T2T Genoomsamestelling | Ultra Lang Volgordebepaling
Dienskenmerke
•Lewer telomeer-tot-telomeer genoomsamestellings met hoë akkuraatheid, hoë aaneensluiting en hoë volledigheid.
•Oorkom monteringsuitdagings in sentromeriese en hoogs herhalende streke.
•Analiseer strukturele variasies in komplekse streke soos sentromere en telomere.
•Ondersoek chromosoom-oorsprong en domestisering, en identifiseer belangrike geslagsbepalende gene.
Diensvoordele
•Professionele ultra-lange span wat van ekstraksie tot volgordebepaling dek, met suksesvolle ervaring oor verskeie spesies.
•Toegang tot beide PacBio- en Nanopore-langleesplatforms met hoë deurset en buigsame volgordebepalingstrategieë.
•Ervare span in genoomsamestelling en pasgemaakte bioinformatika-analise, vaardig in T2T-genoomprojekte.
•Meer as 200 suksesvolle genoomprojekte en meer as 2000 opgehoopte impakfaktore.
•Geïntegreerde eksperimentele en bioinformatiese oplossings ondersteun deur kopieregte en patente.
Diensspesifikasies
| Genoomopname | Genoomsamestelling | Chromosoomvlak | gapingvulling | Genoom-annotasie |
| 50X Illumina NovaSeq PE150 | 30X PacBio CCS HiFi-lesings | 100X Hi-C | 40-100X ONT Ultra lang lesings | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (opsioneel) Volle lengte RNA-seq PacBio 40 Gb of Nanopore 12 Gb |
Diensvereistes
Vir Survey-, PacBio CCS-, Hi-C- en transkriptoom- (vir annotasie-) volgordebepalingsmonsters, verwys asseblief na die “chromosoomvlakvereistes vir genoomsamestellingmonster".
Vir ONT ultra-lang volgordebepaling word weefselmonsters aanbeveel, met hoër gehaltestandaarde om die ekstraksie van ultra-HMW DNS te ondersteun.
Vir gedetailleerde monstervoorbereidingsinstruksies en vereistes, kontak asseblief ons verkoops span vir 'n pasgemaakte oplossing gebaseer op die spesie.
Dienswerkvloei
Eksperimentontwerp
Voorbeeld aflewering
DNS-ekstraksie
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Hoofontledings sluit in:
1) T2T Genoomsamestelling
● T2T-genoom verwys na 'n genoom met “0 gapings” waarin ten minste een chromosoom volledig van telomeer tot telomeer saamgestel is.
● Deur gebruik te maak van hoogs akkurate CCS-lesings en ONT ultra-lang lesings:
* Genereer contig v1-genoom via hibriede samestelling met behulp van hifiasm (v0.25.0).
* Verwyder plastied- en besmette volgordes deur BLAST teen die NT-databasis.
* Steierwerk kontigs in chromosoom-skaal samestelling met behulp van Hi-C data met 3D-DNS.
* Vul ontbrekende telomere deur plaaslike samestelling met ONT-lesings om die finale T2T-genoom te verkry.
2) Evaluering van die Vergadering
● BUSCO-evaluering
BUSCO v5.2.1 (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) konstrueer enkelkopie-geenstelle vir belangrike evolusionêre afstammelinge gebaseer op die OrthoDB 10-databasis. Die saamgestelde genoom word geëvalueer deur belyning teen hierdie geenstel, gebaseer op die ooreenstemmingsverhouding en integriteit.
'n Hoër proporsie "Volledige BUSCO's" dui op hoër genoomsamestelling-volledigheid.
● Lees kartering
Rig kort lesings van volgende-generasie volgordebepaling (bv. Illumina) op die saamgestelde genoom met behulp van bwa. Rig derde-generasie lang lesings op die saamgestelde genoom met behulp van Minimap2.
Die volledigheid van die saamgestelde genoom en eenvormigheid van volgordebepalingsdekking word geëvalueer gebaseer op karteringstempo, genoomdekkingsverhouding en diepteverspreiding.
● Genoom-QC-evaluering
Evalueer die samestelling met behulp van Merqury deur hoogs akkuraatheid-volgordebepalinglesings k-mers met die genoomsamestelling te vergelyk om konsensuskwaliteit (QV) te verkry.
