ምርቶች

ሃይ-ሲ ላይ የተመሰረተ ጂኖም ስብሰባ

Hi-C የክሮሞሶም ውቅረትን ለመያዝ የተነደፈ ዘዴ ነው ፕሮቢንግ በቅርበት ላይ የተመሰረቱ መስተጋብሮችን እና ከፍተኛ-ተከታታይ ቅደም ተከተልን በማጣመር።የእነዚህ ግንኙነቶች ጥንካሬ በክሮሞሶም ላይ ካለው አካላዊ ርቀት ጋር አሉታዊ በሆነ መልኩ የተዛመደ ነው ተብሎ ይታመናል.ስለዚህ የHi-C መረጃ የተገጣጠሙ ቅደም ተከተሎችን በረቂቅ ጂኖም ውስጥ ማሰባሰብ፣ ማዘዝ እና አቅጣጫ ማስያዝ እና እነዚያን በተወሰኑ የክሮሞሶምች ብዛት ላይ ማያያዝን ሊመራ ይችላል።ይህ ቴክኖሎጂ በሕዝብ ላይ የተመሰረተ የዘረመል ካርታ በሌለበት ሁኔታ የክሮሞሶም-ደረጃ ጂኖም ስብሰባን ያበረታታል።እያንዳንዱ ነጠላ ጂኖም ሃይ-ሲ ያስፈልገዋል።

መድረክ፡ ኢሉሚና ኖቫሴክ መድረክ/DNBSEQ

አግኙን

የአገልግሎት ዝርዝሮች

የማሳያ ውጤቶች

የጉዳይ ጥናት

የአገልግሎት ጥቅሞች

የ Hi-C አጠቃላይ እይታ
(ላይበርማን-አይደን ኢ እና ሌሎች፣ሳይንስ, 2009)

● የጄኔቲክ ህዝብ ቁጥርን ለግንባታ መቆንጠጥ አያስፈልግም;
● ከፍ ያለ የጠቋሚ ጥግግት ከ 90% በላይ ወደ ከፍተኛ ኮንቲግ መልህቅ ሬሾ;
● በነባር የጂኖም ስብሰባዎች ላይ ግምገማ እና እርማቶችን ያነቃል።
● በጂኖም ስብሰባ ላይ ከፍተኛ ትክክለኛነት ያለው አጭር የማዞሪያ ጊዜ;
● ከ500 ለሚበልጡ ዝርያዎች የተገነቡ ከ1000 በላይ Hi-C ቤተ-መጻሕፍት ያለው የተትረፈረፈ ልምድ;
● ከ 100 በላይ የተሳካላቸው ጉዳዮች ከ 760 በላይ የተከማቸ ውጤት;
● Hi-C ላይ የተመሰረተ የጂኖም ስብሰባ ለፖሊፕሎይድ ጂኖም፣ 100% የመገጣጠም መጠን ባለፈው ፕሮጀክት ላይ ተገኝቷል።
● የቤት ውስጥ የፈጠራ ባለቤትነት እና የሶፍትዌር የቅጂ መብቶች ለ Hi-C ሙከራዎች እና የውሂብ ትንተና;
● በራስ የዳበረ ምስላዊ ዳታ ማስተካከያ ሶፍትዌር፣ በእጅ ማገድ፣ መቀልበስ፣ መሻር እና እንደገና መስራት ያስችላል።

የአገልግሎት ዝርዝሮች

የቤተ መፃህፍት አይነት

መድረክ

የንባብ ርዝመት

ስትራቴጂን ጠቁም።

ሰላም-ሲ

ኢሉሚና ኖቫሴክ

ፒኢ150

≥ 100X

ባዮኢንፎርማቲክስ ትንታኔዎች

● የጥሬ መረጃ ጥራት ቁጥጥር

● ሃይ-ሲ ቤተ መፃህፍት የጥራት ቁጥጥር

● ሃይ-ሲ ላይ የተመሰረተ ጂኖም ስብሰባ

● ከስብሰባ በኋላ ግምገማ

ናሙና መስፈርቶች እና ማድረስ

የናሙና መስፈርቶች፡

እንስሳ	ፈንገስ	ተክሎች
የቀዘቀዘ ቲሹ: 1-2g በአንድ ቤተ-መጽሐፍት ሕዋሶች፡- 1x 10^7 ሕዋሶች በቤተ-መጽሐፍት	የቀዘቀዙ ቲሹዎች: 1 g በአንድ ቤተ-መጽሐፍት	የቀዘቀዘ ቲሹ: 1-2g በአንድ ቤተ-መጽሐፍት
*ለHi-C ሙከራ ቢያንስ 2 አሊኮት (1 g እያንዳንዳቸው) እንዲልኩ አበክረን እንመክራለን።

የሚመከር ናሙና ማድረስ

መያዣ፡ 2 ሚሊ ሴንትሪፉጅ ቱቦ (ቲን ፎይል አይመከርም)
ለአብዛኛዎቹ ናሙናዎች በኤታኖል ውስጥ እንዳይቀመጡ እንመክራለን.
የናሙና መሰየሚያ፡ ናሙናዎች በግልጽ መሰየም አለባቸው እና ከቀረበው የናሙና መረጃ ቅጽ ጋር ተመሳሳይ ናቸው።
ጭነት: ደረቅ-በረዶ: ናሙናዎች በቅድሚያ በከረጢቶች ውስጥ ተጭነው በደረቅ በረዶ ውስጥ መቀበር አለባቸው.

የአገልግሎት ሥራ ፍሰት

የሙከራ ንድፍ

ናሙና መላኪያ

የዲኤንኤ ማውጣት

የቤተ መፃህፍት ግንባታ

ቅደም ተከተል

የውሂብ ትንተና

ከሽያጭ በኋላ አገልግሎቶች

ቀዳሚ፡ የእፅዋት / የእንስሳት ደ ኖቮ ጂኖም ቅደም ተከተል

ቀጣይ፡- የዝግመተ ለውጥ ጀነቲክስ

*እዚህ የሚታዩት የማሳያ ውጤቶች ሁሉም በባዮማርከር ቴክኖሎጂዎች የታተሙ ጂኖም ናቸው።

1.Hi-C መስተጋብር ሙቀት ካርታ የCamptotheca acuminataጂኖምበካርታው ላይ እንደሚታየው የግንኙነቶች ጥንካሬ ከመስመር ርቀት ጋር በአሉታዊ መልኩ ይዛመዳል, ይህም በጣም ትክክለኛ የሆነ የክሮሞሶም-ደረጃ ስብስብን ያመለክታል.(መለጠፊያ ጥምርታ፡ 96.03%)

3 ሃይ-ሲ-መስተጋብር-የሙቀት ካርታ-ማሳያ-contigs-በጂኖም-ስብስብ ውስጥ መልህቅ

ካንግ ኤም እና ሌሎች፣የተፈጥሮ ግንኙነቶች, 2021

2.Hi-C መካከል የተገላቢጦሽ ማረጋገጫ አመቻችቷልGossypium hirsutumL. TM-1 A06 እናG. አርቦሬየምዜና 06

4Hi-C-heatmap-ያመቻችታል-የተገላቢጦሽ-መገለጥ-በጂኖም-መካከል

ያንግ ዚ እና ሌሎች፣ተፈጥሮ ግንኙነቶች፣ 2019

3.የካሳቫ ጂኖም SC205 የመሰብሰቢያ እና የቢያሌሊክ ልዩነት።ሃይ-ሲ የሙቀት ካርታ በግብረ-ሰዶማውያን ክሮሞሶም ውስጥ ግልጽ ክፍፍል አሳይቷል።

5Hi-C-የሙቀት ካርታ-የሚያሳዩ-ተመሳሳይ-ክሮሞሶሞች

ሁ ወ እና ሌሎች፣ሞለኪውላዊ ተክል, 2021

4.Hi-C የሙቀት ካርታ በሁለት የ Ficus ዝርያዎች ጂኖም ስብሰባ ላይኤፍ.ማይክሮካርፓ(መልህቅ ጥምርታ፡ 99.3%) እናኤፍ.ሂስፒዳ (መልሕቅ ጥምርታ፡ 99.7%)
6Hi-C-የሙቀት ካርታ-ማሳያ-የማያቋርጥ-የFicus-ጂኖም መልህቅ

ዣንግ ኤክስ እና ሌሎች፣ሕዋስ, 2020

BMK መያዣ

የባንያን ዛፍ ጂኖም እና የአበባ ዘር ተርብ ስለ የበለስ ተርብ ስለ Coevolution ግንዛቤን ይሰጣሉ

የታተመ ሕዋስ, 2020

የቅደም ተከተል ስልት፡

ኤፍ ማይክሮካርፓ ጂኖም: በግምት.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

ኤፍ. ሂስፒዳጂኖም: በግምት.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

Eupristina verticillataጂኖም: በግምት.170 X PacBio RSII (65 Gb)

ቁልፍ ውጤቶች

1.ሁለት የባንያን ዛፍ ጂኖም እና አንድ የአበባ ዘር ዘር ጂኖም የተገነቡት በፓክባዮ ቅደም ተከተል፣ Hi-C እና linkage map በመጠቀም ነው።
(1)ኤፍ ማይክሮካርፓጂኖም፡ የ 426 Mb (97.7% የተገመተው የጂኖም መጠን) 908 ኪ.ቢ. N50፣ BUSCO 95.6% ውጤት ጋር ተመስርቷል።በጠቅላላው 423 ሜባ ተከታታዮች በ Hi-C ወደ 13 ክሮሞሶምች ተጣብቀዋል።የጂኖም ማብራሪያ 29,416 ፕሮቲን ኮድ የሚያደርጉ ጂኖች አፍርቷል።
(2)ኤፍ. ሂስፒዳጂኖም፡ 360 ሜባ (97.3% ከተገመተው የጂኖም መጠን) 492 Kb N50 እና BUSCO 97.4% ውጤት ጋር ተገኝቷል።በድምሩ 359 ሜባ ተከታታዮች በ14 ክሮሞሶምች ላይ በ Hi-C እና ከከፍተኛ ጥግግት ትስስር ካርታ ጋር ተመሳሳይ ናቸው።
(3)Eupristina verticillataጂኖም፡ የ 387 ሜባ ስብስብ (የተገመተው የጂኖም መጠን፡ 382 ሜባ) ከ 3.1 ሜጋ ባይት N50 እና BUSCO 97.7% ውጤት ጋር ተቋቋመ።

2.Comparative ጂኖሚክስ ትንታኔ በሁለቱ መካከል ከፍተኛ ቁጥር ያላቸውን የመዋቅር ልዩነቶች አሳይቷል።ፊኩስተለዋዋጭ የዝግመተ ለውጥ ጥናቶችን ለማግኘት በዋጋ ሊተመን የማይችል የዘረመል ምንጭ ያቀረበ ጂኖም።ይህ ጥናት ለመጀመሪያ ጊዜ ስለ Fig-wasp coevolution በጂኖሚክ ደረጃ ግንዛቤዎችን ሰጥቷል።