የእፅዋት / የእንስሳት ደ ኖቮ ጂኖም ቅደም ተከተል
ደ ኖቮቅደም ተከተል ማለት የማጣቀሻ ጂኖም በሌለበት ጊዜ የዝርያውን ሙሉ ጂኖም በመጠቀም የማጣቀሻ ጂኖም በሌለበት ጊዜ የዝርያውን ሙሉ ጂኖም መገንባት ማለት ነው። ረጅም ንባቦችን የሚያሳይ የሶስተኛ ትውልድ ቅደም ተከተል መግቢያ እና በስፋት መቀበሉ በንባቦች መካከል ያለውን መደራረብ በመጨመር የጂኖም ስብስብን በእጅጉ አሻሽሏል። ይህ ማሻሻያ በተለይ ከፍተኛ ሄትሮዚጎሲቲ የሚያሳዩ፣ ከፍተኛ ተደጋጋሚ ክልሎች፣ ፖሊፕሎይድ እና ተደጋጋሚ አካላት ያላቸው ክልሎች፣ ያልተለመዱ የጂሲ ይዘቶች ወይም በአጭር ንባብ ቅደም ተከተል ብቻ በደንብ የማይገጣጠሙ ከፍተኛ ውስብስብነት ያሉ ፈታኝ ጂኖሞችን ሲይዙ ተገቢ ነው።
የእኛ የአንድ ጊዜ መፍትሔ የተቀናጀ የቅደም ተከተል አገልግሎቶችን እና ከፍተኛ ጥራት ያለው የዴ ኖቮ የተገጣጠመ ጂኖም የሚያቀርቡ ባዮኢንፎርማቲክ ትንተናዎችን ያቀርባል። ከኢሉሚና ጋር የተደረገ የመጀመሪያ የጂኖም ጥናት የጂኖም መጠን እና ውስብስብነት ግምቶችን ይሰጣል፣ እና ይህ መረጃ በፓክባዮ ሂፋይ የረጅም ጊዜ ቅደም ተከተል ቀጣዩን ደረጃ ለመምራት ይጠቅማል፣ ከዚያም በኋላዴ ኖቮየቋሚዎች ስብስብ። የሂሲ ስብሰባን ተከትሎ መጠቀም ኮንቲግስን ከጂኖም ጋር በማያያዝ የክሮሞሶም ደረጃ ስብስብ ለማግኘት ያስችላል። በመጨረሻም፣ ጂኖም በጂን ትንበያ እና በተገለጹ ጂኖች ቅደም ተከተል ይገለጻል፣ አጭር እና ረጅም ንባብ ባላቸው ትራንስክሪፕቶሞች ይጠቀማል።
የአገልግሎት ባህሪያት
● በአንድ-ማቆሚያ መፍትሄ ውስጥ በርካታ ቅደም ተከተሎችን እና ባዮኢንፎርማቲክ አገልግሎቶችን ማዋሃድ፡
የጂኖም መጠንን ለመገመት እና ቀጣይ እርምጃዎችን ለመምራት ከኢሉሚና ጋር የጂኖም ጥናት፤
ረጅም የንባብ ቅደም ተከተል ለዴ ኖቮየኮንቲግስ ስብሰባ፤
ለክሮሞሶም መልሕቅ የሃይ-ሲ ቅደም ተከተል፤
የጂኖችን ማብራሪያ ለመስጠት የ mRNA ቅደም ተከተል፤
የስብሰባው ማረጋገጫ።
● ለአዳዲስ ጂኖሞች ግንባታ ወይም ለፍላጎት ዝርያዎች ነባር የማጣቀሻ ጂኖሞችን ለማሻሻል ተስማሚ አገልግሎት።
የአገልግሎት ጥቅሞች
የቅደም ተከተል መድረኮችን እና ባዮኢንፎርማቲክስን በማዘጋጀት ላይዴ ኖቮየጂኖም ስብስብ
(አማራሲንጌ ኤስኤል እና ሌሎችም፣ጂኖም ባዮሎጂ, 2020)
●ሰፊ የኤክስፐርት እና የህትመት መዝገብቢኤምኬጂን የተለያዩ ዝርያዎችን በከፍተኛ ጥራት ባለው የጂኖም ስብስብ ውስጥ ከፍተኛ ልምድ አከማችቷል፣ ይህም የዲፕሎይድ ጂኖሞችን እና እጅግ ውስብስብ የሆኑ የፖሊፕሎይድ እና የአሎፖሊፕሎይድ ዝርያዎችን ጂኖሞችን ያካትታል። ከ2018 ጀምሮ፣ ለበለጠ ውጤት አስተዋጽኦ አድርገናል።300 ከፍተኛ ተጽዕኖ ፈጣሪ ህትመቶች እና ከ20 በላይ የሚሆኑት በኔቸር ጄኔቲክስ ታትመዋል.
