-
Enkelkern-RNA-volgordebepaling
Die ontwikkeling van enkelsel-vaslegging en pasgemaakte biblioteekkonstruksietegnieke, tesame met hoë-deurset-volgordebepaling, het geenekspressiestudies op selvlak gerevolusioneer. Hierdie deurbraak maak voorsiening vir dieper en meer omvattende analise van komplekse selpopulasies, wat die beperkings wat verband hou met die gemiddelde van geenekspressie oor alle selle, oorkom en die ware heterogeniteit binne hierdie populasies behou. Terwyl enkelsel-RNA-volgordebepaling (scRNA-seq) onmiskenbare voordele het, ondervind dit uitdagings in sekere weefsels waar die skep van 'n enkelsel-suspensie moeilik blyk te wees en vars monsters vereis. By BMKGene spreek ons hierdie hindernis aan deur enkelkern-RNA-volgordebepaling (snRNA-seq) aan te bied met behulp van die nuutste 10X Genomics Chromium-tegnologie. Hierdie benadering verbreed die spektrum van monsters wat vatbaar is vir transkriptoomanalise op enkelselvlak.
Die isolasie van kerne word bewerkstellig deur die innoverende 10X Genomics Chromium-skyfie, met 'n agtkanaal-mikrofluidika-stelsel met dubbelkruisings. Binne hierdie stelsel word gelkrale wat strepieskodes, primers, ensieme en 'n enkele kern insluit, in nanoliter-grootte oliedruppels ingekapsuleer, wat Gel Bead-in-Emulsion (GEM) vorm. Na GEM-vorming vind sellise en strepieskodevrystelling binne elke GEM plaas. Vervolgens ondergaan mRNA-molekules omgekeerde transkripsie in cDNA's, wat 10X-strepieskodes en Unieke Molekulêre Identifiseerders (UMI's) insluit. Hierdie cDNA's word dan onderwerp aan standaard volgordebepalingsbiblioteekkonstruksie, wat 'n robuuste en omvattende verkenning van geenekspressieprofiele op enkelselvlak vergemaklik.
Platform: 10× Genomics Chromium en Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Ruimtelike Transkriptoom
Ruimtelike transkriptomika is 'n baanbrekende tegnologie wat navorsers in staat stel om geenekspressiepatrone binne weefsels te ondersoek terwyl hul ruimtelike konteks behoue bly. Een kragtige platform in hierdie domein is 10x Genomics Visium gekoppel aan Illumina-volgordebepaling. Die beginsel van 10X Visium lê op 'n gespesialiseerde skyfie met 'n aangewese vasleggingsarea waar weefselseksies geplaas word. Hierdie vasleggingsarea bevat strepieskode-kolle, wat elk ooreenstem met 'n unieke ruimtelike ligging binne die weefsel. Die vasgelegde RNA-molekules van die weefsel word dan gemerk met unieke molekulêre identifiseerders (UMIs) tydens die omgekeerde transkripsieproses. Hierdie strepieskode-kolle en UMI's maak presiese ruimtelike kartering en kwantifisering van geenekspressie teen 'n enkelselresolusie moontlik. Die kombinasie van ruimtelik strepieskode-monsters en UMI's verseker die akkuraatheid en spesifisiteit van die gegenereerde data. Deur hierdie Ruimtelike Transkriptomika-tegnologie te gebruik, kan navorsers 'n dieper begrip kry van die ruimtelike organisasie van selle en die komplekse molekulêre interaksies wat binne weefsels voorkom, wat waardevolle insigte bied in die meganismes onderliggend aan biologiese prosesse in verskeie velde, insluitend onkologie, neurowetenskap, ontwikkelingsbiologie, immunologie en botaniese studies.
Platform: 10X Genomics Visium en Illumina NovaSeq
-
Volle lengte mRNA-volgordebepaling - Nanopore
Terwyl NGS-gebaseerde mRNA-volgordebepaling 'n veelsydige instrument is vir die kwantifisering van geenekspressie, beperk die afhanklikheid van kort lesings die doeltreffendheid daarvan in komplekse transkriptomiese ontledings. Aan die ander kant gebruik nanoporie-volgordebepaling langleestegnologie, wat die volgordebepaling van vollengte mRNA-transkripte moontlik maak. Hierdie benadering fasiliteer 'n omvattende verkenning van alternatiewe splitsing, geenfusies, poliadenilering en die kwantifisering van mRNA-isovorme.
Nanoporie-volgordebepaling, 'n metode wat staatmaak op nanoporie-enkelmolekule-intydse elektriese seine, lewer resultate intyds. Gelei deur motorproteïene, bind dubbelstrengs DNS aan nanoporieproteïene wat in 'n biofilm ingebed is, en ontvou soos dit deur die nanoporiekanaal onder 'n spanningsverskil beweeg. Die kenmerkende elektriese seine wat deur verskillende basisse op die DNS-string gegenereer word, word intyds opgespoor en geklassifiseer, wat akkurate en deurlopende nukleotiedvolgordebepaling vergemaklik. Hierdie innoverende benadering oorkom korttermynbeperkings en bied 'n dinamiese platform vir ingewikkelde genomiese analise, insluitend komplekse transkriptomiese studies, met onmiddellike resultate.
