ምርቶች

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

በ 16S እና 18S አር ኤን ኤ ላይ ያለው ንዑስ ክፍል ሁለቱንም በጣም የተጠበቁ እና ከፍተኛ ተለዋዋጭ ክልሎችን የያዘ ለፕሮካርዮቲክ እና ኢውካርዮቲክ ፍጥረታት መለያ ፍጹም የሞለኪውላር አሻራ ነው።ቅደም ተከተሎችን በመጠቀም እነዚህ አምፖሎች በተጠበቁ ክፍሎች ላይ ተመስርተው ሊነጣጠሩ ይችላሉ እና ልዕለ-ተለዋዋጭ ክልሎች በጥቃቅን ተህዋሲያን ለመለየት ሙሉ ለሙሉ ተለይተው የሚታወቁት ጥቃቅን ብዝሃነት ትንተና፣ ታክሶኖሚ፣ ፋይሎጅኒ ወዘተ. ነጠላ ሞለኪውል የእውነተኛ ጊዜ (SMRT) የPacBio መድረክ ቅደም ተከተል ከፍተኛ ትክክለኛ ረጅም ንባቦችን ለማግኘት ያስችላል፣ ይህም ሙሉ ርዝመት ያላቸውን አምፖሎች (በግምት 1.5 ኪባ) ሊሸፍን ይችላል።የጄኔቲክ መስክ ሰፊ እይታ በባክቴሪያ ወይም በፈንገስ ማህበረሰብ ውስጥ የዝርያ ማብራሪያ ላይ ያለውን መፍትሄ በእጅጉ አሻሽሏል።

መድረክ፡PacBio ተከታይ II

አግኙን

የአገልግሎት ዝርዝሮች

የማሳያ ውጤቶች

የጉዳይ ጥናት

የአገልግሎት ጥቅሞች

● ረጅም ጊዜ ያነበበ የ16S/18S/ITS የሙሉ ርዝመት ቅደም ተከተል ያሳያል

● ከፍተኛ ትክክለኛ የመሠረት ጥሪ ከPacBio CCS ሁነታ ቅደም ተከተል ጋር

● የዝርያዎች-ደረጃ ጥራት በኦቲዩ/ኤኤስቪ ማብራሪያ

● የቅርብ ጊዜ QIIME2 ፍሰትን በመረጃ ቋት ፣ በማብራራት ፣ OTU/ASV አንፃር ከተለያዩ ትንታኔዎች ጋር።

● ለተለያዩ የማይክሮባዮሎጂ ማህበረሰብ ጥናቶች ተፈጻሚ ይሆናል።

● BMK በአመት ከ100,000 በላይ ናሙናዎች፣አፈርን፣ውሃን፣ ጋዝን፣ ዝቃጭን፣ ሰገራን፣ አንጀትን፣ ቆዳን፣ የመፍላት መረቅን፣ ነፍሳትን፣ እፅዋትን፣ ወዘተ በመሸፈን ሰፊ ልምድ አለው።

● BMKCloud 45 ግላዊነት የተላበሱ የመመርመሪያ መሳሪያዎችን የያዘ የውሂብ ትርጉም አመቻችቷል።

የአገልግሎት ዝርዝሮች

ቅደም ተከተልመድረክ	ቤተ መፃህፍት	የሚመከር ውሂብ	የመመለሻ ጊዜ
PacBio ተከታይ II	SMRT-ደወል	5ኪ/10ኪ/20ኪ መለያዎች	44 የስራ ቀናት

ባዮኢንፎርማቲክስ ትንታኔዎች

● የጥሬ መረጃ ጥራት ቁጥጥር

● የኦቲዩ ስብስብ/ድምፅ ማጥፋት(ASV)

● የ OTU ማብራሪያ

● የአልፋ ልዩነት

● የቤታ ልዩነት

● የቡድን ትንተና

● በሙከራ ሁኔታዎች ላይ የማህበሩ ትንተና

● የተግባር ጂን ትንበያ

ናሙና መስፈርቶች እና ማድረስ

የናሙና መስፈርቶች፡

ለየዲኤንኤ ውህዶች:

