Klein RNA-volgordebepaling - Illumina
Kenmerke
● Voorbereiding van groottekeusebiblioteek.
● Bioinformatiese analise gesentreer rondom miRNA-voorspelling en teikens.
Diensvoordele
●Uitgebreide kundigheidOns het meer as 300 monsters verwerk, wat uiteenlopende monstertipes dek. Ons bring die rykdom van kundigheid na elke projek.
●Streng gehaltebeheerOns implementeer kernkontrolepunte oor alle stadiums, van monstervoorbereiding tot biblioteekvoorbereiding, volgordebepaling en bioinformatika. Ons noukeurige monitering verseker die lewering van konsekwent hoëgehalte-resultate.
●Omvattende bioinformatika-analise:Dit maak die identifisering van beide bekende en nuwe miRNA's, identifisering van miRNA-teikens, en ooreenstemmende funksionele annotasie en verryking met verskeie databasisse (KEGG, GO) moontlik.
●Na-verkope ondersteuningOns verstaan hoe belangrik dit is om teenwoordig te wees, daarom strek ons verbintenis verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolg, hulp met probleemoplossing en vraag-en-antwoordsessies om enige navrae rakende die resultate te beantwoord.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Platform | Aanbevole data | Data-kwaliteitskontrole |
| Grootte gekies | Illumina SE50 | 10M-20M lesings | Q30≥85% |
Voorbeeldvereistes:
Nukleotiede:
| Kons. (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Suiwerheid | Integriteit |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNS-kontaminasie op gel getoon nie. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislynhoogte |
● Plante:
Wortel, Stingel of Blaar: 450 mg
Blaar of Saad: 300 mg
Vrugte: 1.2 g
● Dier:
Hart of ingewande: 450 mg
Ingewande of Brein: 240 mg
Spier: 600 mg
Bene, hare of vel: 1.5g
● Geleedpotiges:
Insekte: 9g
Skaaldiere: 450 mg
● Volbloed: 2 buise
● Selle: 106 selle
● Serum en Plasma:6 ml
Aanbevole monsteraflewering
Houer: 2 ml sentrifugebuis (Foelie word nie aanbeveel nie)
Voorbeeldbenoeming: Groep+herhaal bv. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNAstable-buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuise (bv. RNAstable®) gedroog word en by kamertemperatuur verskeep word.
Dienswerkvloei
Eksperimentontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Bioinformatika
● Rou data kwaliteitsbeheer
● Klein RNA-klassifikasie
● miRNA-ekspressie en differensiële ekspressie-analise
● miRNA-teikengeen en differensieel uitgedrukte miRNA-teikengeen-annotasie
● Teikengeen-annotasie en differensieel uitgedrukte miRNA-geenfunksieverryking
Identifikasie van miRNA: struktuur en diepte
Differensiële uitdrukking van miRNA – hiërargiese groepering
Funksionele annotasie van teiken van differensieel uitgedrukte miRNA's
Verken die navorsingsvorderings wat deur BMKGene se sRNA-volgordebepalingsdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Chen, H. et al. (2023) 'Virale infeksies inhibeer saponienbiosintese en fotosintese in Panax notoginseng',Plantfisiologie en Biochemie, 203, bl. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) 'Die plant FYVE-domein-bevattende proteïen FREE1 assosieer met mikroverwerkerkomponente om miRNA-biogenese te onderdruk',EMBO-verslae, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) 'Die MikroRNA Ame-Bantam-3p Beheer Larwale Papie-ontwikkeling deur die Veelvuldige Epidermale Groeifaktor-agtige Domeine 8 Geen (megf8) in die Heuningby, Apis mellifera, te teiken',Internasionale Tydskrif vir Molekulêre Wetenskappe, 24(6), bl. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) 'Geïntegreerde analise van MiRNA en gene wat met vleiskwaliteit geassosieer word, toon dat Gga-MiR-140-5p intramuskulêre vetafsetting in hoenders beïnvloed',Sellulêre Fisiologie en Biochemie, 46(6), pp. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
