Illumina voorafgemaakte biblioteke
Kenmerke
●Platforms:Illumina NovaSeq 6000 en NovaSeq X Plus
●Volgordebepalingsmodusse:PE150 en PE250
●Kwaliteitsbeheer van biblioteke voor volgordebepaling
●Volgordebepaling van data, kwaliteitskontrole en aflewering:aflewering van QC-verslag en rou data in fastq-formaat na demultipleksering en filtering van Q30-lesings
Diensvoordele
●Veelsydigheid van Volgordebepalingsdienste:Die kliënt kan kies om te volgorde volgens baan, vloeisel of volgens hoeveelheid data wat benodig word (gedeeltelike baanvolgordebepaling).
●Uitgebreide ervaring op die Illumina-volgordebepalingsplatform:met duisende geslote projekte met verskeie spesies.
●Aflewering van volgordebepaling QC-verslag:met kwaliteitsmaatstawwe, data-akkuraatheid en algehele prestasie van die volgordebepalingsprojek.
●Volwasse volgordebepalingsproses:met 'n kort omkeertyd.
●Streng gehaltebeheerOns implementeer streng kwaliteitskontrolevereistes om die lewering van konsekwent hoë gehalte resultate te waarborg.
Voorbeeldplatforms
| Platform | Vloeisel | Volgordemodus | Eenheid | Geraamde uitset |
| NovaSeq X | 10B (8 bane) | PE150 | Enkelbaan Gedeeltelike baan | 375 GB / Laan |
| 25B (8 bane) | PE150 | Enkelbaan Gedeeltelike baan | 1000 Gb/Laan | |
| NovaSeq 6000 | SP Vloeisel (2 bane) | PE250 | Vloeisel Enkelbaan Gedeeltelike baan | 325-400 M lesings / Baan |
| S4 Vloeisesel (4 bane) | PE150 | Vloeisel Enkelbaan Gedeeltelike baan | ~800 Gb / Laan |
Voorbeeldvereistes
| Datahoeveelheid (Gb) | Kons. (qPCR) PE150 | Kons. (qPCR) PE250 | Volume | |
| Gedeeltelike baan
| G ≤ 10 | ≥ 1 nM | ≥ 2nM | ≥ 25 μl |
| 10 < G ≤ 50 | ≥ 2 nM | ≥ 3nM | ≥ 25 μl | |
| 50 < G ≤ 100 | ≥ 3 nM | ≥ 4nM | ≥ 25 μl | |
| G > 100 | ≥ 4 nM | ≥ 4nM | ≥ 25 μl | |
| Enkelbaan | Per Laan | ≥ 1.5 nM/Biblioteekpoel | ≥ 2 nM/Biblioteekpoel | ≥ 25 µL/Biblioteekpoel |
Benewens konsentrasie en totale hoeveelheid, is 'n geskikte piekpatroon ook nodig.
Let wel: Baanvolgordebepaling van lae-diversiteitsbiblioteke vereis PhiX-inskakeling om robuuste basisoproepe te verseker.
Ons beveel aan dat voorafgepoolde biblioteke as voorbeelde vir baanvolgordebepaling ingedien word. Indien u vereis dat BMKGENE biblioteekpoeling uitvoer, verwys asseblief na die biblioteekvereistes vir gedeeltelike baanvolgordebepaling.
Biblioteekgrootte (Piekkaart)
Vir PE150-volgordebepaling moet die invoeggrootte 300–400 bp wees (adapters uitgesluit); vir PE250-volgordebepaling moet die invoeggrootte 150–500 bp wees (adapters uitgesluit).
Biblioteke moet 'n enkele hoofpiek hê, geen adapterkontaminasie en geen primerdimere nie.
Kontak ons asseblief indien u monsters nie aan die vereistes vir beginmateriaal voldoen nie.
Dienswerkvloei
Biblioteekgehaltebeheer
Volgordebepaling
Datakwaliteitsbeheer
Projeklewering
Biblioteek-QC-verslag
'n Verslag oor die kwaliteit van die biblioteek word verskaf voor volgordebepaling, beoordeling van biblioteekhoeveelheid en fragmentering.
Volgordebepaling QC-verslag
Tabel 1. Statistiek oor volgordebepalingsdata.
| Voorbeeld-ID | BMKID | Rou leesstukke | Rou data (bp) | Skoon lesings (%) | K20(%) | K30(%) | GC(%) |
| C_01 | BMK_01 | 22,870,120 | 6 861 036 000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
| C_02 | BMK_02 | 14 717 867 | 4,415,360,100 | 96.00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
Figuur 1. Kwaliteitsverspreiding langs lesings in elke monster
Figuur 2. Basisinhoudverspreiding
Figuur 3. Verspreiding van geleesde inhoud in volgordebepalingsdata
