Volledige genoombisulfietvolgordebepaling (WGBS)
Hierdie tegniek, gebaseer op die bisulfietbehandeling van DNS om die omskakeling van ongemetileerde sitosiene na urasiel (C na U) te veroorsaak, terwyl gemetileerde sitosiene onveranderd gelaat word, staan as die goue standaardmetodologie vir diepgaande ondersoek van DNS-metilering, spesifiek die vyfde posisie in sitosien (5-mC), 'n sentrale reguleerder van geen-ekspressie en sellulêre aktiwiteit.
Hierdie tegniek bied enkelbasis-resolusie, wat navorsers in staat stel om die metiloom omvattend te ondersoek en abnormale metileringspatrone binne die monsters te ontdek. Deur WGBS te gebruik, kan wetenskaplikes ongeëwenaarde insigte in genoomwye metileringslandskappe verkry, wat 'n genuanseerde begrip bied van die epigenetiese meganismes wat onderliggend is aan diverse biologiese prosesse en siektes.
Dienskenmerke
● Volgordebepaling op Illumina NovaSeq.
● Vereis 'n verwysingsgenoom.
● Lambda-DNS word bygevoeg om die doeltreffendheid van bisulfietomskakeling te monitor.
Diensvoordele
●Goudstandaard vir DNA-metileringsnavorsingHierdie volwasse tegnologie het hoë akkuraatheid en goeie reproduceerbaarheid.
●Wye dekking en enkelbasis-resolusie:Die opsporing van metileringsplekke is op 'n genoomwye vlak.
●Volledige platform:Ons bied eenstopdiens van monsterverwerking, biblioteekkonstruksie, volgordebepaling tot bioinformatika-analise.
●Uitgebreide kundigheidOns het 'n breë spektrum projekte wat oor 'n diverse reeks spesies voltooi is. BMKGENE bring meer as 'n dekade se ondervinding, 'n hoogs bekwame ontledingspan, omvattende inhoud en uitstekende na-verkope ondersteuning.
●Moontlikheid om aan te sluit by Transkriptomika-analise: Maak die geïntegreerde analise van WGBS met ander omika-data soos RNA-seq moontlik.
Voorbeeldspesifikasies
| Biblioteek | Volgordebepalingstrategie | Aanbevole data-uitvoer | Gehaltebeheer |
| Bisulfiet behandel | Illumina PE150 | 30x diepte | Q30 ≥ 85% Bisulfietomskakeling > 99% |
Voorbeeldvereistes
| Konsentrasie (ng/µL) | Totale hoeveelheid (µg) | Bykomende vereistes | |
| Genomiese DNS | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Beperkte agteruitgang of kontaminasie |
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
DNS-ekstraksie
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Data-aflewering
Die diens sluit die volgende ontleding in:
● Kwaliteitskontrole van rou volgordebepaling;
● Kartering na verwysingsgenoom;
● Opsporing van 5mC gemetileerde basisse;
● Analise van metileringsverspreiding en annotasie;
● Analise van Differensieel Gemetileerde Streke (DMR'e);
● Funksionele annotasie van gene wat met DMR'e geassosieer word.
5mC metileringsopsporing: tipes gemetileerde plekke
Metileringskaart. 5mC-metileringsgenoomwye verspreiding
Annotasie van hoogs gemetileerde streke
Differensieel gemetileerde streke: geassosieerde gene
Differensieel Gemetileerde Streke: annotasie van geassosieerde gene (Geenontologie)
Verken die navorsingsvorderings wat deur BMKGene se volledige genoombisulfietvolgordebepalingsdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Fan, Y. et al. (2020) 'Analise van DNS-metileringsprofiele tydens skaapskeletspierontwikkeling met behulp van volgenoombisulfietvolgordebepaling',BMC Genomika, 21(1), pp. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Nuwe deoksiribonukleïensuurmetileringsversteurings in werkers wat aan vinielchloried blootgestel is',Toksikologie en Industriële Gesondheid, 38(7), pp. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Verwantskappe tussen genoommetilering, vlakke van nie-koderende RNA's, mRNA's en metaboliete in rypwordende tamatievrugte',Die Plantjoernaal, 103(3), pp. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
