Hi-C-gebaseerde chromatieninteraksie
Dienskenmerke
● Volgordebepaling op Illumina NovaSeq met PE150.
● Diens vereis weefselmonsters, in plaas van geëkstraheerde nukleïensure, om met formaldehied te kruisbind en die DNS-proteïen-interaksies te bewaar.
● Die Hi-C-eksperiment behels restriksie en eindherstel van die klewerige punte met biotien, gevolg deur sirkularisering van die gevolglike stomp punte terwyl die interaksies behoue bly. Die DNS word dan met streptavidienkrale afgetrek en gesuiwer vir daaropvolgende biblioteekvoorbereiding.
Diensvoordele
●Optimale Restriksie-ensiemontwerpom 'n hoë Hi-C-doeltreffendheid op verskillende spesies te verseker met tot 93% geldige interaksiepare.
●Uitgebreide kundigheid en publikasierekords:BMKGene het uitgebreide ervaring met >2000 Hi-C volgordebepalingsprojekte van 800 verskillende spesies en verskeie patente. Meer as 100 gepubliseerde gevalle met 'n kumulatiewe impakfaktor van meer as 900.
●Hoogsgeskoolde Bioinformatika-span:met interne patente en sagteware-kopieregte vir Hi-C-eksperimente en data-analise en 'n selfontwikkelde visualiseringsdatasagteware.
●Na-verkope ondersteuning:Ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolg, hulp met probleemoplossing en vraag-en-antwoordsessies om enige navrae rakende die resultate te beantwoord.
●Omvattende AnnotasieOns gebruik verskeie databasisse om die gene met geïdentifiseerde variasies funksioneel te annoteer en die ooreenstemmende verrykingsanalise uit te voer, wat insigte oor verskeie navorsingsprojekte bied.
Diensspesifikasies
| Biblioteek | Volgordebepalingstrategie | Aanbevole data-uitvoer | Hi-C Sein Resolusie |
| Hi-C-biblioteek | Illumina PE150 | Chromatienlus: 150x TAD: 50x | Chromatienlus: 10Kb TAD: 40Kb |
Diensvereistes
| Voorbeeldtipe | Vereiste bedrag |
| Dierweefsel | ≥2g |
| Volbloed | ≥2 ml |
| Swamme | ≥1g |
| Plant- jong weefsel | 1g/aliquot, 2-4 aliquots word aanbeveel |
| Gekweekte selle | ≥1x107 |
Sluit die volgende analise in:
● Rou data-kwaliteitskontrole;
● Kartering en Hi-C-biblioteek-QC: geldige interaksiepare en interaksie-vervaleksponente (IDE's);
● Genoomwye interaksieprofilering: cis/trans-analise en Hi-C-interaksiekaart;
● Analise van A/B-kompartementverspreiding;
● Identifikasie van TAD's en chromatienlusse;
● Differensiële analise op 3D-chromatienstruktuurelemente tussen monsters en ooreenstemmende funksionele annotasie van geassosieerde gene.
Cis- en trans-proporsieverspreiding
Hittekaart van chromosomale interaksies tussen monsters
Genoomwye verspreiding van A/B-kompartemente
Genoomwye verspreiding van chromatienlusse
Visualisering van TAD's
Verken die navorsingsvorderings wat deur BMKGene se Hi-C-volgordebepalingsdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Meng, T. et al. (2021) 'n Vergelykende geïntegreerde multi-omika-analise identifiseer CA2 as 'n nuwe teiken vir chordoma',Neuro-Onkologie, 23(10), pp. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) '3D-disorganisasie en herrangskikking van die genoom bied insigte in die patogenese van NAFLD deur geïntegreerde Hi-C-, Nanoporie- en RNA-volgordebepaling',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), pp. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
