● Twee eksoompanele beskikbaar gebaseer op teikenverryking met probes: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) en xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Volgordebepaling op Illumina NovaSeq.
● Bioinformatiese pyplyn gerig op siekte-analise of tumoranalise.
●Teikens ProteïenkoderingsgebiedDeur proteïenkoderende streke vas te lê en te orden, word hWES gebruik om variante wat verband hou met proteïenstruktuur te openbaar.
●Koste-effektief:hWES lewer ongeveer 85% van die menslike siekte-geassosieerde mutasies van 1% van die menslike genoom op.
●Hoë akkuraatheidMet hoë volgordebepalingsdiepte fasiliteer hWES die opsporing van beide algemene variante en seldsame variante met frekwensies laer as 1%.
●Streng gehaltebeheerOns implementeer vyf kernbeheerpunte oor alle stadiums, van monster- en biblioteekvoorbereiding tot volgordebepaling en bioinformatika. Hierdie noukeurige monitering verseker die lewering van konsekwent hoëgehalte-resultate.
●Omvattende Bioinformatika-analiseOns pyplyn gaan verder as die identifisering van variasies in die verwysingsgenoom, aangesien dit gevorderde analise insluit wat spesifiek ontwerp is om navorsingsvrae wat verband hou met genetiese aspekte van siektes of tumoranalise aan te spreek.
●Na-verkope ondersteuning:Ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolg, hulp met probleemoplossing en vraag-en-antwoordsessies om enige navrae rakende die resultate te beantwoord.
| Ekson-vasleggingstrategie | Volgordebepalingstrategie | Aanbevole data-uitvoer |
| Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) of xGen Eksoom-hibridisasiepaneel v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5 -10 Gb Vir Mendeliese afwykings/skaars siektes: > 50x Vir tumormonsters: ≥ 100x |
| Voorbeeldtipe
| Bedrag(Qubit®)
| Konsentrasie | Volume
| Suiwerheid (NanoDrop™) |
|
Genomiese DNS
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 μL | OD260/280=1.8-2.0 geen agteruitgang, geen kontaminasie
|
Bioinformatiese analise van hWES-siektemonsters sluit in:
● Volgordebepaling van data-kwaliteitskontrole
● Verwysingsgenoombelyning
● Identifikasie van SNP's en InDels
● Funksionele Annotasie van SNP's en InDels
Bioinformatiese analise van tumormonsters sluit in:
● Volgordebepaling van data-kwaliteitskontrole
● Verwysingsgenoombelyning
● Identifisering van SNP's, InDels en somatiese variasies
● Identifikasie van kiemlynvariante
● Mutasiehandtekeninganalise
● Identifikasie van dryfgene gebaseer op wins-van-funksie mutasies
● Mutasie-annotasie op die vlak van geneesmiddelvatbaarheid
● Heterogeniteitsanalise – berekening van suiwerheid en ploïdie
Data-QC – Statistiek van Eksoom-opname
Variantidentifikasie – InDels
Gevorderde analise: identifisering en verspreiding van skadelike SNP's/InDels – Circos-plot
Tumoranalise: identifikasie en verspreiding van somatiese mutasies – Circos-plot
Tumoranalise: klonale afstammelinge