Nanopore Volle lengte transkriptoom

Nanopore-transkriptoomvolgordebepaling is 'n kragtige metode vir die volgordebepaling van volwaardige cDNA's, wat transkripsie-isovorme akkuraat identifiseer en kwantifiseer. Die BMKCloud Nanopore Volwaardige Transkriptoompyplyn is ontwerp om RNA-Seq-data wat op die Nanopore-platform gegenereer is, te analiseer teen 'n hoëgehalte, goed geannoteerde verwysingsgenoom, wat kwalitatiewe en kwantitatiewe analise op beide die geen- en transkripsievlak bied. Na kwaliteitskontrole word volwaardige nie-chimeriese (FLNC) volgordes verkry en konsensusvolgordes word na die verwysingsgenoom gekarteer om oorbodige transkripsies te verwyder. Uit hierdie transkripsiestel word ekspressie gekwantifiseer en differensieel uitgedrukte gene en transkripsies word geïdentifiseer en funksioneel geannoteer. Die pyplyn sluit ook alternatiewe poliadenilerings- (APA) analise, alternatiewe splitsingsanalise, eenvoudige volgordeherhaling (SSR) analise, voorspelling van lncRNA en ooreenstemmende teikens, voorspelling van koderingsvolgordes (CDS), geenfamilie-analise, transkripsiefaktoranalise, voorspelling van nuwe gene en funksionele annotasie van transkripsies in.