Eukariotiese mRNA-volgordebepaling-NGS
Kenmerke
● Opsionele rigtinggewende mRNA-biblioteekvoorbereiding om strengspesifieke volgordebepalingsdata te verkry
● Verskillende BI-analises dek al ons kliënte se behoeftes
Voordele
●Uitgebreide kundigheidOns het meer as 600 000 monsters verwerk, wat uiteenlopende monstertipes soos selkulture, weefsels en liggaamsvloeistowwe dek. Ons bring die rykdom van kundigheid na elke projek.
●Streng gehaltebeheerOns implementeer kernkontrolepunte oor alle stadiums, van monstervoorbereiding tot biblioteekvoorbereiding, volgordebepaling en bioinformatika. Ons noukeurige monitering verseker die lewering van konsekwent hoëgehalte-resultate.
●Omvattende AnnotasieOns gebruik verskeie databasisse om die Differensieel Uitgedrukte Gene (DEG's) funksioneel te annoteer en ooreenstemmende verrykingsontledings uit te voer. Hierdie omvattende benadering bied insigte in die sellulêre en molekulêre prosesse onderliggend aan die transkriptoomrespons, wat verseker dat u al die moontlike inligting oor u eksperiment se data kry.
●Na-verkope ondersteuningOns verstaan hoe belangrik dit is om teenwoordig te wees, daarom strek ons verbintenis verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolg, hulp met probleemoplossing en vraag-en-antwoordsessies om enige navrae rakende die resultate te beantwoord.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Volgordebepalingstrategie | Aanbevole data | Gehaltebeheer |
| Poli A verryk | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 Gb | Q30≥85% |
Voorbeeldvereistes:
Nukleotiede:
Minimum monstervereistes:
| Kons. (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Suiwerheid | Integriteit | |
| Standaardbiblioteek | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNS-kontaminasie op gel getoon nie. | Vir plante: RIN≥4.0; Vir diere: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislynhoogte |
| Rigtingbiblioteek | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNS-kontaminasie op gel getoon nie. | Vir plante: RIN≥4.0; Vir diere: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislynhoogte |
| Plante | Dier | Geleedpotiges | Volbloed | Selle |
| Wortel, Stingel of Blaar: 450 mg Blaar of Saad: 300 mg Vrugte: 1.2 g | Hart of ingewande: 300 mg Ingewande of Brein: 240 mg Spier: 450 mg Bene, hare of vel: 1g | Insekte: 6g Skaaldiere: 300 mg | 1 buis | 106 selle |
Aanbevole monsteraflewering
Houer: 2 ml sentrifugebuis (Foelie word nie aanbeveel nie)
Voorbeeld etikettering: Groep+herhaal bv. A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNA-tafelbuise: RNA-monsters kan in 'n RNA-stabiliseringsbuis (bv. RNAstable®) gedroog word en by kamertemperatuur gestuur word.
Voorbeeldvereistes en aflewering
Eksperimentontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Bioinformatika
Vir monsters met 'n beskikbare verwysingsgenoom, is die BI-analise soos volg:
ØRou data kwaliteitsbeheer
ØVerwysingsgenoombelyning
ØTranskripsiestruktuuranalise
ØEkspressie kwantifisering
ØDifferensiële uitdrukkingsanalise
ØFunksie-annotasie en -verryking
Vir monsters sonder 'n verwysingsgenoom, is hierdie die beskikbare opsie:
• Rou data kwaliteitsbeheer
•Montering met struktuuroptimalisering
•Differensiële uitdrukkingsanalise
•Funksie-annotasie en -verryking
Verwysingsgenoombelyning
Dataversadiging
Monsterkorrelasie en assessering van biologiese replikate
Differensieel Uitgedrukte Gene (DEG's)
Funksionele Annotasie van DEG's
Funksionele Verryking van DEG's
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se eukariotiese NGS mRNA-volgordebepalingsdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Huang, L. et al. (2023) 'Triklosan en triklokarban verswak die olfaktoriese kapasiteit van goudvisse deur reukstofherkenning te beperk, olfaktoriese seintransduksie te ontwrig en olfaktoriese inligtingverwerking te versteur',Waternavorsing, 233, bl. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus kaap menslike p11 om swambevattende fagosome na 'n nie-afbrekende pad te herlei',Selgasheer en mikrobe, 31(3), pp. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'TCP Transkripsiefaktore Betrokke by Lootontwikkeling van Ma Bamboes (Dendrocalamus latiflorus Munro)',Grense in Plantkunde, 13, bl. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) 'Die Chrysanthemum lavandulifolium-genoom en die molekulêre meganisme onderliggend aan diverse kapitulumtipes',Tuinbounavorsing, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) 'n Kaskade-nanoreaktor vir die verbetering van sonodinamiese terapie op kolorektale kanker via sinergistiese ROS-versterking en outofagie-blokkering',Nano Vandag, 49, bl. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
