ደ ኖቮ የፈንገስ ጂኖም ስብሰባ
ቢኤምኬጄኔ ለተለያዩ የምርምር ፍላጎቶች እና ለተፈለገው የጂኖም ሙሉነት የሚስማማ ለፈንገስ ጂኖሞች ሁለገብ መፍትሄዎችን ያቀርባል። አጭር ንባብ ያለው የኢሉሚና ቅደም ተከተል ብቻውን የረቂቅ ጂኖም እንዲፈጠር ያስችላል። አጭር ንባብ እና ረጅም ንባብ ያለው ናኖፖሬ ወይም ፓባዮን በመጠቀም የሚደረግ ቅደም ተከተል ረዘም ላለ ጊዜ የሚቆይ እና የበለጠ የተጣራ የፈንገስ ጂኖም ለማግኘት ይጣመራሉ። ከዚህም በላይ የሂ-ሲ ቅደም ተከተልን ማዋሃድ አቅሞቹን የበለጠ ያሻሽላል፣ ይህም የተሟላ የክሮሞሶም ደረጃ ጂኖም ማግኘት ያስችላል።
የአገልግሎት ባህሪያት
በሚፈለገው የጂኖም ሙላት ደረጃ ላይ በመመስረት ሶስት ሊሆኑ የሚችሉ አማራጮች አሉ-
● የጂኖም አማራጭ፡- ከኢሉሚና ኖቫሴክ PE150 ጋር አጭር ንባብ ቅደም ተከተል።
● የፈንገስ ጥሩ ጂኖም አማራጭ፦
የጂኖም ጥናት፡ ኢሉሚና ኖቫሴክ PE150።
የጂኖም አሴምብል፡ PacBio Revio (HiFi reads) ወይም Nanopore PromethION 48።
● የክሮሞሶም ደረጃ የፈንገስ ጂኖም፦
የጂኖም ጥናት፡ ኢሉሚና ኖቫሴክ PE150።
የጂኖም አሴምብል፡ PacBio Revio (HiFi reads) ወይም Nanopore PromethION 48።
ከ Hi-C ስብሰባ ጋር ኮንቲግ መልሕቅ ማድረግ።
የአገልግሎት ጥቅሞች
●የሚገኙ በርካታ የቅደም ተከተል ስልቶች፦ ለተለያዩ የምርምር ግቦች እና የጂኖም ሙላት መስፈርቶች
●የተሟላ የባዮኢንፎርማቲክስ የስራ ፍሰት፡ይህ የጂኖም ስብስብን እና የበርካታ ጂኖሚክ ንጥረ ነገሮችን ትንበያ፣ ተግባራዊ የጂን ማብራሪያ እና ተጓዳኝ መልህቅን ያካትታል።
●ሰፊ እውቀት፦ ከ12,000 በላይ የማይክሮባላዊ ጂኖሞችን በማሰባሰብ፣ ከአስር አመታት በላይ ልምድ፣ ከፍተኛ ችሎታ ያለው የትንታኔ ቡድን፣ ሁሉን አቀፍ ይዘት እና ከሽያጭ በኋላ በጣም ጥሩ ድጋፍ እናመጣለን።
●የድህረ-ሽያጭ ድጋፍ፡ቁርጠኝነታችን ከፕሮጀክቱ መጠናቀቅ ባሻገር ከሽያጭ በኋላ ለ3 ወራት የሚቆይ የአገልግሎት ጊዜ ይዘልቃል። በዚህ ጊዜ፣ ከውጤቶቹ ጋር የተያያዙ ማንኛቸውም ጥያቄዎችን ለመመለስ የፕሮጀክት ክትትል፣ የመላ ፍለጋ እርዳታ እና የጥያቄ እና መልስ ክፍለ ጊዜዎችን እናቀርባለን።
የአገልግሎት ዝርዝር መግለጫዎች
| አገልግሎት | የቅደም ተከተል ስትራቴጂ | የጥራት ቁጥጥር |
| ረቂቅ ጂኖም | ኢሉሚና PE150 100x | ሩብ 30≥85% |
| ጥሩ ጂኖም | የጂኖም ጥናት፡ ኢሉሚና PE150 50 x ስብስብ፡ PacBio HiFi 30x ወይም Nanopore 100x | ኮንቲግ N50 ≥1Mb(ፓቢዮ ዩኒሴሉላር) ኮንቲግ N50 ≥2Mb(ONT ዩኒሴሉላር) ኮንቲግ N50 ≥500kb(ሌሎች) |
| የክሮሞሶም ደረጃ ጂኖም | የጂኖም ጥናት፡ ኢሉሚና PE150 50 x ስብስብ፡ PacBio HiFi 30x ወይም Nanopore 100x ሃይ-ሲ አሰባሳቢ 100x | የኮንቲግ መልሕቅ ጥምርታ>90%
|
የአገልግሎት መስፈርቶች