Platform: Nanopore PromethION 48
-
Volle lengte mRNA-volgordebepaling - PacBio
Terwyl NGS-gebaseerde mRNA-volgordebepaling 'n veelsydige instrument is vir die kwantifisering van geenekspressie, beperk die afhanklikheid van kort lesings die gebruik daarvan in komplekse transkriptomiese ontledings. Aan die ander kant gebruik PacBio-volgordebepaling (Iso-Seq) langleestegnologie, wat die volgordebepaling van vollengte mRNA-transkripte moontlik maak. Hierdie benadering fasiliteer 'n omvattende verkenning van alternatiewe splitsing, geenfusies en poliadenilering. Daar is egter ander keuses vir geenekspressiekwantifisering as gevolg van die hoë hoeveelheid data wat benodig word. PacBio-volgordebepalingstegnologie maak staat op enkelmolekule, intydse (SMRT) volgordebepaling, wat 'n duidelike voordeel bied in die vaslegging van vollengte mRNA-transkripte. Hierdie innoverende benadering behels die gebruik van nulmodus-golfgidse (ZMW's) en mikrovervaardigde putte wat die intydse waarneming van DNS-polimerase-aktiwiteit tydens volgordebepaling moontlik maak. Binne hierdie ZMW's sintetiseer PacBio se DNS-polimerase 'n komplementêre string DNS, wat lang lesings genereer wat die geheel van mRNA-transkripte omvat. PacBio-werking in Sirkulêre Konsensus-volgordebepaling (CCS) modus verbeter akkuraatheid deur dieselfde molekule herhaaldelik te volgordebepaling. Die gegenereerde HiFi-lesings het 'n akkuraatheid vergelykbaar met NGS, wat verder bydra tot 'n omvattende en betroubare analise van komplekse transkriptomiese kenmerke.
Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukariotiese mRNA-volgordebepaling-NGS
mRNA-volgordebepaling is 'n tegniek wat volgende-generasie-volgordebepaling gebruik om die teenwoordigheid en hoeveelheid RNA-molekules in 'n biologiese monster te openbaar, wat 'n momentopname van geen-ekspressie in die monster verskaf.
Met sy wye reeks toepassings onthul hierdie baanbrekende instrument ingewikkelde geenekspressieprofiele, geenstrukture en molekulêre meganismes wat met diverse biologiese prosesse geassosieer word.
Hierdie tegniek word wyd toegepas in navorsing, kliniese diagnostiek en geneesmiddelontwikkeling, aangesien dit insigte bied in die ingewikkeldhede van sellulêre dinamika en genetiese regulering, wat 'n stewige basis bied om nuuskierigheid oor die potensiaal daarvan op verskillende velde te prikkel.
Beskikbare platforms: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Nie-verwysingsgebaseerde mRNA-volgordebepaling-NGS
mRNA-volgordebepaling bemagtig die omvattende profilering van alle mRNA-transkripte binne selle onder spesifieke toestande. Hierdie baanbrekende tegnologie dien as 'n kragtige instrument wat ingewikkelde geenekspressieprofiele, geenstrukture en molekulêre meganismes wat met diverse biologiese prosesse geassosieer word, onthul. Wyd toegepas in fundamentele navorsing, kliniese diagnostiek en geneesmiddelontwikkeling, bied mRNA-volgordebepaling insigte in die ingewikkeldhede van sellulêre dinamika en genetiese regulering.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Lang Nie-koderende Volgordebepaling-Illumina
Lang nie-koderende RNS'e (lncRNA's) is langer as 200 nukleotiede wat minimale koderingspotensiaal besit en is sentrale elemente binne nie-koderende RNS. Hierdie RNS'e, wat in die kern en sitoplasma voorkom, speel belangrike rolle in epigenetiese, transkripsionele en post-transkripsionele regulering, wat hul belangrikheid in die vorming van sellulêre en molekulêre prosesse onderstreep. LncRNA-volgordebepaling is 'n kragtige instrument in seldifferensiasie, ontogenese en menslike siektes.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
Klein RNA-volgordebepaling - Illumina
Klein RNA is 'n groep RNA-molekules wat mikroRNA's (miRNA's), klein interfererende RNA's (siRNA's) en piwi-interaktiewe RNA's (piRNA's) insluit. Onder hierdie is miRNA's, ongeveer 18-25 nukleotiede lank, veral noemenswaardig vir hul sentrale regulatoriese rolle in verskeie sellulêre prosesse. Met weefselspesifieke en stadiumspesifieke uitdrukkingspatrone toon miRNA's hoë bewaring oor verskillende spesies.
Platform: Illumina NovaSeq
-
CircRNA-volgordebepaling-Illumina
Sirkulêre RNS-volgordebepaling (circRNA-seq) profileer en analiseer sirkulêre RNS'e, 'n klas RNS-molekules wat geslote lusse vorm as gevolg van nie-kanonieke splitsingsgebeurtenisse, wat hierdie RNS verhoogde stabiliteit bied. Terwyl sommige sirkulêre RNS'e as mikroRNA-sponse optree, mikroRNA's sekwestreer en verhoed dat hulle hul teiken-RNS'e reguleer, kan ander sirkulêre RNS'e met proteïene interaksie hê, geenekspressie moduleer of rolle in sellulêre prosesse speel. circRNA-ekspressie-analise bied insigte in die regulatoriese rolle van hierdie molekules en hul betekenis in verskeie sellulêre prosesse, ontwikkelingsfases en siektetoestande, wat bydra tot 'n dieper begrip van die kompleksiteit van RNS-regulering in die konteks van geenekspressie.
Platform: Illumina Novaseq X
-
Volledige Transkriptoomvolgordebepaling – Illumina
Wole-transkriptoomvolgordebepaling bied 'n omvattende benadering tot die profilering van diverse RNA-molekules, wat koderende (mRNA) en nie-koderende RNA's (lncRNA, circRNA en miRNA) insluit. Hierdie tegniek leg die hele transkriptoom van spesifieke selle op 'n gegewe oomblik vas, wat 'n holistiese begrip van sellulêre prosesse moontlik maak.
Beskikbare platforms: Illumina Novaseq X
