PacBio 2+3 Volle Lengte mRNA Oplossing
Kenmerke
● Studie-ontwerp:
Gepoolde monster gesekwensieer met PacBio om transkripsie-isovorme te identifiseer
Afsonderlike monsters (replikate en toestande wat getoets moet word) georden metNGS om transkripsie-uitdrukking te kwantifiseer
● PacBio-volgordebepaling in CCS-modus, wat HiFi-lesings genereer
● Volgordebepaling van die volledige transkripsies
● Analise vereis nie 'n verwysingsgenoom nie; dit kan egter gebruik word
● Bioinformatiese analise sluit nie net uitdrukking op geen- en isovormvlak in nie, maar ook analise van lncRNA, geenfusies, poliadenilering en geenstruktuur.
Voordele
● Hoë akkuraatheidHiFi-lesings met akkuraatheid >99.9% (Q30), vergelykbaar met NGS
● Alternatiewe SplitsingsanaliseDie volgordebepaling van alle transkripsies maak isovormidentifikasie en karakterisering moontlik.
● Kombinasie van PacBio en NGS SterkpunteDit maak kwantifisering van uitdrukking op die isovormvlak moontlik, wat veranderinge onthul wat gemasker kan word wanneer die hele geenuitdrukking geanaliseer word.
● Uitgebreide kundigheidOns het meer as 2300 monsters verwerk, ons span bring 'n rykdom van ervaring na elke projek.
● Na-verkope ondersteuningOns verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolg, hulp met probleemoplossing en vraag-en-antwoordsessies om enige navrae rakende die resultate te beantwoord.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Volgordebepalingstrategie | Aanbevole data | Gehaltebeheer |
| PolyA-verrykte mRNA CCS-biblioteek | PacBio Vervolg II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poli A verryk | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotiede
|
| Kons. (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Suiwerheid | Integriteit |
| Illumina-biblioteek | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNS-kontaminasie op gel getoon nie. | Vir plante: RIN≥4.0; Vir diere: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislynhoogte |
| PacBio-biblioteek | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNS-kontaminasie op gel getoon nie. | Plante: RIN≥7.5 Diere: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislynhoogte |
Aanbevole monsteraflewering
Houer: 2 ml sentrifugebuis (Foelie word nie aanbeveel nie)
Voorbeeldbenoeming: Groep+herhaal bv. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Versending:
1. Droë-ys:Monsters moet in sakke verpak word en in droëys begrawe word.
2. RNAstable-buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuise (bv. RNAstable®) gedroog word en by kamertemperatuur verskeep word.
Sluit die volgende ontleding in:
- Rou data
- Gehaltebeheer
- Alternatiewe Poliadenileringsanalise (APA)
- Fusie-transkripsie-analise
- Alternatiewe Splitsingsanalise
- Maatstafbepaling van Universele Enkelkopie-Ortologe (BUSCO) analise
- Nuwe transkripsieanalise: voorspelling van koderingsreekse (CDS) en funksionele annotasie
- lncRNA-analise: voorspelling van lncRNA en teikens
- Mikrosatellietidentifikasie (SSR)
- Differensieel Uitgedrukte Transkripsies (DET's) analise
- Differensieel Uitgedrukte Gene (DEG's) analise
- Funksionele annotasie van DEG's en DET's
BUSCO-analise
Alternatiewe Splitsingsanalise
Alternatiewe Poliadenileringsanalise (APA)
Differensieel Uitgedrukte Gene (DEG's) en Transkripsies (DETs9-analise)
Proteïen-proteïen interaksie netwerke van DET's en DEG's
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se PacBio 2+3 vollengte mRNA-volgordebepaling moontlik gemaak word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Chao, Q. et al. (2019) 'Die ontwikkelingsdinamika van die Populus-stamtranskriptoom',Plantbiotegnologie Tydskrif, 17(1), bl. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dinamiese Veranderinge in Askorbiensuurinhoud tydens Vrugontwikkeling en Rypwording van Actinidia latifolia (’n Askorbaatryke Vrugtegewas) en die Geassosieerde Molekulêre Meganismes',Internasionale Tydskrif vir Molekulêre Wetenskappe, 23(10), bl. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Doeltreffende voorspelling van biosintetiese padweggene betrokke by bioaktiewe polifilliene in Paryse polifil',Kommunikasiebiologie2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Gekombineerde PacBio Iso-Seq en Illumina RNA-Seq Analise van die Tuta absoluta (Meyrick) Transkriptom en Sitochroom P450 Gene',Insekte, 14(4), bl. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'n Opname van transkriptoomkompleksiteit met behulp van PacBio enkelmolekule-intydse analise gekombineer met Illumina RNA-volgordebepaling vir 'n beter begrip van risinoleïensuurbiosintese in Ricinus communis',BMC Genomika, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