የናሙና ዓይነት	መጠን	ትኩረት መስጠት	ንጽህና
የዲኤንኤ ውህዶች	1 μg	： 20 ng/μl	OD260/280= 1.6-2.5

ለአካባቢያዊ ናሙናዎች፡-

የናሙና ዓይነት	የሚመከር የናሙና አሰራር
አፈር	የናሙና መጠን: በግምት.5 ግ;የተረፈውን የደረቀ ንጥረ ነገር ከምድር ላይ ማስወገድ ያስፈልጋል;ትላልቅ ቁርጥራጮችን መፍጨት እና በ 2 ሚሜ ማጣሪያ ውስጥ ማለፍ;የ Aliquot ናሙናዎች በማይጸዳ EP-tube ወይም cyrotube ውስጥ ለማስያዝ።
ሰገራ	የናሙና መጠን: በግምት.5 ግ;ለቦታ ማስያዝ በማይጸዳ EP-tube ወይም cryotube ውስጥ ናሙናዎችን ይሰብስቡ እና ይልቀቁ።
የአንጀት ይዘት	ናሙናዎች በ aseptic ሁኔታ ውስጥ መደረግ አለባቸው.የተሰበሰበውን ቲሹ በፒቢኤስ ያጠቡ;ፒቢኤስን ሴንትሪፉግ ያድርጉ እና በ EP-tubes ውስጥ ያለውን ተንሳፋፊ ይሰብስቡ።
ዝቃጭ	የናሙና መጠን: በግምት.5 ግ;ለቦታ ማስያዝ በማይጸዳ EP-tube ወይም cryotube ውስጥ ዝቃጭ ናሙና ይሰብስቡ እና ይላኩ።
የውሃ አካል	እንደ የቧንቧ ውሃ፣ የጉድጓድ ውሃ፣ ወዘተ የመሳሰሉ ውስን መጠን ያለው ረቂቅ ተሕዋስያን ላለው ናሙና ቢያንስ 1 ሊትር ውሃ ይሰብስቡ እና በ 0.22 μm ማጣሪያ ውስጥ በማለፍ በገለባው ላይ ረቂቅ ተሕዋስያንን ለማበልጸግ።ሽፋኑን በማይጸዳ ቱቦ ውስጥ ያከማቹ።
ቆዳ	የቆዳውን ገጽታ በማይጸዳ ጥጥ ወይም በቀዶ ጥገና ምላጭ በጥንቃቄ ይከርክሙት እና በማይጸዳ ቱቦ ውስጥ ያስቀምጡት።

የሚመከር ናሙና ማድረስ

ናሙናዎቹን በፈሳሽ ናይትሮጅን ውስጥ ለ 3-4 ሰአታት ያቀዘቅዙ እና በፈሳሽ ናይትሮጅን ወይም -80 ዲግሪ ለረጅም ጊዜ በተያዘ ቦታ ውስጥ ያከማቹ።ከደረቅ በረዶ ጋር ናሙና መላክ ያስፈልጋል.

የአገልግሎት ሥራ ፍሰት

ናሙና መላኪያ

የቤተ መፃህፍት ግንባታ

ቅደም ተከተል

የውሂብ ትንተና

ከሽያጭ በኋላ አገልግሎቶች

ቀዳሚ፡ 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

ቀጣይ፡- ለትራንስፖሴስ-ሊደረስ የሚችል Chromatin በከፍተኛ የፍተሻ ቅደም ተከተል (ATAC-seq)

1. የማብራሪያ ፍጥነት V3+V4(ኢሉሚና)-የተመሰረተ ጥቃቅን ማህበረሰብ መገለጫ እና ሙሉ-ርዝመት (PacBio) -መገለጫ።
(በነሲብ የተመረጡ የ30 ፕሮጀክቶች መረጃ ለስታቲስቲክስ ተተግብሯል)

2. የሙሉ ርዝመት የአምፕሊኮን ቅደም ተከተል የማብራሪያ መጠን በተለያዩ የናሙና ዓይነቶች በዝርያ ደረጃ

3.Species ስርጭት

4. ፋይሎጄኔቲክ ዛፍ

BMK መያዣ

የአርሴኒክ መጋለጥ የአንጀት እንቅፋት መጎዳት እና በዚህም ምክንያት የአንጀት-ጉበት ዘንግ እንዲነቃነቅ ያደርጋል ወደ ዳክዬ እብጠት እና ጉበት pyroptosis

የታተመአጠቃላይ የአካባቢ ሳይንስ ፣2021

የቅደም ተከተል ስልት፡

ናሙናዎች: ቁጥጥር vs 8 mg / ኪግ ATO የተጋለጡ ቡድን
የቅደም ተከተል የውሂብ ውጤት፡ 102,583 ጥሬ የሲሲኤስ ቅደም ተከተሎች በድምሩ
ቁጥጥር: 54,518 ± 747 ውጤታማ CCS
ATO-የተጋለጠ፡ 45,050 ± 1675 ውጤታማ CCS

ቁልፍ ውጤቶች

የአልፋ ልዩነት፡የ ATO መጋለጥ በአንጀት ውስጥ የሚገኙትን ረቂቅ ተሕዋስያን ብልጽግናን እና በዳክዬዎች ውስጥ ያለውን ልዩነት በእጅጉ ለውጦታል.

የሜታስታት ትንተና;
በፋይለም ደረጃ፡- 2 የባክቴሪያ ፋይላ በቁጥጥር ቡድኖች ውስጥ ብቻ ተገኝቷል
በዘር ደረጃ፡- 6 ዝርያዎች በአንፃራዊነት በብዛት የተለዩ ሆነው ተገኝተዋል
በዘር ደረጃ፡- 36 ዝርያዎች በድምሩ ተለይተዋል፣ 6 ቱ በአንፃራዊነት በብዛት የተለዩ ናቸው።

ማጣቀሻ

Thingholm, LB, እና ሌሎች.ዓይነት 2 የስኳር በሽታ ያለባቸው እና የሌላቸው ከመጠን በላይ ወፍራም የሆኑ ሰዎች የተለያዩ የአንጀት ማይክሮቢያዊ ተግባራዊ አቅም እና ቅንብር ያሳያሉ።የሕዋስ አስተናጋጅ እና ማይክሮቦች26.2 (2019).