በሃይ-ሲ ላይ የተመሠረተ የጂኖም ስብስብ
ሃይ-ሲ የክሮሞሶም ውቅርን ለመያዝ የተነደፈ ዘዴ ሲሆን ይህም በአቅራቢያ ላይ የተመሰረቱ መስተጋብሮችን እና ከፍተኛ-ውጤት ቅደም ተከተልን በማጣመር ነው። የእነዚህ መስተጋብሮች ጥንካሬ በክሮሞሶም ላይ ካለው አካላዊ ርቀት ጋር አሉታዊ በሆነ መልኩ የተቆራኘ እንደሆነ ይታመናል። ስለዚህ፣ የሃይ-ሲ መረጃ በረቂቅ ጂኖም ውስጥ የተገጣጠሙ ቅደም ተከተሎችን ለማሰባሰብ፣ ለማደራጀት እና አቅጣጫ ለማስቀመጥ እና እነዚያን በተወሰኑ ክሮሞሶምች ላይ ለማጣበቅ ይጠቅማል። ይህ ቴክኖሎጂ በሕዝብ ላይ የተመሰረተ የጄኔቲክ ካርታ በሌለበት ጊዜ የክሮሞሶም ደረጃ ጂኖም ስብስብን ያበረታታል። እያንዳንዱ ጂኖም ሃይ-ሲ ያስፈልገዋል።
የአገልግሎት ባህሪያት
● በኢሉሚና ኖቫሴክ ላይ በPE150 ቅደም ተከተል ማድረግ።
● አገልግሎት ከተወጡት የኒውክሊክ አሲዶች ይልቅ የቲሹ ናሙናዎች ከፎርማልዴይድ ጋር እንዲገናኙ እና የዲኤንኤ-ፕሮቲን መስተጋብርን እንዲጠብቁ ይጠይቃል።
● የHi-C ሙከራው የሚጣበቁትን ጫፎች በባዮቲን መገደብ እና የመጨረሻ ጥገናን ያካትታል፣ ከዚያም መስተጋብሮቹን በመጠበቅ የተገኙትን ጥርት ያሉ ጫፎች ክብ ቅርጽ መስጠትን ያካትታል። ከዚያም ዲ ኤን ኤው በስትሬፕታቪዲን ዶቃዎች ወደ ታች ይጎተታል እና ለቀጣይ የቤተ-መጻሕፍት ዝግጅት ይጸዳል።
የአገልግሎት ጥቅሞች
የሃይ-ሲ አጠቃላይ እይታ
(ሊበርማን-አይደን ኢ እና ሌሎች፣ሳይንስ, 2009)
●የጄኔቲክ የህዝብ ብዛት መረጃ አስፈላጊነትን ማስወገድ፡ሃይ-ሲ ለኮንቲግ መልሕቅ የሚያስፈልገውን አስፈላጊ መረጃ ይተካል.
●ከፍተኛ የምልክት ጥግግት፡ከ90% በላይ ከፍተኛ የሆነ የተጠናከረ የመልህቅ ጥምርታ እንዲኖር ያደርጋል።
●ሰፊ የኤክስፐርት እና የህትመት መዝገቦች፡ቢኤምኬጂን ከ1000 የተለያዩ ዝርያዎች እና ከተለያዩ የፈጠራ ባለቤትነት መብቶች የተውጣጡ ከ2000 በላይ የHi-C ጂኖም አሴምብል ጉዳዮችን በመጠቀም ሰፊ ልምድ አለው። ከ200 በላይ የታተሙ ጉዳዮች ከ2000 በላይ የመጠራቀም ተጽዕኖ አላቸው።
●ከፍተኛ ብቃት ያለው የባዮኢንፎርማቲክስ ቡድን፡-ለHi-C ሙከራዎች እና የውሂብ ትንተና ውስጣዊ የፈጠራ ባለቤትነት እና የሶፍትዌር የቅጂ መብት ስላለው፣ እራሱን የፈጠረው የምስል መረጃ ሶፍትዌር በእጅ ብሎክ ማንቀሳቀስ፣ መቀልበስ፣ መሻር እና እንደገና መስራት ያስችላል።
●የድህረ-ሽያጭ ድጋፍ፡ቁርጠኝነታችን ከፕሮጀክቱ መጠናቀቅ ባሻገር ከሽያጭ በኋላ ለ3 ወራት የሚቆይ የአገልግሎት ጊዜ ይዘልቃል። በዚህ ጊዜ፣ ከውጤቶቹ ጋር የተያያዙ ማንኛቸውም ጥያቄዎችን ለመመለስ የፕሮጀክት ክትትል፣ የመላ ፍለጋ እርዳታ እና የጥያቄ እና መልስ ክፍለ ጊዜዎችን እናቀርባለን።
