Hele transkripsievolgordebepaling – Illumina
Kenmerke
● Dubbele biblioteek om die volledige transkriptoom te volgorde: rRNA-uitputting gevolg deur PE150-biblioteekvoorbereiding en grootteseleksie gevolg deur SE50-biblioteekvoorbereiding
● Voltooi bioinformatika-analise van mRNA, lncRNA, circRNA en miRNA in aparte bioinformatika verslae
● Gesamentlike ontleding van alle RNA-uitdrukking in gekombineerde verslag, insluitend ceRNA-netwerkontleding.
Diensvoordele
●In-diepte ontleding van regulatoriese netwerke: ceRNA-netwerkanalise word moontlik gemaak deur die gesamentlike volgordebepaling van mRNA, lncRNA, circRNA en miRNA en deur 'n volledige bioinformatiese werkvloei.
●Omvattende aantekening: ons gebruik veelvuldige databasisse om die Differensieel Uitgedrukte Gene (DEG's) funksioneel te annoteer en die ooreenstemmende verrykingsanalise uit te voer, wat insigte verskaf oor die sellulêre en molekulêre prosesse onderliggend aan die transkriptoomreaksie.
●Uitgebreide kundigheid: met 'n rekord van die suksesvolle sluiting van meer as 2000 hele transkripsieprojekte in verskeie navorsingsdomeine, bring ons span 'n magdom ervaring na elke projek.
●Streng kwaliteitbeheer: ons implementeer kernbeheerpunte oor alle stadiums, van monster- en biblioteekvoorbereiding tot volgordebepaling en bioinformatika.Hierdie noukeurige monitering verseker die lewering van konsekwent hoë kwaliteit resultate.
● Omvattende annotasie: ons gebruik veelvuldige databasisse om die Differensieel Uitgedrukte Gene (DEG's) funksioneel te annoteer en die ooreenstemmende verrykingsanalise uit te voer, wat insigte verskaf oor die sellulêre en molekulêre prosesse onderliggend aan die transkriptoomreaksie.
●Ondersteuning na verkope: Ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk.Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossingshulp en V&A-sessies om enige navrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Opeenvolgingstrategie | Data aanbeveel | Kwaliteitsbeheer |
| rRNA uitgeput | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85% |
| Grootte gekies | Illumina SE50 | 10-20M lees |
Voorbeeldvereistes:
Nukleotiede:
| Kons.(ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Reinheid | Integriteit |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNA-kontaminasie word op gel gewys. | Plante: RIN≥6,5 Dier: RIN≥7,0 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislyn hoogte nie |
Aanbevole voorbeeldaflewering
Houer:
2 ml sentrifugeerbuis (tinfoelie word nie aanbeveel nie)
Monsteretikettering: Groep+repliseer bv. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNA-stabiele buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuis gedroog word (bv. RNAstable®) en in kamertemperatuur verskeep word.
Dienswerkvloei
Eksperiment ontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
Bioinformatika
RNA uitdrukking oorsig
Differensieel uitgedrukte gene
ceRNA analise
Differensieel uitgedrukte miRNA's en verwante RNA's
Verken die navorsingsvorderings wat deur BMKGene se hele transkripsievolgordebepalingsdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Dai, Y. et al.(2022) 'Omvattende uitdrukkingsprofiele van mRNA's, lncRNA's en miRNA's in Kashin-Beck-siekte geïdentifiseer deur RNA-volgordebepaling', Molecular Omics, 18(2), pp. 154-166.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al.(2022) 'Vollengte-transkriptome-analise van koue-weerstand van Apis cerana in Changbai-berg tydens oorwinteringsperiode.', Gene, 830, pp. 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al.(2022) 'Multi-Omics-integrasie-gebaseerde prioritisering van mededingende endogene RNA-reguleringsnetwerke in kleinsel-longkanker: molekulêre kenmerke en geneesmiddelkandidate', Frontiers in Oncology, 12, p.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al.(2022) 'Geïntegreerde ontleding van die lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA uitdrukkingsprofiele openbaar nuwe insigte in potensiële meganismes in reaksie op knopwortelaalwurms in grondboontjies', BMC Genomics, 23(1), pp. 1–12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURE/7.
Yan, Z. et al.(2022) 'Voltranskriptoom-RNA-volgordebepaling beklemtoon die molekulêre meganismes wat verband hou met die handhawing van na-oeskwaliteit in broccoli deur rooi LED-bestraling', Postharvest Biology and Technology, 188, p.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