| ማጎሪያ (ng/µL) | ጠቅላላ መጠን (µግ) | መጠን (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| ፓክባዮ | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| ናኖፖር | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| ኢሉሚና | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
ነጠላ ሕዋስ ፈንገስ፡ ≥3.5x1010 ሴሎች
ማክሮ ፈንገስ፡ ≥10 ግ
የአገልግሎት የስራ ፍሰት
የናሙና አቅርቦት
የቤተ መፃህፍት ግንባታ
ቅደም ተከተል
የውሂብ ትንተና
ከሽያጭ በኋላ የሚሰጡ አገልግሎቶች
የሚከተሉትን ትንታኔዎች ያካትታል:
የጂኖም ጥናት፡
- የውሂብ ጥራት ቅደም ተከተል ቁጥጥር
- የጂኖም ግምት፡ መጠን፣ ሄትሮዚጎሲቲ፣ ተደጋጋሚ አካላት
የጂን ስብስብ፡
- የውሂብ ቅደም ተከተል የጥራት ቁጥጥር
- ዴ ኖቮስብሰባ
- የጂኖም ክፍል ትንተና፡ የሲዲኤስ እና የበርካታ ጂኖሚክ አካላት ትንበያ
- በርካታ አጠቃላይ የውሂብ ጎታዎች (GO፣ KEGG፣ ወዘተ) እና የላቁ የውሂብ ጎታዎች (CARD፣ VFDB፣ ወዘተ) ያሉት ተግባራዊ ማብራሪያ
የሃይ-ሲ ስብሰባ፡
- የሃይ-ሲ ቤተ-መጽሐፍት ግምገማ።
- ኮንቲግስ መልሕቅ ክላስተር፣ ቅደም ተከተል እና አቅጣጫ ማስያዝ
- የHI-C ስብስብ ግምገማ፡ በማጣቀሻ ጂኖም እና በሙቀት ካርታ ላይ የተመሠረተ
የጂኖም ጥናት፡ የኪ-ሜር ስርጭት
የጂኖም ስብስብ፡ የጂን ተመሳሳይ ማብራሪያ (NR የውሂብ ጎታ)
የጂኖም ስብስብ፡ ተግባራዊ የጂን ማብራሪያ (GO)
በBMKGene የፈንገስ ጂኖም መገጣጠሚያ አገልግሎቶች የተመቻቹትን እድገቶች በተዘጋጁ የህትመቶች ስብስብ ያስሱ።
ሃኦ፣ ጄ. እና ሌሎች (2023) 'በባህር ውስጥ በሚንጠባጠብ ሁኔታ ውስጥ የመድኃኒት እንጉዳይ ኢንኖቱስ ኦብሊኩስ የተቀናጀ የኦሚክ መገለጫ'፣ቢኤምሲ ጂኖሚክስ, 24(1), ገጽ 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
ሉ፣ ኤል. እና ሌሎች (2023) 'የጂኖም ቅደም ተከተል የስንዴ ሹል የዓይን ጠብታ በሽታ አምጪ ተህዋሲያን ዝግመተ ለውጥ እና በሽታ አምጪ ዘዴዎችን ያሳያል'፣የክሮፕ ጆርናል፣ 11 (2) ፣ ገጽ 405-416። doi: 10.1016 / J.CJ.2022.07.024.
ዣንግ፣ ኤች. እና ሌሎች (2023) 'ለአራት የክላሪዲያ ዝርያዎች የጂኖም ሀብቶች በተለያዩ የሣር ሜዳዎች ላይ የዶላር ቦታ ያስከትላሉ'፣የእፅዋት በሽታ, 107(3), ገጽ 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
ዣንግ፣ ኤስ ኤስ እና ሌሎችም (2023) 'በሚበላው እንጉዳይ ግሪፎላ ፍራንዶሳ ውስጥ የቴትራፖል ትስስር ስርዓት የጄኔቲክ እና ሞለኪውላዊ ማስረጃ'፣የፈንገሶች ጆርናል, 9(10)፣ ገጽ 959። doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
