BMKCloud Log in
条形banner-03

Produkte

Vollengte mRNA-volgordebepaling -PacBio

De novovollengte transkriptoomvolgordebepaling, ook bekend asDe novoIso-Seq neem die voordele van PacBio-volgorder in leeslengte, wat opeenvolging van vollengte cDNA-molekules moontlik maak sonder enige onderbrekings.Dit vermy heeltemal enige foute wat in transkripsie-samestellingstappe gegenereer word en konstrueer unigeen-stelle met isovorm-vlak resolusie.Hierdie unigeen-stelle verskaf kragtige genetiese inligting as "verwysingsgenoom" op transkripsievlak.Daarbenewens, kombineer met die volgende generasie volgorde data, hierdie diens bemagtig 'n akkurate kwantifisering van isovorm-vlak uitdrukking.

Platform: PacBio Sequel II
Biblioteek: SMRT-klokbiblioteek

  • :
  • Diensbesonderhede

    Demo resultate

    Gevallestudie

    Diensvoordele

    2

    ● Direkte uitlees van vollengte cDNA-molekule van 3'-end tot 5'-end

    ● Iso-vorm vlak resolusie in volgorde struktuur

    ● Transkripsies met hoë akkuraatheid en integriteit

    ● Hoogs versoenbaar met vaiours spesies

    ● Groot volgorde-vermoë met 4 PacBio Sequel II-volgorde-platforms toegerus

    ● Hoogs ervare met meer as 700 Pacbio-gebaseerde RNA-volgordebepalingsprojekte

    ● BMKCloud-gebaseerde resultaatlewering: Pasgemaakte data-ontginning beskikbaar op platform.

    ● Na-verkope dienste geldig vir 3 maande na projek voltooiing

    Diensspesifikasies

    Platform: PacBio Sequel II

    Volgordebepalingsbiblioteek: Poly A-verrykte mRNA-biblioteek

    Aanbevole data-opbrengs: 20 Gb/monster (Afhangende van spesie)

    FLNC(%): ≥75%

    *FLNC: Vollengte nie-chimeriese transsipte

    Bioinformatika-ontledings

    ● Verwerking van rou data
     
    ● Transkripsie-identifikasie
     
    ● Volgordestruktuur
     
    ● Uitdrukkingskwantifisering
     
    ● Funksie Annotasie

    volle lengte pacbio

    Voorbeeldvereistes en aflewering

    Voorbeeldvereistes:

    Nukleotiede:

    Kons.(ng/μl)

    Hoeveelheid (μg)

    Reinheid

    Integriteit

    ≥ 120

    ≥ 0,6

    OD260/280=1.7-2.5

    OD260/230=0.5-2.5

    Beperkte of geen proteïen- of DNA-kontaminasie word op gel gewys.

    Vir plante: RIN≥7.5;

    Vir diere: RIN≥8.0;

    5.0≥ 28S/18S≥1.0;

    beperkte of geen basislyn hoogte nie

    Weefsel: Gewig (droog):≥1 g
    *Vir weefsel kleiner as 5 mg, beveel ons aan om flitsbevrore (in vloeibare stikstof) weefselmonster te stuur.

    Selsuspensie:Seltelling = 3×106- 1×107
    *Ons beveel aan om bevrore sellisaat te stuur.As daardie sel kleiner as 5×10 tel5, word flitsbevries in vloeibare stikstof aanbeveel, wat verkieslik is vir mikro-ekstraksie.

    Bloedmonsters:Volume≥1 ml

    Mikro-organismes:Massa ≥ 1 g

    Aanbevole voorbeeldaflewering

    Houer:
    2 ml sentrifugeerbuis (tinfoelie word nie aanbeveel nie)
    Monsteretikettering: Groep+repliseer bv. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...

    Versending:

    1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
    2. RNA-stabiele buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuise (bv. RNAstable®) gedroog word en in kamertemperatuur versend word.

