Produkte

Spesifieke-lokus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)

Hoë-deurset genotipering, veral op grootskaalse bevolking, is 'n fundamentele stap in genetiese assosiasie studies, wat genetiese basis verskaf vir funksionele geen ontdekking, evolusionêre analise, ens. In plaas van diep heelgenoom hervolgordebepaling, verminderde verteenwoordiging genoomvolgordebepaling (RRGS ) word ingestel om volgordebepalingskoste per monster te verminder, terwyl redelike doeltreffendheid op die ontdekking van genetiese merker gehandhaaf word.Dit word gewoonlik bereik deur die onttrekking van beperkingsfragmente binne 'n gegewe grootte reeks, wat genoem word verminderde verteenwoordiging biblioteek (RRL).Spesifieke-lokus geamplifiseerde fragment volgordebepaling (SLAF-Seq) is 'n self-ontwikkelde strategie vir SNP genotipering met of sonder 'n verwysingsgenoom.
Platform: Illumina NovaSeq-platform

Kontak Ons

Diensbesonderhede

Demo resultate

Uitgestalte publikasies

Diensbesonderhede

Tegniese Skema

Werk vloei

Diensvoordele

Hoë merker ontdekking doeltreffendheid- Hoë-deurset-volgorde-tegnologie help SLAF-Seq om honderde duisende merkers binne die hele genoom te ontdek.

Lae afhanklikheid van die genoom- Dit kan toegepas word op spesies met of sonder 'n verwysingsgenoom.

Buigsame skema-ontwerp- Enkel-ensiem, dubbel-ensiem, multi-ensiem vertering en verskeie soorte ensieme, almal kan gekies word om verskillende navorsingsdoelwitte of spesies te voorsien.Voorafevaluering in silico word gebruik om 'n optimale ensiemontwerp te verseker.

Doeltreffende ensiematiese vertering- Voor-eksperiment is uitgevoer om die toestande te optimaliseer, wat die formele eksperiment stabiel en betroubaar maak.Fragmentversamelingsdoeltreffendheid kan meer as 95% behaal.

Eweredig verspreide SLAF-etikette- SLAF-merkers is eweredig in alle chromosome in die grootste mate versprei, wat 'n gemiddeld van 1 SLAF per 4 kb behaal.

Effektiewe vermyding van herhalings- Herhalende volgorde in SLAF-Seq data word verminder tot laer as 5%, veral in spesies met hoë vlakke van herhalings, soos koring, mielies, ens.

Uitgebreide ervaring-Meer as 2000 geslote SLAF-Seq-projekte op honderde spesies wat plante, soogdiere, voëls, insekte, akwa-organismes, ens.

Self-ontwikkelde bioinformatiese werkvloei- 'n Geïntegreerde bioinformatiese werkvloei vir SLAF-Seq is deur BMKGENE ontwikkel om betroubaarheid en akkuraatheid van finale uitset te verseker.

Diensspesifikasies

Platform	Kon.(ng/gl)	Totaal (ug)	OD260/280
Illumina NovaSeq	>35	>1.6(Volumn>15μl)	1,6-2,5

Let wel: Drie monsters, elk met drie ensiemskemas, sal vir voor-eksperiment uitgevoer word.

Aanbevole volgordebepalingstrategie

Volgorde-diepte: 10X/Tag

Genoom grootte	Aanbevole SLAF-etikette
< 500 Mb	100K of WGS
500 Mb- 1 Gb	100 K
1 Gb -2 Gb	200 K
Reuse of komplekse genome	300 - 400K

Aansoeke

Aanbeveel

Bevolkingskaal

Opeenvolgingstrategie en diepte

Diepte

Merker nommer

GWAS

Voorbeeldnommer ≥ 200

10X

Volgens

genoom grootte

Genetiese Evolusie

Individue van elk

subgroep ≥ 10;

totale monsters ≥ 30

10X

Aanbevole voorbeeldaflewering

Houer: 2 ml sentrifugeerbuis

Vir die meeste monsters beveel ons aan om nie in etanol te bewaar nie.

Voorbeeldetikettering: Monsters moet duidelik gemerk en identies wees aan ingediende voorbeeldinligtingsvorm.

Versending: Droë-ys: Monsters moet eers in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.

Dienswerkvloei

Voorbeeld QC

Loodseksperiment

SLAF-eksperiment

Biblioteekvoorbereiding

Opeenvolging

Data-analise

Na-verkope Dienste

Vorige: DNA/RNA-volgordebepaling – Nanopore-volgordebepaling

Volgende: Menslike hele eksoom-volgordebepaling

1. Statistiek van kaartresultaat

2. SLAF merker ontwikkeling

3. Variasie-aantekening

Jaar	Joernaal	IF	Titel	Aansoeke
2022	Natuur kommunikasie	17,694	Genomiese basis van die giga-chromosome en giga-genoom van boompioen Paeonia ostii	SLAF-GWAS
2015	Nuwe Fitoloog	7,433	Huishoudelike voetspore anker genomiese streke van agronomiese belang in sojabone	SLAF-GWAS
2022	Tydskrif vir Gevorderde Navorsing	12,822	Genoomwye kunsmatige introgressies van Gossypium barbadense in G. hirsutum openbaar voortreflike lokusse vir gelyktydige verbetering van katoenveselkwaliteit en -opbrengs eienskappe	SLAF-Evolusionêre genetika
2019	Molekulêre Plant	10,81	Bevolkingsgenomiese analise en De Novo Assembly onthul die oorsprong van Weedy Rys as 'n evolusionêre speletjie	SLAF-Evolusionêre genetika
2019	Natuur Genetika	31,616	Genoomvolgorde en genetiese diversiteit van die gewone karp, Cyprinus carpio	SLAF-skakelkaart
2014	Natuur Genetika	25,455	Die genoom van gekweekte grondboontjies verskaf insig in peulgewas kariotipes, poliploïed evolusie en gewashuishouding.	SLAF-skakelkaart
2022	Plant Biotegnologie Tydskrif	9,803	Identifikasie van ST1 openbaar 'n seleksie wat die rylopery van saadmorfologie behels en olie-inhoud tydens sojaboonmaak	SLAF-Marker ontwikkeling
2022	Internasionale Tydskrif vir Molekulêre Wetenskappe	6,208	Identifikasie en DNA-merkerontwikkeling vir 'n koring-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomiese Chromosoomvervanging	SLAF-Marker ontwikkeling