mRNA-volgorde (NGS) – De novo

mRNA-volgordebepaling maak dit moontlik om alle mRNA-transkripte in selle onder spesifieke toestande te profileer en is 'n wyd gebruikte tegnologie in verskeie navorsingsgebiede. Die BMKCloud De novo mRNA-seq-pyplyn is ontwerp om poli-A-verrykte volgordebepalingsbiblioteke te analiseer wanneer geen verwysingsgenoom beskikbaar is nie. Die pyplyn begin met kwaliteitsbeheer, gevolg deurvan nuuts aftranskripsie-samestelling en unikeen-stelseleksie. Die unikeenstruktuuranalise voorspel koderingsvolgorde (CDS) en eenvoudige volgordeherhalings (SSR). Vervolgens vind die differensiële ekspressie-analise differensieel uitgedrukte gene (DEG's) onder die getoetste toestande, gevolg deur funksionele annotasie en verryking van DEG's om biologiese insigte te onttrek.