Verminderde Verteenwoordiging Bisulfiet Volgordebepaling (RRBS)
Verminderde verteenwoordiging van bisulfietvolgordebepaling (RRBS) berus op die verryking van CpG-eilandryke streke deur MspI-splitsing, gevolg deur grootteseleksie van 200-500/600 bps-fragmente. Gevolglik word slegs streke proksimaal aan CpG-eilande georden, terwyl dié met verafgeleë CpG-eilande van die analise uitgesluit word. Hierdie proses, gekombineer met bisulfietvolgordebepaling, maak voorsiening vir hoëresolusie-opsporing van DNS-metilering, en die volgordebepalingsbenadering, PE150, fokus spesifiek op die punte van die inserts eerder as die middel, wat die doeltreffendheid van metileringsprofilering verhoog.
Hierdie tegniek het na vore gekom as 'n koste-effektiewe en doeltreffende alternatief vir Volledige Genoombisulfietvolgordebepaling (WGBS) in DNS-metileringsnavorsing. Terwyl WGBS omvattende insigte bied deur die hele genoom teen enkelbasisresolusie te ondersoek, kan die hoë koste daarvan 'n beperkende faktor wees, wat RRBS strategies verminder deur 'n verteenwoordigende gedeelte van die genoom selektief te analiseer. Hierdie metodologie is 'n onskatbare hulpmiddel wat koste-effektiewe DNS-metileringsnavorsing moontlik maak en kennis van epigenetiese meganismes bevorder.
Dienskenmerke
● Volgordebepaling op Illumina NovaSeq.
● Vereis 'n verwysingsgenoom.
● Lambda-DNS word gebruik om die doeltreffendheid van bisulfietomskakeling te monitor.
● MspI-verteringsdoeltreffendheid word ook gemonitor.
● Dubbele ensiemvertering vir plantmonsters.
Diensvoordele
●Koste-effektiewe en doeltreffende alternatief vir WGBSDit maak dit moontlik om die analise teen 'n laer koste en met laer monstervereistes uit te voer.
●Volledige platform:Ons bied 'n uitstekende eenstopdiens, van monsterverwerking, biblioteekkonstruksie en volgordebepaling tot bioinformatika-analise.
●Uitgebreide kundigheidOns behaal sukses oor 'n diverse reeks spesies. BMKGENE bring meer as 'n dekade se ondervinding, 'n hoogs bekwame ontledingspan, omvattende inhoud en uitstekende na-verkope ondersteuning.
Diensspesifikasies
| Biblioteek | Volgordebepalingstrategie | Aanbevole data-uitvoer | Gehaltebeheer |
| MspI-verteerde en Bisulfiet-behandelde biblioteek | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85% Bisulfietomskakeling > 99% MspI snydoeltreffendheid > 95% |
Voorbeeldvereistes
| Konsentrasie (ng/µL) | Totale hoeveelheid (µg) |
| |
| Genomiese DNS | ≥ 30 | ≥ 1 | Beperkte agteruitgang of kontaminasie |
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Die BI-analise sluit in:
● Kwaliteitskontrole van rou volgordebepaling;
● Kartering na verwysingsgenoom;
● Opsporing van 5mC gemetileerde basisse en motiefidentifikasie;
● Analise van metileringsverspreiding en monstervergelyking;
● Analise van Differensieel Gemetileerde Streke (DMR'e);
● Funksionele annotasie van gene wat met DMR'e geassosieer word.
Gehaltebeheer: verteringsdoeltreffendheid (in genoomkartering)
Gehaltebeheer: bisulfietomskakeling (in metileringsinligting-ekstraksie)
Metileringskaart: 5mC-metileringsgenoomwye verspreiding
Voorbeeldvergelyking: Hoofkomponentanalise
Differensieel gemetileerde streke (DMR'e) analise: hittekaart
Verken die navorsingsvorderings wat deur BMKGene se volledige genoombisulfietvolgordebepalingsdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Li, Z. et al. (2022) 'Hoë-getrouheid herprogrammering in Leydig-agtige selle deur CRISPR-aktivering en parakriene faktore',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Genoomwye DNS-metileringsanalise van liggaamsamestelling in Chinese monosigotiese tweelinge',Europese Tydskrif vir Kliniese Ondersoek, 53(11), bl. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'DNA-metilering en middellyf-tot-heup-verhouding: 'n epigenoom-wye assosiasiestudie in Chinese monosigotiese tweelinge',Tydskrif vir Endokrinologiese Ondersoek, 45(12), pp. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
