Plant/dier De Novo-genoomvolgordebepaling
Diensvoordele
Ontwikkeling van volgordebepaling platforms en bioinformatika inDe novogenoomsamestelling
(Amarasinghe SL et al.,Genoom Biologie, 2020)
● Die konstruksie van nuwe genome en die verbetering van bestaande verwysingsgenome vir spesies van belang.
● Hoër akkuraatheid, kontinuïteit en volledigheid in samestelling
● Konstruksie van fundamentele hulpbron vir navorsing in volgorde polimorfisme, QTL's, geenredigering, teling, ens.
● Toegerus met volle spektrum van derdegenerasie-volgordebepalingsplatforms: eenstop-genoomsamestellingsoplossing
● Buigsame volgordebepaling en samestellingstrategieë wat diverse genome met verskillende kenmerke vervul
● Hoogsgeskoolde bioinformatici-span met groot ervaring in komplekse genoomsamestellings, insluitend poliploïede, reuse-genome, ens.
● Meer as 100 suksesvolle gevalle met 'n akkumulatiewe gepubliseerde impakfaktor van meer as 900
● Omkeertyd so vinnig as 3 maande vir chromosoom-vlak genoomsamestelling.
● Soliede tegniese ondersteuning met 'n reeks patente en sagteware-kopieregte in beide eksperimentele kant en bioinformatika.
Diensspesifikasies
|
Inhoud
|
Platform
|
Lees Lengte
|
Dekking
|
| Genoomopname
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genoomvolgordebepaling
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi Lees
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Werk vloei
Voorbeeldvereistes en aflewering
Voorbeeldvereistes:
| Spesies | Sneesdoekie | Vir PacBio | Vir Nanopore |
| Diere | Viscerale organe (lewer, milt, ens.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Spier | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Bloed van soogdiere | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Bloed van visse of voëls | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Plante | Vars blare | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Blomblare of stam | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Wortels of sade | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Selle | Selkultuur | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Aanbevole voorbeeldaflewering
Houer: 2 ml sentrifugeerbuis (tinfoelie word nie aanbeveel nie)
Vir die meeste monsters beveel ons aan om nie in etanol te bewaar nie.
Voorbeeldetikettering: Monsters moet duidelik gemerk en identies wees aan ingediende voorbeeldinligtingsvorm.
Versending: Droë-ys: Monsters moet eers in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
Dienswerkvloei
Eksperiment ontwerp
Voorbeeld aflewering
DNA onttrekking
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
*Demo-resultate wat hier gewys word, is almal van genome wat met Biomarker Technologies gepubliseer is
1.Circos op chromosoom-vlak genoom samestelling vanG. rotundifoliumdeur Nanopore-volgorde-platform
Wang M et al.,Molekulêre Biologie en Evolusie, 2021
2. Statistiek van Weining rog genoom samestelling en annotasie
Li G et al.,Natuur Genetika, 2021
3.Gene voorspelling vanSechium edulegenoom, afgelei van drie voorspellingsmetodes:De novovoorspelling, Homologie-gebaseerde voorspelling en RNA-Seq data-gebaseerde voorspelling
Fu A et al.,Tuinbounavorsing, 2021
4. Identifikasie van ongeskonde lang terminale herhalings in drie katoengenome
Wang M et al.,Molekulêre Biologie en Evolusie, 2021
5.Hi-C hitte kaart van dieC. acuminatagenoom wat genoomwye alles-vir-almal interaksies toon.Intensiteit van Hi-C interaksies is eweredig aan lineêre afstand tussen kontiges.'n Skoon reguit lyn op hierdie hittekaart dui op 'n hoogs akkurate verankering van kontiges op chromosome.(Contig-ankerverhouding: 96.03%)
kang M et al.,Natuur kommunikasie,2021
BMK saak
’n Genoomsamestelling van hoë gehalte beklemtoon roggenomiese eienskappe en agronomies belangrike gene
Gepubliseer: Natuur Genetika, 2021
Opeenvolgingstrategie:
Genoomsamestelling: PacBio CLR-modus met 20 kb-biblioteek (497 Gb, ongeveer 63×)
Volgordekorreksie: NGS met 270 bp DNA-biblioteek (430 Gb, ongeveer 54×) op Illumina-platform
Contigs-ankering: Hi-C-biblioteek (560 Gb, ongeveer 71×) op Illumina-platform
Optiese kaart: (779,55 Gb, ongeveer 99×) op Bionano Irys
Sleutel resultate
1. 'n Samestelling van Weining-roggenoom is gepubliseer met 'n totale genoomgrootte van 7.74 Gb (98.74% van beraamde genoomgrootte deur vloeisitometrie).Steier N50 van hierdie samestelling het 1,04 Gb behaal.93.67% van kontiges is suksesvol geanker op 7 pseudo-chromosome.Hierdie samestelling is geëvalueer deur skakelkaart, LAI en BUSCO, wat tot hoë tellings in alle evaluerings gelei het.
2.Verdere studies oor vergelykende genomika, genetiese koppelingskaart, transkriptomika studies is uitgevoer op basis van hierdie genoom.'n Reeks eienskappe wat verband hou met genomiese kenmerke is geopenbaar, insluitend genoomwye geenduplisering en hul impak op styselbiosintese-gene;fisiese organisasie van komplekse prolamien lokusse, geenuitdrukking kenmerke onderliggend aan vroeë opskrif eienskap en vermeende huishouding-geassosieerde chromosomale streke en lokusse in rog.
 Circosdiagram oor genomiese kenmerke van Weining-roggenoom |  Evolusionêre en chromosoom-sintensie-ontledings van die roggenoom |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.’n Genoomsamestelling van hoë gehalte beklemtoon roggenomiese eienskappe en agronomies belangrike gene.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
