PacBio 2+3 ሙሉ-ርዝመት mRNA መፍትሄ
ባህሪያት
● የጥናት ዲዛይን፡
የትራንስክሪፕት ኢሶፎርሞችን ለመለየት ከፓክባዮ ጋር የተጣመረ ናሙና
የተለያዩ ናሙናዎች (ድግግሞሾች እና የሚሞከሩ ሁኔታዎች) በቅደም ተከተልየትራንስክሪፕት አገላለጽን ለመለካት NGS
● የPacBio ቅደም ተከተል በ CCS ሁነታ፣ የHiFi ንባቦችን በማመንጨት
● የሙሉ ርዝመት ግልባጮች ቅደም ተከተል
● ትንተና የማጣቀሻ ጂኖም አያስፈልገውም፤ ሆኖም ግን፣ ጥቅም ላይ ሊውል ይችላል
● ባዮኢንፎርማቲክ ትንተና በጂን እና በኢሶፎርም ደረጃ ላይ አገላለጽን ብቻ ሳይሆን የlncRNA፣ የጂን ውህዶች፣ ፖሊ-አዴኒሌሽን እና የጂን አወቃቀር ትንተናንም ያካትታል።
ጥቅሞች
● ከፍተኛ ትክክለኛነት: የHiFi ንባብ ከNGS ጋር ሲነጻጸር ከ99.9% (Q30) ትክክለኛነት ጋር
● አማራጭ የስፒሊንግ ትንተና፦ ሁሉንም የትራንስክሪፕቶች ቅደም ተከተል ማስያዝ የኢሶፎርም መለያ እና ባህሪን ያስችላል።
● የፓክባዮ እና የኤንጂኤስ ጥንካሬዎች ጥምረት፦ በአይሶፎርም ደረጃ የአገላለጽ መጠንን እንዲለካ ያስችላል፣ ይህም የጂን አገላለጽን በሙሉ ሲተነተን ሊሸፈን የሚችል ለውጥን ያሳያል።
● ሰፊ እውቀት፦ ከ2300 በላይ ናሙናዎችን አስተካክለናል፣ ቡድናችን ለእያንዳንዱ ፕሮጀክት ብዙ ልምድ ያመጣል።
● የድህረ-ሽያጭ ድጋፍ: ቁርጠኝነታችን ከፕሮጀክቱ መጠናቀቅ ባሻገር ከሽያጭ በኋላ ለ3 ወራት የአገልግሎት ጊዜ ይዘልቃል። በዚህ ጊዜ፣ ከውጤቶቹ ጋር የተያያዙ ማንኛቸውም ጥያቄዎችን ለመመለስ የፕሮጀክት ክትትል፣ የመላ ፍለጋ እርዳታ እና የጥያቄ እና መልስ ክፍለ ጊዜዎችን እናቀርባለን።
የናሙና መስፈርቶች እና አቅርቦት
| ቤተ መጻሕፍት | የቅደም ተከተል ስትራቴጂ | የሚመከር ውሂብ | የጥራት ቁጥጥር |
| PolyA የበለፀገ mRNA CCS ቤተ-መጽሐፍት | የፓክባዮ ተከታታይ ክፍል II ፓክባዮ ሬቪዮ | 20/40 Gb 5/10 ኤም ሲሲኤስ | ሩብ 30≥85% |
| ፖሊ ኤ የበለፀገ | ኢሉሚና PE150 | 6-10 ጊቢ | ሩብ 30≥85% |
ኒውክሊዮታይዶች
|
| ኮንክ.(ng/μl) | መጠን (μg) | ንጽሕና | ታማኝነት |
| የኢሉሚና ቤተ መጻሕፍት | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 በጄል ላይ የተወሰነ ወይም ምንም የፕሮቲን ወይም የዲኤንኤ ብክለት አይታይም። | ለተክሎች፡ RIN≥4.0፤ ለእንስሳት፡ RIN≥4.5፤ 5.0≥28S/18S≥1.0; የተወሰነ ወይም ምንም የመነሻ ከፍታ የለም |
| የፓክባዮ ቤተ-መጽሐፍት | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 በጄል ላይ የተወሰነ ወይም ምንም የፕሮቲን ወይም የዲኤንኤ ብክለት አይታይም። | ተክሎች፡ RIN≥7.5 እንስሳት፡ RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; የተወሰነ ወይም ምንም የመነሻ ከፍታ የለም |
የሚመከር የናሙና አቅርቦት
ኮንቴይነር፡ 2 ሚሊ ሊትር የሴንትሪፉጅ ቱቦ (የቲን ፎይል አይመከርም)
የናሙና መለያ፡ ቡድን+ድግምግሞሽ ለምሳሌ A1፣ A2፣ A3፤ B1፣ B2፣ B3።