● የአንድ ጊዜ መፍትሄ፦ የተቀናጀ አቀራረባችን በርካታ የቅደም ተከተል ቴክኖሎጂዎችን እና ባዮኢንፎርማቲክ ትንታኔዎችን ወደ አንድ ወጥ የስራ ፍሰት በማጣመር ከፍተኛ ጥራት ያለው የተገጣጠመ ጂኖም ያቀርባል።
●ለፍላጎቶችዎ የተበጀየአገልግሎት ፍሰታችን ሊበጅ የሚችል ሲሆን የተለያዩ ባህሪያት እና የተወሰኑ የምርምር ፍላጎቶች ላሏቸው ጂኖሞች መላመድ ያስችላል። ይህም ግዙፍ ጂኖሞችን፣ ፖሊፕሎይድ ጂኖሞችን፣ ከፍተኛ ሄትሮዚጎስ ጂኖሞችን እና ሌሎችንም ማስተናገድን ያካትታል።
●ከፍተኛ ችሎታ ያላቸው የባዮኢንፎርማቲክስ እና የላቦራቶሪ ቡድን: ውስብስብ የጂኖም ስብስቦችን በሙከራ እና በባዮኢንፎርማቲክስ ፊት ለፊት እና በተከታታይ የፈጠራ ባለቤትነት እና የሶፍትዌር የቅጂ መብቶች ጥሩ ልምድ ያለው።
●የድህረ-ሽያጭ ድጋፍ፡ቁርጠኝነታችን ከፕሮጀክቱ መጠናቀቅ ባሻገር ከሽያጭ በኋላ ለ3 ወራት የሚቆይ የአገልግሎት ጊዜ ይዘልቃል። በዚህ ጊዜ፣ ከውጤቶቹ ጋር የተያያዙ ማንኛቸውም ጥያቄዎችን ለመመለስ የፕሮጀክት ክትትል፣ የመላ ፍለጋ እርዳታ እና የጥያቄ እና መልስ ክፍለ ጊዜዎችን እናቀርባለን።
የአገልግሎት ዝርዝር መግለጫዎች
| የጂኖም ጥናት | የጂኖም ስብሰባ | የክሮሞሶም ደረጃ | የጂኖም ማብራሪያ |
| 50X ኢሉሚና ኖቫሴክ PE150
| 30X PacBio CCS HiFi ንባቦች | 100X ሃይ-ሲ | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (አማራጭ) ሙሉ ርዝመት RNA-seq PacBio 40 Gb ወይም ናኖፖሬ 12 Gb |
የአገልግሎት መስፈርቶች
ለጂኖም ዳሰሳ ጥናት፣ ለጂኖም አሰባሰብ እና ለሃይ-ሲ አሰባሰብ፡
| ሕብረ ሕዋስ ወይም የተወጣጡ ኑክሊክ አሲዶች | የጂኖም ጥናት | የጂኖም ስብሰባ ከፓክባዮ ጋር | የሃይ-ሲ ስብሰባ |
| የእንስሳት ቪሴራ | 0.5-1 ግ
| ≥ 3.5 ግ | ≥2 ግ |
| የእንስሳት ጡንቻ | ≥ 5 ግ | ||
| የአጥቢ እንስሳት ደም | 1.5 ሚሊ ሊትር
| ≥ 5 ሚሊ ሊትር | ≥2 ሚሊ ሊትር |
| የዶሮ/የዓሣ ደም | ≥ 0.5 ሚሊ ሊትር | ||
| ተክል - ትኩስ ቅጠል | 1-2 ግ | ≥ 5 ግ | ≥ 4 ግ |
| የተለማመዱ ሴሎች |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| ነፍሳት | 0.5-1 ግ | ≥ 3 ግ | ≥ 2 ግ |
| የተወጣ ዲኤንኤ | ማጎሪያ፡ ≥1 ng/ µL መጠን ≥ 30 ንግ የተወሰነ ወይም ምንም መበላሸት ወይም ብክለት የለም | ማጎሪያ፡ ≥ 50 ng/ µL መጠን፡ 10 µg/የፍሰት ሴል/ናሙና OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 የተወሰነ ወይም ምንም መበላሸት ወይም ብክለት የለም |
-
|
ለጂኖም ማብራሪያ ከትራንስክሪፕቶሚክስ ጋር፦
| ሕብረ ሕዋስ ወይም የተወጣጡ ኑክሊክ አሲዶች | ኢሉሚና ትራንስክሪፕቶም | የፓክባዮ ትራንስክሪፕቶም | ናኖፖር ትራንስክሪፕቶም |
| ተክል - ሥር/ግንድ/ቅጠል | 450 ሚ.ግ. | 600 ሚ.ግ. | |
| ተክል - ቅጠል/ዘር | 300 ሚ.ግ. | 300 ሚ.ግ. | |
| ተክል - ፍራፍሬ | 1.2 ግ | 1.2 ግ | |
