Volle lengte mRNA-volgordebepaling - Nanopore
Kenmerke
● Vaslegging van poli-A mRNA gevolg deur cDNA-sintese en biblioteekvoorbereiding
● Volgordebepaling van die volledige transkripsies
● Bioinformatiese analise gebaseer op belyning met 'n verwysingsgenoom
● Bioinformatiese analise sluit nie net uitdrukking op geen- en isovormvlak in nie, maar ook analise van lncRNA, geenfusies, poliadenilering en geenstruktuur
Diensvoordele
●Kwantifisering van uitdrukking op die isovormvlak: maak gedetailleerde en akkurate ekspressie-analise moontlik, wat veranderinge onthul wat moontlik gemasker kan word wanneer die hele geen-ekspressie geanaliseer word
●Verminderde data-eise:In vergelyking met Volgende-Generasie-volgordebepaling (NGS), toon Nanoporie-volgordebepaling laer datavereistes, wat ekwivalente vlakke van geenekspressie-kwantifiseringsversadiging met kleiner data moontlik maak.
●Hoër akkuraatheid van uitdrukkingskwantifiseringbeide op geen- en isovormvlak
●Identifisering van addisionele transkriptomiese inligtingalternatiewe poliadenilering, fusiegene en lcnRNA en hul teikengene
●Uitgebreide kundigheidOns span bring 'n rykdom van ervaring na elke projek, nadat hulle meer as 850 Nanopore-volwaardige transkriptoomprojekte voltooi het en meer as 8 000 monsters verwerk het.
●Na-verkope ondersteuningOns verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolg, hulp met probleemoplossing en vraag-en-antwoordsessies om enige navrae rakende die resultate te beantwoord.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Volgordebepalingstrategie | Aanbevole data | Gehaltebeheer |
| Poli A verryk | Nanoporie PromethION 48 | 6/12 Gb | Gemiddelde kwaliteittelling: Q10 |
Voorbeeldvereistes:
Nukleotiede:
| Kons. (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Suiwerheid | Integriteit |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNS-kontaminasie op gel getoon nie. | Vir plante: RIN≥7.0; Vir diere: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislynhoogte |
● Plante:
Wortel, Stingel of Blaar: 450 mg
Blaar of Saad: 300 mg
Vrugte: 1.2 g
● Dier:
Hart of ingewande: 300 mg
Ingewande of Brein: 240 mg
Spier: 450 mg
Bene, hare of vel: 1g
● Geleedpotiges:
Insekte: 6g
Skaaldiere: 300 mg
● Volbloed1 buis
● Selle: 106 selle
Aanbevole monsteraflewering
Houer: 2 ml sentrifugebuis (Foelie word nie aanbeveel nie)
Voorbeeldbenoeming: Groep+herhaal bv. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNAstable-buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuise (bv. RNAstable®) gedroog word en by kamertemperatuur verskeep word.
Dienswerkvloei
Nukleotiede:
Voorbeeld aflewering
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Dienswerkvloei
Weefsel:
Eksperimentontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
● Rou dataverwerking
● Transkripsie-identifikasie
● Alternatiewe splitsing
● Ekspressiekwantifisering op geenvlak en isovormvlak
● Differensiële uitdrukkingsanalise
● Funksie-annotasie en -verryking (DEG's en DET's)
Alternatiewe splitsingsanalise
Alternatiewe Poliadenileringsanalise (APA)
lncRNA-voorspelling
Annotasie van nuwe gene
Groepering van DET's
Proteïen-proteïennetwerke in DEG's
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se Nanopore-volledige mRNA-volgordebepalingsdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Gong, B. et al. (2023) 'Epigenetiese en transkripsionele aktivering van die sekretoriese kinase FAM20C as 'n onkogeen in glioom', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Hy, Z. et al. (2023) 'Volledige transkriptoomvolgordebepaling van limfosoïete wat op IFN-γ reageer, toon 'n Th1-skeefde immuunrespons in bot (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, bl. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Vergelykende analise van PacBio- en ONT-RNA-volgordebepalingsmetodes vir die identifikasie van Nemopilema Nomurai-gif', Genomics, 115(6), bl. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Nano-seq-analise toon verskillende funksionele neigings tussen eksosome en mikrovesikels afgelei van hUMSC', Stamselnavorsing en -terapie, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABELE/6.