Hoër kwaliteitswaardes dui op hoër akkuraatheid van die saamgestelde genoom.
● Genoom LAI-evaluering
LAI (LTR Assembly Index) bepaal die integriteit van genoomsamestelling as die verhouding van intakte LTR retrotransposon-reekse tot totale LTR-reekse. Kandidaat-LTR-RT-reekse word geïdentifiseer met behulp van LTR_FINDER (v1.0.7) en LTRharvest (v1.5.9), dan gefiltreer en geïntegreer met behulp van LTR_retriever (v2.8) om LTR retrotransposons met hoë vertroue te verkry en LAI te bereken.
Volgens die LAI-ontwikkelaar se publikasie word LAI-waardes in drie vlakke geklassifiseer:
Konsep (0 ≤ LAI < 10), Verwysing (10 ≤ LAI < 20) en Goud (LAI ≥ 20).
● Identifikasie van Telomere en Sentromere
Identifiseer potensiële telomeerherhalingseenhede in die genoom met behulp van TIDK. Bespeur telomeervolgordes en verkry posisionele inligting met behulp van FindTelomeres gebaseer op herhalingsmotiewe.
Identifiseer potensiële sentromeriese herhalings deur gebruik te maak van Centromics met derde-generasie langlesings, en herkaart dan na die genoom om sentromeerposisies en -reekse te verkry.
1) Genoom Chromosoomkaart
2)Telomeerposisies in die Genoom
| Chr | Chr Lengte (bp) | Stroomop_Begin(bp) | Stroomop_Einde(bp) | Stroomop_Lengte(bp) | Afstroom_Begin(bp) | Afstroom_Einde(bp) | Stroomaf_Lengte(bp) |
| Chr01 | 55,340,768 | 53 | 2 036 | 1 984 | 55,338,794 | 55,340,768 | 1 975 |
| Chr02 | 56,588,289 | 1 | 2 760 | 2 760 | 56,584,191 | 56,588,289 | 4 099 |
| Chr03 | 46,886,733 | 20 | 3 001 | 2 982 | 46,881,994 | 46,886,733 | 4 740 |
| Chr04 | 49 401 798 | 1 | 2 143 | 2 143 | 49,399,160 | 49 401 798 | 2 639 |
| Chr05 | 45,855,317 | 10 | 3 043 | 3 034 | 45,852,809 | 45,855,317 | 2 509 |
| Chr06 | 45,285,625 | 1 | 3 268 | 3 268 | 45,283,427 | 45,285,625 | 2 199 |
| Chr07 | 48,122,726 | 1 | 2 317 | 2 317 | 48,120,519 | 48,122,726 | 2 208 |
Note:
Chr: Chromosoom-ID
Chr_Lengte (bp): Chromosoomlengte
Stroomop_Begin (bp): Beginposisie van die stroomop telomeer op die chromosoom
Stroomop_Einde (bp): Eindposisie van die stroomop telomeer op die chromosoom
Stroomop_Lengte (bp): Lengte van die stroomop telomeer op die chromosoom
Afstroom_Begin (bp): Beginposisie van die afstroom-telomeer op die chromosoom
Afstroom_Einde (bp): Eindposisie van die afstroom-telomeer op die chromosoom
Stroomafwaartse_lengte (bp): Lengte van die stroomafwaartse telomeer op die chromosoom
3)Sentromeerposisies in die Genoom
| Chr | Chr_Lengte(bp) | Centromics_Begin(bp) | Centromics_End(bp) |
| Chr01 | 55,340,768 | 18,943,204 | 23,005,555 |
| Chr02 | 56,588,289 | 28,114,720 | 30 677 916 |
| Chr03 | 46,886,733 | 24 487 558 | 24,929,326 |
| Chr04 | 49 401 798 | 20 976 875 | 22 563 388 |
| Chr05 | 45,855,317 | 18 578 095 | 19 715 924 |
| Chr06 | 45,285,625 | 19 398 436 | 19,950,173 |
| Chr07 | 48,122,726 | 26,390,720 | 27,913,284 |
Let wel:
Chr: Chromosoom-ID
Chr_Lengte (bp): Chromosoomlengte
Sentromeer_Begin (bp): Beginposisie van die sentromeer op die chromosoom
