Prokariotiese RNS-volgordebepaling
Kenmerke
● RNS-monsterverwerking het rRNA-uitputting gevolg deur gerigte RNS-biblioteekvoorbereiding behels.
● Bioinformatiese analise gebaseer op belyning met 'n verwysingsgenoom
● Analise sluit geenekspressie en DEG's in, maar ook transkripsiestruktuur en sRNA-analise
Diensvoordele
●Streng gehaltebeheerOns implementeer kernkontrolepunte oor alle stadiums, van monster- en biblioteekvoorbereiding tot volgordebepaling en bioinformatika. Hierdie noukeurige monitering verseker die lewering van konsekwent hoëgehalte-resultate.
●Strandspesifieke Volgordebepalingsdata: as gevolg van die rigtinggewende voorbereiding van die RNA-biblioteek, wat die identifisering van anti-sense-transkripte moontlik maak.
●Volledige analise op maat van prokariotiese transkriptomeDie bioinformatiese pyplyn sluit nie net die analise van geenekspressie in nie, maar ook die analise van die transkripsiestruktuur, insluitend die identifisering van operone, UTR'e en promotors. Dit sluit ook die analise van sRNA's in, naamlik annotasie en voorspelling van sekondêre struktuur en teikens.
●Na-verkope ondersteuningOns verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolg, hulp met probleemoplossing en vraag-en-antwoordsessies om enige navrae rakende die resultate te beantwoord.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Volgordebepalingstrategie | Aanbevole data | Gehaltebeheer |
| rRNA-uitgeputte rigtingbiblioteek | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Voorbeeldvereistes:
| Kons. (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Suiwerheid | Integriteit |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNS-kontaminasie op gel getoon nie. | RIN≥6.5 |
Aanbevole monsteraflewering
Houer: 2 ml sentrifugebuis (Foelie word nie aanbeveel nie)
Voorbeeldbenoeming: Groep+herhaal bv. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNAstable-buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuise (bv. RNAstable®) gedroog word en by kamertemperatuur verskeep word.
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Bioinformatiese Analise Werkvloei
Sluit die volgende analise in:
● Rou data kwaliteitsbeheer
● Belyning met die verwysingsgenoom
● Biblioteekkwaliteitsassessering: RNA-fragmentasie-ewekansigheid, invoeggrootte en volgordebepalingsversadiging
● Funksionele annotasie van voorspelde koderende gene
● Ekspressie-analise: korrelasie en Hoofkomponentanalise (PCA)
● Differensiële Geen-ekspressie (DEG's)
● Funksionele annotasie en verryking van DEG's
● sRNA-analise: voorspelling, annotasie, teiken en sekondêre struktuurvoorspelling
● Transkripstruktuuranalise: operone, begin- en eindposisies, ongetransleerde gebied (UTS), promotor en SNP/InDel-analise
Volgordeversadiging
Funksionele annotasie van koderende gene
Korrelasie tussen monsters
Differensiële Uitgedrukte Gene (DEG's) analise
Funksionele verrykingsanalise
sRNA-annotasie
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se Nanopore vollengte mRNA-volgordebepalingsdienste in hierdie uitgeligte publikasie moontlik gemaak word.
Guan, CP et al. (2018) 'Globale Transkriptoomveranderinge van Biofilmvormende Staphylococcus epidermidis in Reaksie op Totale Alkaloïede van Sophorea alopecuroides',Poolse Tydskrif vir Mikrobiologie, 67(2), bl. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
