Eukariotiese mRNA-volgordebepaling-Illumina
Voordele
ØHoogs ervare: Meer as 200 000 monsters is in BMK verwerk wat diverse monstertipes dek, insluitend selkultuur, weefsel, liggaamsvloeistof, ens. en meer as 7 000 mRNA-Seq-projekte gesluit wat verskeie navorsingsareas dek.
ØStreng kwaliteitskontrolestelsel: Kerngehaltebeheerpunte deur alle stappe, insluitend monstervoorbereiding, biblioteekvoorbereiding, volgordebepaling en bioinformatika, word noukeurig gemonitor om resultate van hoë gehalte te lewer.
ØVeelvuldige databasisse beskikbaar vir funksie-aantekeninge en verrykingstudies om diverse navorsingsdoelwitte te bereik.
ØNa-verkope dienste: Na-verkope dienste geldig vir 3 maande na projek voltooiing, insluitend projekte opvolg, foutsporing, resultate V&A, ens.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Opeenvolgingstrategie | Data aanbeveel | Kwaliteitsbeheer |
| Poly A verryk | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Voorbeeldvereistes:
Nukleotiede:
| Reinheid | Integriteit | Bedrag |
| OD260/280≥1,7-2,5 OD260/230≥0,5-2,5Beperkte of geen proteïen- of DNS-kontaminasie word op gel gewys. | Vir plante: RIN≥6.5;Vir diere: RIN≥7;28S/18S≥1.0;beperkte of geen basislynhoogte | Kons.≥30 ng/μl;Volume ≥ 10 μl;Totaal ≥ 1,5 μg |
Weefsel: Gewig (droog):≥1 g
*Vir weefsel kleiner as 5 mg, beveel ons aan om flitsbevrore (in vloeibare stikstof) weefselmonster te stuur.
Selsuspensie:Seltelling = 3×106- 1×107
*Ons beveel aan om bevrore sellisaat te stuur.Indien daardie seltelling kleiner as 5×105 is, word flitsbevriesing in vloeibare stikstof aanbeveel, wat verkieslik is vir mikro-ekstraksie.
Bloedmonsters:Volume≥1 ml
Mikro-organismes:Massa ≥ 1 g
Aanbevole voorbeeldaflewering
Houer: 2 ml sentrifugeerbuis (tinfoelie word nie aanbeveel nie)
Voorbeeldetikettering: Groep+repliseer bv. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Versending:
- Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
- RNA-stabiele buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuis gedroog word (bv. RNAstable®) en in kamertemperatuur versend word.
Dienswerkvloei
Eksperiment ontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
Bioinformatika
Eukarioties mRNA volgordebepaling analise werkvloei
Bioinformatika
ØRou data kwaliteit beheer
ØVerwysing genoombelyning
ØTranskripsiestruktuuranalise
ØUitdrukking kwantifisering
ØDifferensiële uitdrukking analise
ØFunksie annotasie en verryking
1.mRNA Data Versadigingskurwe
2.Differensiële uitdrukking analise-Vulkaan plot
3.KEGG-aantekening op DEG's
4.GO-klassifikasie op DEG's
