Spesifieke-Lokus Versterkte Fragment Volgordebepaling (SLAF-Seq)
Werkvloei
Die diens het 'n mate van voorafontwerp in silico om die optimale ensiemkeuse vir die voorbereiding van die biblioteek te waarborg.
Tegniese Skema
Dienskenmerke
● Volgordebepaling op NovaSeq met PE150.
● Biblioteekvoorbereiding met dubbele strepieskode, wat die samevoeging van meer as 1000 monsters moontlik maak.
● Onafhanklik van verwysingsgenoom:
Met verwysingsgenoom: SNP- en InDel-ontdekking
Sonder verwysingsgenoom: monstergroepering en SNP-ontdekking
● In diein silicoVoor-ontwerpstadium veelvuldige restriksie-ensiemkombinasies word gekeur om die kombinasies te vind wat 'n eenvormige verspreiding van SLAF-etikette langs die genoom genereer.
● Tydens die voor-eksperiment word drie ensiemkombinasies in 3 monsters getoets om 9 SLAF-biblioteke te genereer, en hierdie inligting word gebruik om die optimale restriksie-ensiemkombinasie vir die projek te kies.
Diensvoordele
●Ontdekking van hoë genetiese merkersOns integreer 'n hoë-deurset dubbele strepieskodestelsel wat die gelyktydige volgordebepaling van groot populasies moontlik maak, en lokus-spesifieke amplifikasie wat doeltreffendheid verhoog, wat verseker dat etiketnommers aan die uiteenlopende vereistes van verskeie navorsingsvrae voldoen.
● Lae afhanklikheid van die genoomDit kan toegepas word op spesies met of sonder 'n verwysingsgenoom.
●Buigsame Skema-ontwerpEnkelensiem-, dubbelensiem-, multiensiem-vertering en verskeie tipes ensieme kan almal gekies word om aan verskillende navorsingsdoelwitte of spesies te voldoen.
● Hoë Doeltreffendheid in Ensiematiese VerteringDie geleiding van 'nin silicoVoorontwerp en 'n vooreksperiment verseker optimale ontwerp met egalige verspreiding van SLAF-etikette op die chromosoom (1 SLAF-etikette/4Kb) en verminderde herhalende volgorde (<5%).
●Uitgebreide kundigheidOns bring 'n rykdom van ervaring na elke projek, met 'n rekord van die afhandeling van meer as 5000 SLAF-Seq-projekte oor honderde spesies, insluitend plante, soogdiere, voëls, insekte en waterorganismes.
● Selfontwikkelde Bioinformatiese WerkvloeiOns het 'n geïntegreerde bioinformatiese werkvloei vir SLAF-Seq ontwikkel om die betroubaarheid en akkuraatheid van die finale uitset te verseker.
Diensspesifikasies
| Tipe analise | Aanbevole bevolkingskaal | Volgordebepalingstrategie | |
| Diepte van merkervolgordebepaling | Etiketnommer | ||
| Genetiese Kaarte | 2 ouers en >150 nageslag | Ouers: 20x WGS Afslaan: 10x | Genoomgrootte: <400 Mb: WGS word aanbeveel <1Gb: 100K etikette 1-2Gb:: 200K etikette >2Gb: 300K etikette Maksimum 500k etikette |
| Genoomwye Assosiasiestudies (GWAS) | ≥200 monsters | 10x | |
| Genetiese Evolusie | ≥30 monsters, met >10 monsters van elke subgroep | 10x | |
Diensvereistes
Konsentrasie ≥ 5 ng/µL
Totale hoeveelheid ≥ 80 ng
Nanodrup OD260/280=1.6-2.5
Agarosegel: geen of beperkte afbraak of kontaminasie
Aanbevole monsteraflewering
Houer: 2 ml sentrifugebuis
(Vir die meeste monsters beveel ons aan om dit nie in etanol te preserveer nie)
Monsteretikettering: Monsters moet duidelik gemerk wees en identies wees aan die ingediende monsterinligtingsvorm.
Versending: Droëys: Monsters moet eers in sakke verpak word en in droëys begrawe word.