●አጠቃላይ ማብራሪያ፦ የተለያዩ የውሂብ ጎታዎችን በመጠቀም የተለዩ ልዩነቶች ያላቸውን ጂኖች በተግባራዊነት ለማብራራት እና ተዛማጅ የማበልጸጊያ ትንተና ለማከናወን፣ በተለያዩ የምርምር ፕሮጀክቶች ላይ ግንዛቤዎችን እናቀርባለን።
የአገልግሎት ዝርዝር መግለጫዎች
| የቤተ-መጻሕፍት ዝግጅት | የቅደም ተከተል ስትራቴጂ | የሚመከር የውሂብ ውፅዓት | የጥራት ቁጥጥር |
| የሃይ-ሲ ቤተ መጻሕፍት | ኢሉሚና ኖቫሴክ PE150 | 100x | ሩብ 30 ≥ 85% |
የናሙና መስፈርቶች
| ቲሹ | የሚፈለገው መጠን |
| የእንስሳት ቪሴራ | ≥ 2 ግ |
| የእንስሳት ጡንቻ | |
| የአጥቢ እንስሳት ደም | ≥ 2 ሚሊ ሊትር |
| የዶሮ/የዓሣ ደም | |
| ተክል - ትኩስ ቅጠል | ≥ 3 ግ |
| የተለማመዱ ሴሎች | ≥ 1x107 |
| ነፍሳት | ≥ 2 ግ |
የአገልግሎት የስራ ፍሰት
የሙከራ ንድፍ
የናሙና አቅርቦት
የቤተ መፃህፍት ግንባታ
ቅደም ተከተል
የውሂብ ትንተና
ከሽያጭ በኋላ የሚሰጡ አገልግሎቶች
1) ጥሬ ውሂብ QC
2) የHi-C ቤተ-መጽሐፍት QC፡ ትክክለኛ የHi-C መስተጋብሮች ግምት
3) የሃይ-ሲ አሰባሰብ፡- የ contigs በቡድን በቡድን መከፋፈል፣ ከዚያም በእያንዳንዱ ቡድን ውስጥ የኮንቲግ ቅደም ተከተል እና የኮንቲግ አቅጣጫ መመደብ
4) የከፍተኛ-ሲ ግምገማ
የHi-C ቤተ-መጽሐፍት QC - የHi-C ትክክለኛ የመስተጋብር ጥንዶች ግምት
የሃይ-ሲ ስብሰባ - ስታቲስቲክስ
ከስብሰባ በኋላ የሚደረግ ግምገማ - በቆሻሻ መጣያዎቹ መካከል የምልክት ጥንካሬ የሙቀት ካርታ
በተዘጋጁ የህትመቶች ስብስብ አማካኝነት በBMKGene's Hi-C የመሰብሰቢያ አገልግሎቶች የተመቻቹትን እድገቶች ያስሱ።
ቲያን፣ ቲ. እና ሌሎች (2023) 'ድርቅን የሚቋቋም የበቆሎ ጀርም የጂኖም ስብስብ እና የጄኔቲክ መበታተን'፣ ኔቸር ጄኔቲክስ 2023 55:3, 55(3), ገጾች 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
ዋንግ፣ ዜድሊ እና ሌሎችም (2020) 'የእስያ ማር ንብ አፒስ ሴራና ጂኖም የክሮሞሶም-ስኬል ስብስብ'፣ ፈርኒደርስ ኢን ጄኔቲክስ፣ 11፣ ገጽ 524140። doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX።
ዣንግ፣ ኤፍ. እና ሌሎች (2023) 'በሶላኔሴ ቤተሰብ ውስጥ ሁለት ጂኖሞችን በመተንተን የትሮፔን አልካሎይድ ባዮሲንተሲስ ዝግመተ ለውጥን መግለጥ'፣ ኔቸር ኮሙኒኬሽንስ 2023 14:1, 14(1), ገጽ 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
ዣንግ፣ ኤክስ. እና ሌሎች (2020) 'የባንያን ዛፍ ጂኖሞች እና የአበባ ዘር ተርብ በምስል-ተርብ ጥምረት ላይ ግንዛቤዎችን ይሰጣሉ'፣ ሴል፣ 183(4)፣ ገጽ 875-889.e17። doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