| የእንስሳት ልብ/አንጀት | 300 ሚ.ግ. | 300 ሚ.ግ. | |
| የእንስሳት ብልት/አንጎል | 240 ሚ.ግ. | 240 ሚ.ግ. | |
| የእንስሳት ጡንቻ | 450 ሚ.ግ. | 450 ሚ.ግ. | |
| የእንስሳት አጥንት/ፀጉር/ቆዳ | 1 ግ | 1 ግ | |
| አርትሮፖድ - ነፍሳት | 6 | 6 | |
| አርትሮፖድ - ክሩስታሲያ | 300 ሚ.ግ. | 300 ሚ.ግ. | |
| ሙሉ ደም | 1 ቱቦ | 1 ቱቦ | |
| የተወጣ አር ኤን ኤ | ማጎሪያ፡ ≥ 20 ng/ µL መጠን ≥ 0.3 µግ OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ሪን≥ 6 5≥28ሴ/18ሴ≥1 | ማጎሪያ፡ ≥ 100 ng/µL መጠን ≥ 0.75 µግ OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ሪን≥ 8 5≥28ሴ/18ሴ≥1 | ማጎሪያ፡ ≥ 100 ng/µL መጠን ≥ 0.75 µግ OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ሪን≥ 7.5 5≥28ሴ/18ሴ≥1 |
የሚመከር የናሙና አቅርቦት
ኮንቴይነር፡ 2 ሚሊ ሊትር የሴንትሪፉጅ ቱቦ (የቲን ፎይል አይመከርም)
(ለአብዛኛዎቹ ናሙናዎች፣ በኤታኖል ውስጥ እንዳይከማቹ እንመክራለን።)
የናሙና መለያ፡- ናሙናዎች በግልጽ መለያ የተደረገባቸው እና ከቀረበው የናሙና መረጃ ቅጽ ጋር ተመሳሳይ መሆን አለባቸው።
ጭነት፡ ደረቅ በረዶ፡ ናሙናዎቹ በመጀመሪያ በከረጢቶች ውስጥ መታሸግ እና በደረቅ በረዶ ውስጥ መቀበር አለባቸው።
የስራ ፍሰት
የአገልግሎት የስራ ፍሰት
የሙከራ ንድፍ
የናሙና አቅርቦት
የዲኤንኤ ማውጣት
የቤተ መፃህፍት ግንባታ
ቅደም ተከተል
የውሂብ ትንተና
ከሽያጭ በኋላ የሚሰጡ አገልግሎቶች
የተሟላ የባዮኢንፎርማቲክ ትንተና፣ በ4 ደረጃዎች የተከፈለ
1) በኤንጂኤስ (NGS) ላይ በኬ-ሜር ትንተና ላይ የተመሠረተ የጂኖም ጥናት እንዲህ ይላል፡
የጂኖም መጠን ግምት
የሄትሮዚጎሲቲ ግምት
የተደጋጋሚ ክልሎች ግምት
2) የጂኖም ስብስብ ከፓክባዮ ሃይፋይ ጋር፡
ዴ ኖቮስብሰባ
የመሰብሰቢያ ግምገማ፡ የጂኖም ሙሉነት የ BUSCO ትንተና እና የ NGS እና የ PacBio HiFi ንባቦችን ጀርባ ካርታን ጨምሮ
3) የሃይ-ሲ ስብሰባ፡
የHi-C ቤተ-መጽሐፍት QC፡ ትክክለኛ የHi-C መስተጋብሮች ግምት
የሃይ-ሲ አሰባሰብ፡- የ contigs በቡድን በቡድን መከፋፈል፣ ከዚያም በእያንዳንዱ ቡድን ውስጥ የኮንቲግ ቅደም ተከተል እና የኮንቲግ አቅጣጫ መመደብ
የከፍተኛ-ሲ ግምገማ
4) የጂኖም ማብራሪያ፡
ኮድ ያልሆነ አር ኤን ኤ ትንበያ
ተደጋጋሚ ቅደም ተከተሎችን መለየት (ትራንስፖዞኖች እና ታንደም ድግግሞሾች)
የጂን ትንበያ
§ዴ ኖቮ: ab initio ስልተ ቀመሮች
§ በሆሞሎጂ ላይ የተመሠረተ
§ በትራንስክሪፕቶም ላይ የተመሠረተ፣ ረጅምና አጭር ንባቦች ያሉት፡ ንባቦችዴ ኖቮከጂኖም ረቂቅ ጋር የተገጣጠመ ወይም የተቀረጸ
§ የተነበዩ ጂኖች ከብዙ የውሂብ ጎታዎች ጋር ማብራሪያ
1) የጂኖም ጥናት - k-mer ትንተና
2) የጂኖም ስብስብ
2) የጂኖም አሰባስብ - PacBio HiFi የካርታ ስራን ወደ ረቂቅ አሰባሰቡ ያነባል