ጭነት፡
1. ደረቅ በረዶ:ናሙናዎች በከረጢቶች ውስጥ መጠቅለል እና በደረቅ በረዶ ውስጥ መቀበር አለባቸው።
2. RNA-ሊረጋጉ የሚችሉ ቱቦዎች፡- RNA ናሙናዎች በRNA ማረጋጊያ ቱቦ ውስጥ ሊደርቁ እና በክፍል ሙቀት ውስጥ ሊላኩ ይችላሉ።
የሚከተለውን ትንታኔ ያካትታል፡
- ጥሬ ውሂብ
- የጥራት ቁጥጥር
- አማራጭ የፖሊአዴኒሌሽን ትንተና (APA)
- የውህደት ትራንስክሪፕት ትንተና
- አማራጭ የስፒኪንግ ትንተና
- ቤንችማርኪንግ ዩኒቨርሳል ነጠላ-ቅጂ ኦርቶሎጎች (BUSCO) ትንተና
- አዲስ የትራንስክሪፕት ትንተና፡ የኮድ ቅደም ተከተሎችን መገመት (ሲዲኤስ) እና ተግባራዊ ማብራሪያ
- የlncRNA ትንተና፡ የlncRNA እና የዒላማዎች ትንበያ
- የማይክሮሳተላይት መለያ (SSR)
- የተለያየ የተገለጹ የትራንስክሪፕቶች (DETs) ትንተና
- የተለያዩ የተገለጸ ጂኖች (DEGs) ትንተና
- የDEGዎች እና DETዎች ተግባራዊ ማብራሪያ
የቡስኮ ትንተና
አማራጭ የስፒኪንግ ትንተና
አማራጭ የፖሊአዴኒሌሽን ትንተና (APA)
በተለዋዋጭነት የተገለጹ ጂኖች (DEGs) እና ትራንስክሪፕቶች (DETs9 ትንታኔዎች)
የ DETs እና DEGs የፕሮቲን-ፕሮቲን መስተጋብር አውታረ መረቦች
በተዘጋጁ የህትመቶች ስብስብ አማካኝነት በBMKGene's PacBio 2+3 ሙሉ-ርዝመት mRNA ቅደም ተከተል የተደገፉትን እድገቶች ያስሱ።
ቻኦ፣ ኪ. እና ሌሎች (2019) 'የፖፑለስ ግንድ ትራንስክሪፕቶሜ የእድገት ተለዋዋጭነት'፣የእፅዋት ባዮቴክኖሎጂ ጆርናል, 17(1), ገጽ 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
ዴንግ፣ ኤች. እና ሌሎች (2022) 'በፍራፍሬ እድገት እና በአክቲኒዲያ ላቲፎሊያ (አስኮርባት-የበለፀገ የፍራፍሬ ሰብል) እና ተያያዥ ሞለኪውላዊ ዘዴዎች ወቅት በአስኮርቢክ አሲድ ይዘት ላይ ተለዋዋጭ ለውጦች'፣ዓለም አቀፍ የሞለኪውላር ሳይንስ ጆርናል, 23 (10), ገጽ. 5808. doi: 10.3390 / IJMS23105808 / S1.
ሁዋ፣ ኤክስ. እና ሌሎች (2022) 'በፓሪስ ፖሊፊላ ውስጥ በባዮአክቲቭ ፖሊፊሊኖች ውስጥ የተሳተፉ የባዮሲንተቲክ መንገድ ጂኖች ውጤታማ ትንበያ'፣የኮሙኒኬሽን ባዮሎጂ2022 5:1, 5(1), ገጽ 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
ሊዩ፣ ኤም. እና ሌሎች (2023) 'የቱታ አብሶሉታ (ሜይሪክ) ትራንስክሪፕቶሜ እና ሳይቶክሮም P450 ጂኖች የተቀናጀ የፓክባዮ ኢሶ-ሴክ እና የኢሉሚና አር ኤን ኤ-ሴክ ትንተና'፣ነፍሳት, 14(4)፣ ገጽ 363. doi: 10.3390/INSETS14040363/S1.
ዋንግ፣ ሊጁን እና ሌሎች (2019) 'በሪሲነስ ኮሚኒስ ውስጥ ያለውን የሪሲኖሌይክ አሲድ ባዮሲንተሲስ የተሻለ ግንዛቤ ለማግኘት የፓክባዮ ነጠላ-ሞለኪውል ቅጽበታዊ ትንተናን ከኢሉሚና አር ኤን ኤ ቅደም ተከተል ጋር በማጣመር የትራንስክሪፕቶሜ ውስብስብነት ጥናት'፣ቢኤምሲ ጂኖሚክስ, 20(1), ገጽ 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
