Evolusionêre Genetika
Diensvoordele
Takagi et al.,Die plantjoernaal, 2013
● Skatting van spesie divergensie tyd en spoed gebaseer op variasies op nukleotied en aminosure vlak
● Onthulling van meer betroubare filogenetiese verwantskap tussen spesies met minimale invloed van konvergente evolusie en parallelle evolusie
● Konstruksie van skakels tussen genetiese veranderinge en fenotipes om eienskapverwante gene te ontbloot
● Skatting van genetiese diversiteit, wat die evolusionêre potensiaal van spesies weerspieël
● Vinniger Omkeertyd
● Uitgebreide ondervinding: BMK het vir meer as 12 jaar massiewe ervaring in populasie- en evolusionêre verwante projekte opgedoen, wat honderde spesies dek, ens. en het bygedra in meer as 80 hoëvlakprojekte wat gepubliseer is in Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, ens.
Diensspesifikasies
Materiaal:
Normaalweg word ten minste drie subpopulasies (bv. subspesies of stamme) aanbeveel.Elke subpopulasie moet nie minder nie as 10 individue bevat (Plante ＞15, kan verminder word vir skaars spesies).
Opeenvolgingstrategie:
* WGS kan aangewend word vir spesies met 'n hoë-gehalte verwysingsgenoom, terwyl SLAF-Seq van toepassing is op spesies hetsy met of sonder 'n verwysingsgenoom, of verwysingsgenoom van swak gehalte.
| Van toepassing op genoomgrootte | WGS | SLAF-Tags (×10 000) |
| ≤ 500 Mb | 10×/individu | WGS word meer aanbeveel |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Bioinformatika-ontledings
● Evolusionêre analise
● Selektiewe vee
● Geenvloei
● Demografiese geskiedenis
● Divergensie tyd
Voorbeeldvereistes en aflewering
Voorbeeldvereistes:
| Spesies | Sneesdoekie | WGS-NGS | SLAF |
| Dier
| Viscerale weefsel |
0,5~1g
|
0,5 g
|
| Spierweefsel | |||
| Soogdier bloed | 1,5 ml
| 1,5 ml
| |
| Pluimvee/visbloed | |||
| Plant
| Vars Blaar | 1~2g | 0,5~1g |
| Blomblaar/Stengel | |||
| Wortel/Saad | |||
| Selle | Gekultiveerde sel |
| gDNA | Konsentrasie | Bedrag (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1,6 | 1,6-2,5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0,1 | - |
Dienswerkvloei
Eksperiment ontwerp
Voorbeeld aflewering
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
*Demo-resultate wat hier gewys word, is almal van genome wat met BMKGENE gepubliseer is
1.Evolusie-analise bevat konstruksie van filogenetiese boom, populasiestruktuur en PCA gebaseer op genetiese variasies.
Filogenetiese boom verteenwoordig taksonomiese en evolusionêre verwantskappe tussen spesies met 'n gemeenskaplike voorouer.
PCA het ten doel om nabyheid tussen sub-bevolkings te visualiseer.
Bevolkingstruktuur toon die teenwoordigheid van geneties duidelike subpopulasie in terme van alleelfrekwensies.
Chen, ens.al.,PNAS, 2020
2.Selektiewe vee
Selektiewe sweep verwys na 'n proses waardeur 'n voordelige webwerf gekies word en frekwensies van gekoppelde neutrale werwe verhoog word en dié van ongekoppelde webwerwe word verminder, wat lei tot 'n vermindering van streeks.
Genoomwye opsporing op selektiewe sweepstreke word verwerk deur die berekening van bevolkingsgenetiese indeks (π，Fst, Tajima's D) van alle SNP's binne 'n skuifvenster (100 Kb) by sekere stap (10 Kb).
Nukleotied diversiteit (π）
Tajima se D
Fiksasie-indeks (Fst)
Wu, ens.al.,Molekulêre Plant, 2018
3.Geenvloei
Wu, ens.al.,Molekulêre Plant, 2018
4. Demografiese geskiedenis
Zhang, et.al.,Natuur Ekologie & Evolusie, 2021
5.Divergensie tyd
Zhang, et.al.,Natuur Ekologie & Evolusie, 2021
BMK saak
'n Genomiese variasiekaart verskaf insigte in die genetiese basis van Lente Chinese Kool (Brassica rapa ssp. Pekinensis) seleksie
Gepubliseer: Molekulêre Plant, 2018
Opeenvolgingstrategie:
Hervolgorde: reeksdiepte: 10×
Sleutel resultate
In hierdie studie is 194 Sjinese koolsoorte verwerk vir hervolgorde met 'n gemiddelde diepte van 10×, wat 1 208 499 SNP's en 416 070 InDels opgelewer het.Filogenetiese ontleding op hierdie 194 lyne het getoon dat hierdie lyne in drie ekotipes verdeel kan word, lente, somer en herfs.Boonop het bevolkingstruktuur en PCA-analise aangedui dat lente-Chinese kool afkomstig is van 'n herfskool in Shandong, China.Hierdie is daarna aan Korea en Japan bekendgestel, met plaaslike lyne gekruis en 'n paar laat-bout-variëteite van hulle is terug na China ingebring en het uiteindelik Lente-Chinese kool geword.
Genoomwye skandering op lente-Chinese kool en herfskole met seleksie het 23 genomiese lokusse aan die lig gebring wat sterk seleksie deurgemaak het, waarvan twee oorvleuel is met boutyd-beheergebied gebaseer op QTL-kartering.Daar is gevind dat hierdie twee streke sleutelgene bevat wat blom reguleer, BrVIN3.1 en BrFLC1.Daar is verder bevestig dat hierdie twee gene betrokke is by boutyd deur transkriptoomstudie en transgeniese eksperimente.
 Bevolkingstruktuurontleding op Sjinese kool |  Genetiese inligting oor Chinese kool seleksie |
Tongbing, et al."'n Genomiese variasiekaart bied insig in die genetiese basis van lente Chinese kool (Brassica rapa ssp.pekinensis) seleksie."Molekulêre plante,11(2018):1360-1376.