2) የHi-C ስብስብ - የHi-C ትክክለኛ የመስተጋብራዊ ጥንዶች ግምት
3) የከፍተኛ ደረጃ ግምገማ ከስብሰባ በኋላ
4) የጂኖም ማብራሪያ - የተተነበዩ ጂኖች ውህደት
4) የጂኖም ማብራሪያ - የተተነበዩ ጂኖች ማብራሪያ
በBMKGene's de novo genome assembly አገልግሎቶች የተመቻቹትን እድገቶች በተዘጋጁ የህትመቶች ስብስብ ያስሱ፡
ሊ፣ ሲ. እና ሌሎች (2021) 'የጂኖም ቅደም ተከተሎች ዓለም አቀፍ የመበታተን መንገዶችን ያሳያሉ እና በባህር ፈረስ ዝግመተ ለውጥ ውስጥ የተዋሃዱ የጄኔቲክ ማስተካከያዎችን ይጠቁማሉ'፣ ኔቸር ኮሙኒኬሽንስ፣ 12(1)። doi: 10.1038/S41467-021-21379-X።
ሊ፣ ዋይ. እና ሌሎች (2023) 'ትልቅ-ልኬት የክሮሞሶም ለውጦች በጋያል (ቦስ ፎርታሊስ) ውስጥ ወደ ጂኖም-ደረጃ አገላለጽ ለውጦች፣ የአካባቢ መላመድ እና ልዩነት ይመራሉ'፣ ሞለኪውላር ባዮሎጂ እና ዝግመተ ለውጥ፣ 40(1)። doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006።
ቲያን፣ ቲ. እና ሌሎች (2023) 'ድርቅን የሚቋቋም የበቆሎ ጀርም የጂኖም ስብስብ እና የጄኔቲክ መበታተን'፣ ኔቸር ጄኔቲክስ 2023 55:3, 55(3), ገጾች 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
ዣንግ፣ ኤፍ. እና ሌሎች (2023) 'በሶላኔሴ ቤተሰብ ውስጥ ሁለት ጂኖሞችን በመተንተን የትሮፔን አልካሎይድ ባዮሲንተሲስ ዝግመተ ለውጥን መግለጥ'፣ ኔቸር ኮሙኒኬሽንስ 2023 14:1, 14(1), ገጽ 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
አስቸጋሪ የጉዳይ ጥናቶች፡
የቴሎሜር-ወደ-ቴሎሜር ስብስብ፡ፉ፣ ኤ. እና ሌሎች (2023) 'የቴሎሜር-ወደ-ቴሎሜር የመራራ ሐብሐብ ጂኖም ስብስብ (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) የፍራፍሬ እድገትን፣ ቅንብርን እና የማብሰያ ጄኔቲክ ባህሪያትን ያሳያል'፣ የሆርቲካልቸር ምርምር፣ 10(1)። doi: 10.1093/HR/UHAC228።
የሃፕሎታይፕ ስብስብ፡ሁ፣ ደብሊው. እና ሌሎች (2021) 'በአሌል የተገለጸ ጂኖም በካሳቫ ዝግመተ ለውጥ ወቅት የቢያሌሊክ ልዩነትን ያሳያል'፣ ሞለኪውላር ፕላንት፣ 14(6)፣ ገጽ 851–854። doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009።
ግዙፍ የጂኖም ስብስብ፡ዩዋን፣ ጄ. እና ሌሎች (2022) 'የጊጋ-ክሮሞሶሞች እና የዛፍ ፔዮኒ ጊጋ-ጂኖም ጂኖሚክ መሰረት ፓኢዮኒያ ኦስቲ'፣ ኔቸር ኮሙኒኬሽንስ 2022 13:1, 13(1), ገጽ 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
የፖሊፕሎይድ ጂኖም ስብስብ፡ዣንግ፣ ኪ. እና ሌሎች (2022) 'በቅርቡ ስለ አውቶፖሊፕሎይድ የሸንኮራ አገዳ ሳቻረም ስፖንታነም የክሮሞሶም ቅነሳ የጂኖሚክ ግንዛቤዎች'፣ ኔቸር ጄኔቲክስ 2022 54:6, 54(6), ገጽ 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
