Genoomwye Assosiasie-analise
Werkvloei
Diensvoordele
●Uitgebreide kundigheid en publikasierekordsMet opgehoopte ervaring in GWAS het BMKGene honderde spesieprojekte in populasie-GWAS-navorsing voltooi, navorsers gehelp om meer as 100 artikels te publiseer, en die kumulatiewe impakfaktor het 500 bereik.
● Omvattende bioinformatika-analiseDie werkvloei sluit SNP-eienskap-assosiasie-analise in, wat 'n stel kandidaatgene en hul ooreenstemmende funksionele annotasie lewer.
●Hoogs bekwame bioinformatika-span en kort ontledingsiklusMet groot ervaring in gevorderde genomika-analise, lewer BMKGene se span omvattende ontledings met 'n vinnige omkeertyd.
●Na-verkope ondersteuning:Ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolg, hulp met probleemoplossing en vraag-en-antwoordsessies om enige navrae rakende die resultate te beantwoord.
Diensspesifikasies en -vereistes
| Tipe volgordebepaling | Aanbevole bevolkingskaal | Volgordebepalingstrategie | Nukleotiedvereistes |
| Hele Genoomvolgordebepaling | 200 monsters | 10x | Konsentrasie: ≥ 1 ng/ µL Totale hoeveelheid ≥ 30ng Beperkte of geen agteruitgang of kontaminasie |
| Spesifieke-Lokus Versterkte Fragment (SLAF) | Etiketdiepte: 10x Aantal etikette: < 400 Mb: WGS word aanbeveel < 1Gb: 100K etikette 1Gb > 2Gb: 300K etikette Maksimum 500k etikette | Konsentrasie ≥ 5 ng/µL Totale hoeveelheid ≥ 80 ng Nanodrup OD260/280=1.6-2.5 Agarosegel: geen of beperkte afbraak of kontaminasie
|
Materiaalkeuse
Verskillende variëteite, subspesies, landrasse/geenbanke/gemengde families/wilde hulpbronne
Verskillende variëteite, subspesies, landrasse
Halfbroer/volbroer/wilde hulpbronne
Dienswerkvloei
Eksperimentontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Sluit die volgende ontleding in:
- Genoomwye assosiasie-analise: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM-model
- Funksionele annotasie van kandidaatgene
SNP-eienskap-assosiasie-analise – Manhattan-plot
SNP-eienskapassosiasie-analise – QQ-plot
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se de GWAS-dienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies:
Lv, L. et al. (2023) 'Insig in die genetiese basis van ammoniak-toleransie in skeermes-mossel Sinonovacula constricta deur genoomwye assosiasiestudie',Akwakultuur, 569, bl. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Multi-omika-ontledings van 398 vosstertgierst-toevoegings onthul genomiese streke wat verband hou met domestisering, metaboliet-eienskappe en anti-inflammatoriese effekte',Molekulêre Plant, 15(8), pp. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Genoomwye Assosiasiekartering van Hulless Barely Fenotipes in Droogte-omgewing',Grense in Plantkunde, 13, bl. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, wat kodeer vir 'n sulfotransferase, verleen weerstand teen sojaboonmosaïekvirusstamme G2 en G3',Plant, Sel en Omgewing, 44(8), pp. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
