleding van mededingende endogene RNA (ceRNA) netwerke: verskaffing van dieper insigte in sellulêre reguleringsmeganismes
●Uitgebreide kundigheid: met 'n rekord van verwerking van meer as 20 000 monsters by BMK, wat uiteenlopende monstertipes en lncRNA-projekte strek, bring ons span 'n magdom ervaring na elke projek.
●Streng kwaliteitbeheer: ons implementeer kernbeheerpunte oor alle stadiums, van monster- en biblioteekvoorbereiding tot volgordebepaling en bioinformatika.Hierdie noukeurige monitering verseker die lewering van konsekwent hoë kwaliteit resultate.
● Ondersteuning na verkope: Ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk.Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossingshulp en V&A-sessies aan om enige navrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Platform | Aanbevole data | Data QC |
| Poly A verryk | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Voorbeeldvereistes:
Nukleotiede:
| Kons.(ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Reinheid | Integriteit |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNA-kontaminasie word op gel gewys. | Vir plante: RIN≥6.5; Vir diere: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislyn hoogte nie |
● Plante:
Wortel, stingel of blomblaar: 450 mg
Blaar of Saad: 300 mg
Vrugte: 1,2 g
● Dier:
Hart of Ingewande: 450 mg
Ingewande of brein: 240 mg
Spier: 600 mg
Bene, hare of vel: 1,5 g
● Geledpotiges:
Insekte: 9g
Skaaldiere: 450 mg
● Volbloed:2 buise
● Selle: 106 selle
● Serum en Plasma: 6 ml
Aanbevole voorbeeldaflewering
Houer: 2 ml sentrifugeerbuis (tinfoelie word nie aanbeveel nie)
Monsteretikettering: Groep+repliseer bv. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNA-stabiele buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuise (bv. RNAstable®) gedroog word en in kamertemperatuur versend word.
Dienswerkvloei
Eksperiment ontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
Bioinformatika
sirRNA-voorspelling: chromosomale verspreiding
Differensieel uitgedrukte circRNAs – Vulkaan plot
Differensieel uitgedrukte sirkRNA's – hiërargiese groepering
Funksionele verryking van circRNA se gasheergene
Verken die navorsingsvorderings wat deur BMKGene se circRNA-volgordebepalingsdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Wang, X. et al.(2021) 'CPSF4 reguleer sirRNA-vorming en mikroRNA-gemedieerde genestilte in hepatosellulêre karsinoom', Oncogene 2021 40:25, 40(25), pp. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) 'X oo-responsiewe transkriptoom openbaar die rol van die sirkelvormige RNA133 in siekteweerstand deur die regulering van uitdrukking van OsARAB in rys', Phytopathology Research, 5(1), pp. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURE/6.
Y, H. et al.(2023) 'CPSF3 moduleer die balans van sirkelvormige en lineêre transkripsies in hepatosellulêre karsinoom'.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) 'Omvattende evaluering van circRNA's in sirrotiese kardiomiopatie voor en na leweroorplanting', International Immunopharmacology, 114, p.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
