Volle lengte mRNA-volgordebepaling - PacBio
Kenmerke
● cDNA-sintese vanaf poli-A mRNA gevolg deur biblioteekvoorbereiding
● Volgordebepaling in CCS-modus, generering van HiFi-lesings
● Volgordebepaling van die volledige transkripsies
● Die analise vereis nie 'n verwysingsgenoom nie; dit kan egter gebruik word
● Bioinformatiese analise maak die analise van transkripsies, isovorm lncRNA, geenfusies, poliadenilering en geenstruktuur moontlik.
Diensvoordele
●Hoë akkuraatheidHiFi-lesings met akkuraatheid >99.9% (Q30), vergelykbaar met NGS
● Alternatiewe Splitsingsanalise: volgordebepaling van die volledige transkripsies maak isovormidentifikasie en karakterisering moontlik
●Uitgebreide kundigheidMet 'n rekord van die voltooiing van meer as 1100 PacBio-voltydse transkriptoomprojekte en die verwerking van meer as 2300 monsters, bring ons span 'n rykdom van ervaring na elke projek.
●Na-verkope ondersteuningOns verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolg, hulp met probleemoplossing en vraag-en-antwoordsessies om enige navrae rakende die resultate te beantwoord.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Volgordebepalingstrategie | Aanbevole data | Gehaltebeheer |
| PolyA-verrykte mRNA CCS-biblioteek | PacBio Vervolg II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Voorbeeldvereistes:
Nukleotiede:
● Plante:
Wortel, Stingel of Blaar: 450 mg
Blaar of Saad: 300 mg
Vrugte: 1.2 g
● Dier:
Hart of ingewande: 300 mg
Ingewande of Brein: 240 mg
Spier: 450 mg
Bene, hare of vel: 1g
● Geleedpotiges:
Insekte: 6g
Skaaldiere: 300 mg
● Volbloed1 buis
● Selle: 106 selle
| Kons. (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Suiwerheid | Integriteit |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNS-kontaminasie op gel getoon nie. | Vir plante: RIN≥7.5; Vir diere: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislynhoogte |
Aanbevole monsteraflewering
Houer: 2 ml sentrifugebuis (Tinfoelie word nie aanbeveel nie)
Voorbeeldbenoeming: Groep+herhaal bv. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNAstable-buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuise (bv. RNAstable®) gedroog word en by kamertemperatuur verskeep word.
Dienswerkvloei
Eksperimentontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Sluit die volgende ontleding in:
● Rou data kwaliteitsbeheer
● Alternatiewe Poliadenileringsanalise (APA)
● Fusie-transkripsieanalise
● Alternatiewe Splitsingsanalise
● Maatstafbepaling van Universele Enkelkopie-ortologe (BUSCO) analise
● Nuwe transkripsie-analise: voorspelling van koderingsreekse (CDS) en funksionele annotasie
● lncRNA-analise: voorspelling van lncRNA en teikens
● Mikrosatellietidentifikasie (SSR)
BUSCO-analise
Alternatiewe Splitsingsanalise
Alternatiewe Poliadenileringsanalise (APA)
Funksionele annotasie van romantranskripsies
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se Nanopore vollengte mRNA-volgordebepalingsdienste in hierdie uitgeligte publikasie moontlik gemaak word.
Ma, Y. et al. (2023) 'Vergelykende analise van PacBio- en ONT-RNA-volgordebepalingsmetodes vir die identifikasie van Nemopilema Nomurai-gif', Genomics, 115(6), bl. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'Die ontwikkelingsdinamika van die Populus-stamtranskriptoom', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dinamiese Veranderinge in Askorbiensuurinhoud tydens Vrugontwikkeling en Rypwording van Actinidia latifolia (’n Askorbaatryke Vrugtegewas) en die Geassosieerde Molekulêre Meganismes', Internasionale Tydskrif vir Molekulêre Wetenskappe, 23(10), bl. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Doeltreffende voorspelling van biosintetiese padgene betrokke by bioaktiewe polifilliene in Paryse polifil', Kommunikasiebiologie 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Gekombineerde PacBio Iso-Seq en Illumina RNA-Seq Analise van die Tuta absoluta (Meyrick) Transkriptom en Sitochroom P450 Gene', Insects, 14(4), bl. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) ''n Opname van transkriptoomkompleksiteit met behulp van PacBio enkelmolekule-intydse analise gekombineer met Illumina RNA-volgordebepaling vir 'n beter begrip van risinoleïensuurbiosintese in Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