    Dienswerkvloei

    Voorbeeld QC

    Eksperiment ontwerp

    monster aflewering

    Voorbeeld aflewering

    Loodseksperiment

    RNA-ekstraksie

    Biblioteekvoorbereiding

    Biblioteek konstruksie

    Opeenvolging

    Opeenvolging

    Data-analise

    Data-analise

    Na verkope Dienste

    Na-verkope dienste


  • Vorige:
  • Volgende:

  • 1.FLNC lengte verspreiding

    Lengte van vollengte nie-chimeriese lees (FLNC) dui die lengte van cDNA in biblioteekkonstruksie aan.FLNC-lengteverspreiding is 'n belangrike aanwyser in die evaluering van kwaliteit van biblioteekkonstruksie.

    mRNA-FLNC-lees-lengte-verspreiding

    FLNC lees lengte verspreiding

    2. Voltooi ORF-streeklengteverspreiding

    Ons gebruik TransDecoder om proteïenkoderende streke en ooreenstemmende aminosuurvolgordes te voorspel om unigeen-stelle te genereer, wat volledige nie-oortollige transkripsie-inligting in alle monsters bevat.

    mRNA-Volledige-ORF-lengte-verspreiding

    Voltooi ORF-streeklengteverspreiding

    3.KEGG-wegverrykingsanalise

    Differensieel uitgedrukte transkripsies (DET's) kan geïdentifiseer word deur NGS-gebaseerde RNA-volgordebepalingsdata op vollengte-transkripsiestelle gegenereer deur PacBio-volgordedata in lyn te bring.Hierdie DET's kan verder verwerk word vir verskeie funksionele analises, bv. KEGG-wegverrykingsanalise.

    mRNA-DEG-KEGG-weg-verryking

    DET KEGG pad verryking -Dot plot

    BMK saak

    Die ontwikkelingsdinamika van die Populus stamtranskriptoom

    Gepubliseer: Plant Biotegnologie Tydskrif, 2019

    Opeenvolgingstrategie:
    Voorbeeldversameling:stamstreke: toppunt, eerste internode(IN1), tweede internode(IN2), derde internode(IN3), internode(IN4) en internode(IN5) van Nanlin895
    NGS-volgorde:RNA van 15 individue is saamgevoeg as een biologiese monster.Drie biologiese replikate van elke punte is vir NGS-volgorde verwerk
    TGS-volgorde:Stamstreke is in drie streke verdeel, naamlik toppunt, IN1-IN3 en IN4-IN5.Elke streek is verwerk vir PacBio-volgordebepaling met vier tipes biblioteke: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb en 3-10 kb.

    Sleutel resultate

    1. 'n Totaal van 87150 vollengte-transkripsies is geïdentifiseer, waarin 2081 nuwe isovorme en 62058 nuwe alternatiewe gesplitste isovorme geïdentifiseer is.
    2.1187 lncRNA en 356 samesmeltingsgene is geïdentifiseer.
    3.Van primêre groei tot sekondêre groei is 15838 differensieel uitgedrukte transkripsies van 995 differensieel uitgedrukte gene geïdentifiseer.In alle DEG's was 1216 transkripsiefaktore, waarvan die meeste nog nie gerapporteer is nie.
    4.GO-verrykingsanalise het die belangrikheid van seldeling en oksidasie-reduksieproses in primêre en sekondêre groei aan die lig gebring.

    • PB-vollengte-RNA-volgordebepaling-gevallestudie

      Alternatiewe splitsingsgebeure en verskillende isovorme

    • PB-vollengte-RNA-alternatiewe-splyting

      WGCNA-analise op transkripsiefaktore

    Verwysing

    Chao Q, Gao ZF, Zhang D, et al.Die ontwikkelingsdinamika van die Populus stamtranskriptoom.Plant Biotechnol J. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958

    kry 'n kwotasie

    Skryf jou boodskap hier en stuur dit vir ons

    Stuur jou boodskap aan ons: