ምርቶች

በማጣቀሻ ላይ የተመሰረተ mRNA Sequencing-Illumina

በማጣቀሻ ላይ የተመሰረተ mRNA Sequencing-Ilumina ተለይቶ የቀረበ ምስል

mRNA sequencing መልእክተኛውን አር ኤን ኤ (ኤም አር ኤን ኤ) ለመያዝ የሚቀጥለው ትውልድ ቅደም ተከተል ቴክኒክን (NGS) ይጠቀማል ይህም በተወሰነ ጊዜ ውስጥ አንዳንድ ልዩ ተግባራት እየሰሩ ነው።በጣም ረጅሙ የጽሑፍ ግልባጭ 'Unigene' ተብሎ ይጠራ ነበር እና ለቀጣይ ትንተና እንደ ማመሳከሪያ ቅደም ተከተል ያገለግል ነበር ፣ ይህ ውጤታማ ዘዴ የዝርያውን ሞለኪውላዊ ዘዴ እና የቁጥጥር መረብን ያለማጣቀሻ ለማጥናት ነው።

ከተገለበጠ መረጃ ከተሰበሰበ እና ዩኒጂን ተግባራዊ ማብራሪያ በኋላ

(1) የኤስኤስአር ትንተና፣ የሲዲኤስ ትንበያ እና የጂን አወቃቀር አስቀድሞ ይዘጋጃል።

(2) በእያንዳንዱ ናሙና ውስጥ የዩኒጂን አገላለጽ መጠን ይከናወናል.

(3) በናሙናዎች (ወይም ቡድኖች) መካከል በተለየ ሁኔታ የተገለጹ ዩኒጂንስ በዩኒጂን አገላለጽ ላይ ተመስርተው ይገኛሉ።

(4) በልዩነት የተገለጹ ዩኒጂንስ ክላስተር፣ ተግባራዊ ማብራሪያ እና ማበልጸጊያ ትንተና ይከናወናል።

አግኙን

የአገልግሎት ዝርዝሮች

ባዮኢንፎርማቲክስ

የማሳያ ውጤቶች

የጉዳይ ጥናት

ዋና መለያ ጸባያት

● ከማንኛውም የማጣቀሻ ጂኖም ነፃ ፣

● መረጃው የጽሑፍ ግልባጮችን አወቃቀር እና አገላለጽ ለመተንተን ሊያገለግል ይችላል።

● ተለዋዋጭ የመቁረጥ ቦታዎችን ይለዩ

የአገልግሎት ጥቅሞች

● በ BMKCloud ላይ የተመሰረተ የውጤት አሰጣጥ፡ ውጤቶቹ እንደ ዳታ ፋይል እና በይነተገናኝ ዘገባ በ BMKCloud መድረክ በኩል ይሰጣሉ፣ ይህም ለተጠቃሚ ምቹ የሆኑ ውስብስብ የትንታኔ ውጤቶች ማንበብ እና በመደበኛ የባዮኢንፎርማቲክስ ትንታኔ መሰረት ብጁ የመረጃ ማውጣትን ያስችላል።

● ከሽያጭ በኋላ አገልግሎቶች፡- ከሽያጭ በኋላ የሚሰጡ አገልግሎቶች ፕሮጀክቱ ሲጠናቀቅ ለ 3 ወራት የሚያገለግል፣ የፕሮጀክቶችን ክትትል፣ ችግር መፍታት፣ የውጤት ጥያቄ እና መልስ ወዘተ ጨምሮ።

ናሙና መስፈርቶች እና ማድረስ

የናሙና መስፈርቶች፡

ኑክሊዮታይዶች;

ኮንክ.(ng/μl)

መጠን (μg)

ንጽህና

ታማኝነት

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280 = 1.7-2.5

OD260/230 = 0.5-2.5

የተወሰነ ወይም ምንም የፕሮቲን ወይም የዲኤንኤ ብክለት በጄል ላይ አይታይም።

ለእጽዋት፡ RIN≥6.5;

ለእንስሳት፡ RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

የተገደበ ወይም የመነሻ ከፍታ የለውም

ቲሹ፡ ክብደት(ደረቅ)፡ ≥1 ግ
*ከ 5 ሚ.ግ በታች ለሆኑ ቲሹዎች ፍላሽ የቀዘቀዘ (ፈሳሽ ናይትሮጅን ውስጥ) ቲሹ ናሙና ለመላክ እንመክራለን።

የሕዋስ መታገድ፡ የሕዋስ ብዛት = 3×10⁷
* የቀዘቀዙ የሴል ሊዛትን ለመላክ እንመክራለን።ያ ሕዋስ ከ5×10 ያነሰ ቢቆጠር⁵በፈሳሽ ናይትሮጅን ውስጥ የቀዘቀዘ ብልጭታ ይመከራል።

የደም ናሙናዎች;
PA × geneBloodRNATube;
6mlTRIzol እና 2ml ደም (TRIzol:ደም=3:1)

የሚመከር ናሙና ማድረስ

መያዣ፡
2 ሚሊር ሴንትሪፉጅ ቱቦ (ቲን ፎይል አይመከርም)
የናሙና መሰየሚያ፡ ቡድን+ ማባዛት ለምሳሌ A1፣ A2፣ A3;B1፣ B2፣ B3......

መላኪያ፡
1.Dry-ice: ናሙናዎች በከረጢቶች ውስጥ ተጭነው በደረቅ በረዶ ውስጥ መቀበር አለባቸው.
2.RNAstable tubes፡ የአር ኤን ኤ ናሙናዎች በአር ኤን ኤ ማረጋጊያ ቱቦ (ለምሳሌ RNAstable®) ውስጥ ይደርቃሉ እና በክፍል ሙቀት ውስጥ ይላካሉ።

የአገልግሎት ሥራ ፍሰት

የሙከራ ንድፍ

ናሙና መላኪያ

አር ኤን ኤ ማውጣት

የቤተ መፃህፍት ግንባታ

ቅደም ተከተል

የውሂብ ትንተና

ከሽያጭ በኋላ አገልግሎቶች

ቀዳሚ፡ ረጅም ኮድ ያልሆነ ቅደም ተከተል-ኢሉሚና

ቀጣይ፡- Eukaryotic mRNA Sequencing-Ilumina

ባዮኢንፎርማቲክስ

1.mRNA (denovo) የመሰብሰቢያ መርህ

በሥላሴ፣ ንባብ K-mer በመባል የሚታወቁት ወደ ትናንሽ ቁርጥራጮች ተከፋፍለዋል።እነዚህ K-mers ከዚያም ወደ ኮንቲግ ለመዘርጋት እንደ ዘር ጥቅም ላይ ይውላሉ እና ከዚያም በኮንቲግ መደራረብ ላይ ተመስርተው.በመጨረሻም፣ De Bruijn በክፍሎቹ ውስጥ ግልባጮችን ለመለየት እዚህ ተተግብሯል።

mRNA-(De-novo)-የሥላሴ-አጠቃላይ እይታ

mRNA (De novo) የሥላሴ አጠቃላይ እይታ

2.mRNA (De novo) የጂን አገላለጽ ደረጃ ስርጭት

አር ኤን ኤ-ሴክ የጂን አገላለጽ በጣም ሚስጥራዊነት ያለው ግምት ማሳካት ይችላል።በተለምዶ፣ ሊገኝ የሚችለው የጽሑፍ ግልባጭ አገላለጽ FPKM ከ10^-2 እስከ 10^6 ይደርሳል።

mRNA-(De-novo)-የFPKM-እፍጋት-በእያንዳንዱ-ናሙና ማከፋፈል

mRNA (De novo) በእያንዳንዱ ናሙና ውስጥ የ FPKM ጥግግት ስርጭት

3.mRNA (De novo) GO ማበልጸጊያ የ DEGs ትንተና

የጂኦ (ጂን ኦንቶሎጂ) ዳታቤዝ የጂን እና የጂን ምርቶች ተግባራት መደበኛ መዝገበ ቃላትን የያዘ የተዋቀረ ባዮሎጂያዊ ማብራሪያ ሥርዓት ነው።ብዙ ደረጃዎችን ይይዛል, ዝቅተኛው ደረጃ ላይ, ተግባሮቹ ይበልጥ የተለዩ ናቸው.

mRNA- (De-novo) -GO-የDEGs-በሁለተኛ ደረጃ ምደባ

mRNA (De novo) GO የ DEGs ሁለተኛ ደረጃ ምደባ

BMK መያዣ

በሽንኩርት ውስጥ አምፖል እብጠት እና ልማት ወቅት የሱክሮስ ሜታቦሊዝም ትራንስክሪፕት ትንታኔ (Allium cepa L.)

የታተመ በእጽዋት ሳይንስ ውስጥ ድንበሮች,2016

የቅደም ተከተል ስልት

ኢሉሚና ሂሴክ2500

የናሙና ስብስብ

የዩታ ቢጫ ጣፋጭ የስፔን ዝርያ “Y1351” በዚህ ጥናት ውስጥ ጥቅም ላይ ውሏል።የተሰበሰቡ ናሙናዎች ብዛት ነበር
ከ15ኛው ቀን እብጠት በኋላ (DAS) አምፖል (2-ሴሜ ዲያሜትር እና 3-4 ግ ክብደት) ፣ 30 ኛ DAS (5-ሴሜ ዲያሜትር እና 100-110 ግ ክብደት) እና ~ 3 በ 40 ኛው DAS (7-ሴሜ ዲያሜትር እና 260-300 ግራም).

ቁልፍ ውጤቶች

1. በቬን ዲያግራም ውስጥ በአጠቃላይ 146 DEGs በሶስቱም ጥንድ የእድገት ደረጃዎች ተገኝተዋል
2.“የካርቦሃይድሬት ትራንስፖርት እና ሜታቦሊዝም” በ585 ዩኒጂንስ ብቻ ነው የተወከለው (ማለትም፣ 7% የ COG ማብራሪያ)።
3.Unigenes በተሳካ ሁኔታ ለGO ዳታቤዝ የተብራራላቸው ለሶስቱ የተለያዩ የአምፑል እድገት ደረጃዎች በሶስት ዋና ምድቦች ተከፍለዋል።በ"ባዮሎጂካል ሂደት" ዋና ምድብ ውስጥ አብዛኛዎቹ የተወከሉት "ሜታቦሊክ ሂደት" ሲሆኑ ከዚያም "ሴሉላር ሂደት" ናቸው.በ "ሞለኪውላዊ ተግባር" ዋና ምድብ ውስጥ ሁለቱ ምድቦች በጣም የተወከሉት "ማሰር" እና "ካታሊቲክ እንቅስቃሴ" ናቸው.

የኦርቶሎጂ ቡድኖች ስብስቦች ሂስቶግራም (COG) ምደባ

ሂስቶግራም የጂን ኦንቶሎጂ (ጂኦ) ምደባ በሦስት የእድገት ደረጃዎች ውስጥ ከአምፑል ለተገኙ ዩኒጂኖች

በማንኛውም የሽንኩርት አምፖል እድገት በሁለት ደረጃዎች ውስጥ ጂኖችን በተለየ ሁኔታ የሚያሳዩ የቬን ዲያግራም

ማጣቀሻ

ዣንግ ሲ፣ ዣንግ ኤች፣ ዣን ዚ፣ እና ሌሎችም።በሽንኩርት ውስጥ አምፖል እብጠት እና ልማት ወቅት የሱክሮስ ሜታቦሊዝም ትራንስክሪፕት ትንታኔ (Allium cepa L.) [J]።ድንበሮች በእፅዋት ሳይንስ፣ 2016፣ 7:1425-.DOI: 10.3389 / fpls.2016.01425