De novo Swam Genoom Vergadering
BMKGENE bied veelsydige oplossings vir swamgenome, wat voorsiening maak vir uiteenlopende navorsingsbehoeftes en verlangde genoomvolledigheid. Deur slegs kortlesing Illumina-volgordebepaling te gebruik, kan 'n konsepgenoom gegenereer word. Kortlesings en langlesing-volgordebepaling met behulp van Nanopore of Pacbio word gekombineer vir 'n meer verfynde swamgenoom met langer contigs. Boonop verbeter die integrasie van Hi-C-volgordebepaling die vermoëns verder, wat die bereiking van 'n volledige chromosoomvlakgenoom moontlik maak.
Dienskenmerke
Met drie moontlike opsies om van te kies, afhangende van die verlangde mate van genoomvolledigheid:
● Konsepgenoomopsie: Kortleesvolgordebepaling met Illumina NovaSeq PE150.
● Swam Fyn Genoom Opsie:
Genoomopname: Illumina NovaSeq PE150.
Genoomsamestelling: PacBio Revio (HiFi-lesings) of Nanopore PromethION 48.
● Chromosoomvlak-fungusgenoom:
Genoomopname: Illumina NovaSeq PE150.
Genoomsamestelling: PacBio Revio (HiFi-lesings) of Nanopore PromethION 48.
Contig-verankering met Hi-C-montering.
Diensvoordele
●Verskeie Volgordebepalingstrategieë BeskikbaarVir verskillende navorsingsdoelwitte en vereistes van genoomvolledigheid
●Volledige Bioinformatika Werkvloei:Dit sluit in genoomsamestelling en die voorspelling van veelvuldige genomiese elemente, funksionele geenannotasie en contig-verankering.
●Uitgebreide kundigheidMet meer as 12 000 mikrobiese genome saamgestel, bring ons meer as 'n dekade se ondervinding, 'n hoogs bekwame ontledingspan, omvattende inhoud en uitstekende na-verkope ondersteuning.
●Na-verkope ondersteuning:Ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolg, hulp met probleemoplossing en vraag-en-antwoordsessies om enige navrae rakende die resultate te beantwoord.
Diensspesifikasies
| Diens | Volgordebepalingstrategie | Gehaltebeheer |
| Konsepgenoom | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Fyn Genoom | Genoomopname: Illumina PE150 50 x Montering: PacBio HiFi 30x of Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Eensellig) contig N50 ≥2Mb (ONT Eensellig) aangrensende N50 ≥500kb (Ander) |
| Chromosoomvlak-genoom | Genoomopname: Illumina PE150 50 x Montering: PacBio HiFi 30x of Nanopore 100x Hi-C-samestelling 100x | Kontig-ankerverhouding>90%
|
Diensvereistes
| Konsentrasie (ng/µL) | Totale hoeveelheid (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Eensellige swam: ≥3.5x1010 selle
Makro-swam: ≥10 g
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Sluit die volgende analise in:
Genoomopname:
- Volgordebepaling van datakwaliteitsbeheer
- Genoomberaming: grootte, heterosigositeit, herhalende elemente
Fyn Genoomsamestelling:
- Volgordebepaling Datakwaliteitsbeheer
- De novoVergadering
- Genoomkomponentanalise: Voorspelling van CDS en veelvuldige genomiese elemente
- Funksionele annotasie met verskeie algemene databasisse (GO, KEGG, ens.) en gevorderde databasisse (CARD, VFDB, ens.)
Hi-C-samestelling:
- Hi-C Biblioteekassering.
- Contigs anker groepering, ordening en oriëntering
- Evaluering van HI-C-samestelling: Gebaseer op verwysingsgenoom en hittekaart
Genoomopname: k-mer verspreiding
Genoomsamestelling: geen-homoloë annotasie (NR-databasis)
Genoomsamestelling: funksionele geenannotasie (GO)
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se swamgenoom-samestellingsdienste vergemaklik word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Hao, J. et al. (2023) 'Geïntegreerde omiese profilering van die medisinale sampioen Inonotus obliquus onder ondergedompelde toestande',BMC Genomika, 24(1), pp. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Genoomvolgordebepaling onthul die evolusie en patogene meganismes van die koringskerp oogvlek-patogeen Rhizoctonia cerealis',Die Gewasjoernaal, 11(2), pp. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Genoombronne vir Vier Clarireedia-spesies wat Dollarvlek op Diverse Turfgrasse Veroorsaak',Plantsiekte, 107(3), bl. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Genetiese en Molekulêre Bewyse van 'n Tetrapolêre Paringstelsel in die Eetbare Sampioen Grifola frondosa',Tydskrif vir Swamme, 9(10), bl. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