Sentromeer_Einde (bp): Eindposisie van die sentromeer op die chromosoom
4) Gapingstatistieke van Vergaderingsresultate
| Groep | Gap_Nommer | Len |
| Chr01 | 0 | 55,340,768 |
| Chr02 | 0 | 56,588,289 |
| Chr03 | 0 | 46,886,733 |
| Chr04 | 0 | 49 401 798 |
| Chr05 | 0 | 45,855,317 |
| Chr06 | 0 | 45,285,625 |
| Chr07 | 0 | 48,122,726 |
| Totaal (Verhouding %) | 0 | 347,481,256 (100.00) |
Note:
Groep: Chromosoom-ID
Gap_Nommer: Aantal gapings op die chromosoom
Lengte (bp): Chromosoomlengte
5) Genoom LAI-evaluering
| Chr | Chr Lengte (bp) | Ongeskonde | Totaal | rou_LAI | LAI |
| hele_genoom | 347,481,256 | 0.046 | 0.36 | 12.94 | 15.18 |
Let wel: Volgens die publikasie deur die LAI-ontwikkelaars word LAI-waardes in drie kategorieë geklassifiseer: Konsep (0 ≤ LAI < 10), Verwysing (10 ≤ LAI < 20), en Goud (LAI ≥ 20).
Chr-lengte (bp): Chromosoomlengte
Intakt: Proporsie van intakte LTR-RT's in die genoom
Totaal: Proporsie van totale LTR'e in die genoom
rou_LAI = Ongeskonde / Totaal × 100
LAI: Gekorrigeerde LAI-waarde
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se de novo genoomsamestellingsdienste vergemaklik word deur 'n saamgestelde versameling publikasies:
T2T Genome
Liu, Shoucheng et al."'n Telomeer-tot-telomeer genoomsamestelling gekoppel aan multi-omiese data bied insigte in die evolusie van heksaploïde broodkoring."Natuurgenetika vol. 57,4 (2025): 1008-1020. doi:10.1038/s41588-025-02137-x
Yao, Xue-Feng et al."Volledige genoomsamestelling van die japonica-rysvariëteit Zhonghua 11."Plantkommunikasie vol. 6,10 (2025): 101463. doi:10.1016/j.xplc.2025.101463
Lv, Zhiyuan et al."Naby telomeer-tot-telomeer genoomsamestelling van Camellia pitardii."Wetenskaplike data vol. 12,1 1422. 14 Aug. 2025, doi:10.1038/s41597-025-05764-5
Du, Haiyuan et al."'n Byna volledige genoomsamestelling van Fragaria iinumae."BMC genomika vol. 26,1 253. 14 Maart 2025, doi:10.1186/s12864-025-11440-0
Chen, Weikai et al."Die volledige genoomsamestelling van Nicotiana benthamiana onthul die genetiese en epigenetiese landskap van sentromere."Natuurplante vol. 10,12 (2024): 1928-1943. doi:10.1038/s41477-024-01849-y
Haplotipe-opgeloste T2T-genoom
Khan, Falak Sher et al. “Haplotipe-opgeloste T2T gapingvrye genome van die wyndruifkultivar Cabernet Sauvignon.”Wetenskaplike data, 10.1038/s41597-026-06910-3. 26 Februarie 2026, doi:10.1038/s41597-026-06910-3
T2T Genoom + Vergelykende Genoom
Hong, Lin et al. “Konstruksie en analise van telomeer-tot-telomeer genome vir 2 soet lemoene: Longhuihong en Newhall (Citrus sinensis).”GigaWetenskapvol. 13 (2024): giae084. doi:10.1093/gigascience/giae084
Li, Xiao-Jie et al. “Analise van die telomeer-tot-telomeer-genoom van rooi wortel TXH4 verduidelik die rol van DcLCYE en DcLCYB1 in likopeen-akkumulasie in wortel.”Tuinbounavorsingvol. 12,11 uhaf192. 29 Julie 2025, doi:10.1093/hr/uhaf192
T2T Genoom + Pangenoom
Wang, Xiaojing et al. “T2T-genoom, pan-genoom-analise en hittestresresponsgene in Rhododendron-spesies.”iMetavol. 4,2 e70010. 5 Maart 2025, doi:10.1002/imt2.70010
