Volledige Transkriptoomvolgordebepaling – Illumina
Kenmerke
● Dubbele biblioteekgenerering om die volledige transkriptoom te orden: rRNA-uitputtingsbiblioteek en klein RNA-biblioteekvoorbereiding.
● Volledige bioinformatiese analise van mRNA, lncRNA, circRNA en miRNA in afsonderlike bioinformatiese verslae, plus 'n gesamentlike analise met alle RNA-ekspressie gekombineer, insluitend ceRNA-netwerkanalise.
Diensvoordele
●Uitgebreide kundigheidOns het meer as 2100 volledige transkriptoomprojekte verwerk, wat uiteenlopende steekproeftipes dek. Ons bring die rykdom van kundigheid na elke projek.
●Streng gehaltebeheerOns implementeer kernkontrolepunte oor alle stadiums, van monstervoorbereiding tot biblioteekvoorbereiding, volgordebepaling en bioinformatika. Ons noukeurige monitering verseker die lewering van konsekwent hoëgehalte-resultate.
●Omvattende AnnotasieOns gebruik verskeie databasisse om die Differensieel Uitgedrukte Gene (DEG's) funksioneel te annoteer en ooreenstemmende verrykingsontledings uit te voer. Hierdie omvattende benadering bied insigte in die sellulêre en molekulêre prosesse onderliggend aan die transkriptoomrespons, wat verseker dat u al die moontlike inligting oor u eksperiment se data kry.
●Diepgaande analise van regulatoriese netwerkeceRNA-netwerkanalise word moontlik gemaak deur die gesamentlike volgordebepaling van mRNA, lncRNA, circRNA en miRNA en deur 'n uitputtende bioinformatiese werkvloei.
●Na-verkope ondersteuningOns verstaan hoe belangrik dit is om teenwoordig te wees, daarom strek ons verbintenis verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolg, hulp met probleemoplossing en vraag-en-antwoordsessies om enige navrae rakende die resultate te beantwoord.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Volgordebepalingstrategie | Aanbevole data | Gehaltebeheer |
| rRNA uitgeput | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85% |
| Grootte gekies | Illumina SE50 | 10-20 miljoen lesings |
Voorbeeldvereistes:
Nukleotiede:
| Kons. (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Suiwerheid | Integriteit |
| ≥ 80 | ≥ 1.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNS-kontaminasie op gel getoon nie. | RIN≥6.0 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislynhoogte |
Aanbevole monsteraflewering
Houer: 2 ml sentrifugebuis (Foelie word nie aanbeveel nie)
Voorbeeldbenoeming: Groep+herhaal bv. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNAstable-buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuise (bv. RNAstable®) gedroog word en by kamertemperatuur verskeep word.
Dienswerkvloei
Eksperimentontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteekkonstruksie
Volgordebepaling
Data-analise
Na-verkope dienste
Bioinformatika
Bo en behalwe al die ontledings op elke verskil, word die 4 tipes RNA in ons gesamentlike ontleding gekombineer:
- Ko-ekspressie-analise tussen al die verskillende tipes RNA-data
- RNA-ekspressie-oorsig
- Oorsig van differensiële uitdrukkings
- CeRNA-netwerk
- Sleutelgene geïntegreer in die pad
- Bewaringsanalise
- Teikenverhoudings
RNA-ekspressie-oorsig
Differensieel Uitgedrukte gene
ceRNA-analise
Differensieel uitgedrukte miRNA's en verwante RNA's
Verken die navorsingsvorderings wat deur BMKGene se volledige transkriptoomvolgordebepalingsdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Dai, Y. et al. (2022) 'Omvattende ekspressieprofiele van mRNA's, lncRNA's en miRNA's in Kashin-Beck-siekte geïdentifiseer deur RNA-volgordebepaling',Molekulêre Omika, 18(2), pp. 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) 'Volledige transkriptome-analise van kouebestandheid van Apis cerana in Changbai-berg gedurende die oorwinteringstydperk.'Geen, 830, bl. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) 'Multi-Omika Integrasie-Gebaseerde Prioritisering van Kompeterende Endogene RNA Reguleringsnetwerke in Kleinsellongkanker: Molekulêre Eienskappe en Geneesmiddelkandidate',Grense in Onkologie, 12, bl. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) 'Geïntegreerde analise van die lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA-ekspressieprofiele onthul nuwe insigte in potensiële meganismes in reaksie op wortelknoopnematode in grondboontjies',BMC Genomika, 23(1), pp. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et al. (2022) 'Volledige transkripoom RNS-volgordebepaling beklemtoon die molekulêre meganismes wat verband hou met die handhawing van na-oes kwaliteit in broccoli deur rooi LED-bestraling',Na-oes Biologie en Tegnologie, 188, bl. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