Dienswerkvloei
Voorbeeld QC
Loodseksperiment
SLAF-eksperiment
Biblioteekvoorbereiding
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope Dienste
Ons bioinformatiese analise behels:
Data-QC en data-snoei om N-ryke lesings, adapterlesings of lae kwaliteit lesings te verwyder.
'n Tweede kwaliteitskontrole van die skoon lesings om die basisverspreiding, volgordekwaliteit en 'n data-assessering na te gaan, maar ook om die verteringsdoeltreffendheid en die verkrygde invoegsels na te gaan.
Sodra die lesings nagegaan is, is daar twee opsies:
- Kartering na verwysingsgenoom
- Sonder 'n verwysingsgenoom: groepering
Daarna word die analise van SLAF-etikette gebruik om variantoproepe te doen om te help met die merkerontdekking: SNP, InDel, SNV, CV-oproepe en annotasie.
Verspreiding van SLAF-etikette op chromosome:
Verspreiding van SNP's op chromosome:
SNP-annotasie
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X en Shi C (2023) QTL-kartering en transkriptoomanalise van suikerinhoud tydens vrugterypwording vanPyrus pyrifolia.Voorkant. Plantwetenskap.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Identifikasie van st1 onthul 'n seleksie wat die koppeling van saadmorfologie en olie-inhoud tydens sojaboon-domesticering behels.Plantbiotegnologie Tydskrif, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et al.Genoomvolgorde en genetiese diversiteit van die gewone karp,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et al.Die genoom van gekweekte grondboontjies bied insig in peulgewasse se kariotipes, poliploïede evolusie en gewasdomestisering.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Jaar | Joernaal | IF | Titel | Toepassings |
| 2022 | Natuurkommunikasie | 17.694 | Genomiese basis van die giga-chromosome en giga-genoom van boompioen Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nuwe Fitoloog | 7.433 | Domestiseringsvoetspore anker genomiese streke van agronomiese belang in sojabone | SLAF-GWAS |
| 2022 | Tydskrif vir Gevorderde Navorsing | 12.822 | Genoomwye kunsmatige introgressies van Gossypium barbadense in G. hirsutum toon superieure lokusse vir gelyktydige verbetering van katoenveselkwaliteit en -opbrengs eienskappe | SLAF-Evolusionêre genetika |
| 2019 | Molekulêre Plant | 10.81 | Populasiegenomiese analise en De Novo-samestelling onthul die oorsprong van Weedy Rys as 'n evolusionêre spel | SLAF-Evolusionêre genetika |
| 2019 | Natuurgenetika | 31.616 | Genoomvolgorde en genetiese diversiteit van die gewone karp, Cyprinus carpio | SLAF-Skakelkaart |
| 2014 | Natuurgenetika | 25.455 | Die genoom van gekweekte grondboontjies bied insig in peulgewasse se kariotipes, poliploïede evolusie en gewasdomestisering. | SLAF-Skakelkaart |
| 2022 | Plantbiotegnologie Tydskrif | 9.803 | Identifikasie van ST1 onthul 'n seleksie wat die lift van saadmorfologie behels en olie-inhoud tydens sojaboon-domesticering | SLAF-Merker-ontwikkeling |
| 2022 | Internasionale Tydskrif vir Molekulêre Wetenskappe | 6.208 | Identifikasie en DNA-merkerontwikkeling vir 'n Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomiese Chromosome Vervanging | SLAF-Merker-ontwikkeling |
| Jaar | Joernaal | IF | Titel | Toepassings |
| 2023 | Grense in plantwetenskap | 6.735 | QTL-kartering en transkriptoomanalise van suikerinhoud tydens vrugrypwording van Pyrus pyrifolia | Genetiese Kaart |
| 2022 | Plantbiotegnologie Tydskrif | 8.154 | Identifikasie van ST1 onthul 'n seleksie wat die koppeling van saadmorfologie en olie-inhoud tydens sojaboon-domesticering behels.
| SNP-oproepe |
| 2022 | Grense in plantwetenskap | 6.623 | Genoomwye Assosiasiekartering van Hulless Barely Fenotipes in Droogte-omgewing.
| GWAS |
