ምርቶች

የእፅዋት / የእንስሳት ደ ኖቮ ጂኖም ቅደም ተከተል

ደ ኖቮቅደም ተከተል የማመሳከሪያ ጂኖም በሌለበት ሁኔታ ቅደም ተከተል ቴክኖሎጂዎችን በመጠቀም የአንድ ዝርያ ሙሉ ጂኖም መገንባትን ያመለክታል።የሶስተኛ ትውልድ ተከታታይ ቴክኖሎጂዎች የንባብ ርዝመት አስደናቂ መሻሻል ውስብስብ ጂኖምዎችን በመገጣጠም ረገድ አዳዲስ እድሎችን አምጥቷል ፣ ለምሳሌ ከፍተኛ heterozygosity ፣ ከፍተኛ ድግግሞሽ ክልሎች ፣ ፖሊፕሎይድ ፣ ወዘተ. ተደጋጋሚ ንጥረ ነገሮችን, ያልተለመዱ የጂ.ሲ.ሲ ይዘቶች እና ሌሎች በጣም ውስብስብ ክልሎችን መፍታት.

መድረክ፡ PacBio Sequel II/Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq Platform

አግኙን

የአገልግሎት ዝርዝሮች

የማሳያ ውጤቶች

የጉዳይ ጥናት

የአገልግሎት ጥቅሞች

1-የቅደም ተከተል-እና-ባዮኢንፎርማቲክስ-በዴ-ኖቮ-ጂኖም-መሰብሰቢያ

የቅደም ተከተል መድረኮች ልማት እና ባዮኢንፎርማቲክስ በደ ኖቮየጂኖም ስብሰባ

(Amarasinghe SL et al.ጂኖም ባዮሎጂ, 2020)

● ልብ ወለድ ጂኖም መገንባት እና አሁን ያሉትን የማጣቀሻ ጂኖም ለፍላጎት ዝርያዎች ማሻሻል።

● በስብሰባ ላይ ከፍተኛ ትክክለኛነት, ቀጣይነት እና ሙሉነት

● ለምርምር መሰረታዊ መርጃዎችን በቅደም ተከተል ፖሊሞርፊዝም፣ QTLs፣ ጂን ማስተካከል፣ እርባታ፣ ወዘተ.

● በሶስተኛ-ትውልድ ተከታታይ መድረኮች ሙሉ ስፔክትረም የታጠቁ፡ የአንድ ማቆሚያ ጂኖም የመሰብሰቢያ መፍትሔ

● ተለዋዋጭ ቅደም ተከተል እና የመገጣጠም ስልቶች የተለያየ ባህሪ ያላቸው የተለያዩ ጂኖምዎችን የሚያሟሉ

● ከፍተኛ ችሎታ ያለው የባዮኢንፎርማቲያን ቡድን ፖሊፕሎይድ፣ ግዙፍ ጂኖም፣ ወዘተ ጨምሮ ውስብስብ የጂኖም ስብሰባዎች ላይ ጥሩ ልምድ ያለው።

● ከ100 በላይ የተሳካላቸው ጉዳዮች ከ900 በላይ በሆነ የተጠራቀመ የታተመ ውጤት

● ለክሮሞሶም-ደረጃ ጂኖም መገጣጠም የማዞሪያ ጊዜ በ3 ወራት ፍጥነት።

● ጠንካራ የቴክኒክ ድጋፍ በተከታታይ የፈጠራ ባለቤትነት እና የሶፍትዌር የቅጂ መብቶች በሁለቱም የሙከራ ጎን እና ባዮኢንፎርማቲክስ።

የአገልግሎት ዝርዝሮች

ይዘት

መድረክ

የንባብ ርዝመት

ሽፋን

የጂኖም ዳሰሳ

ኢሉሚና ኖቫሴክ

ፒኢ150

≥ 50X

የጂኖም ቅደም ተከተል

PacBio Revio

15 ኪባ HiFi ያነባል።

≥ 30X

ሰላም-ሲ

ኢሉሚና ኖቫሴክ

ፒኢ150

≥100X

የስራ ፍሰት

ናሙና መስፈርቶች እና ማድረስ

የናሙና መስፈርቶች፡

ዝርያዎች	ቲሹ	ለPacBio	ለናኖፖሬ
እንስሳት	የውስጥ አካላት (ጉበት ፣ ስፕሊን ፣ ወዘተ.)	≥ 1.0 ግ	≥ 3.5 ግ
	ጡንቻ	≥ 1.5 ግ	≥ 5.0 ግ
	የአጥቢ እንስሳት ደም	≥ 1.5 ሚሊ ሊትር	≥ 5.0 ሚሊ ሊትር
	የዓሣ ወይም የወፍ ደም	≥ 0.2 ሚሊ ሊትር	≥ 0.5 ሚሊ ሊትር
ተክሎች	ትኩስ ቅጠሎች	≥ 1.5 ግ	≥ 5.0 ግ
	ቅጠል ወይም ግንድ	≥ 3.5 ግ	≥ 10.0 ግ
	ሥሮች ወይም ዘሮች	≥ 7.0 ግ	≥ 20.0 ግ
ሕዋሳት	የሕዋስ ባህል	≥ 3×10⁷	≥ 1×10⁸

የሚመከር ናሙና ማድረስ

መያዣ፡ 2 ሚሊ ሴንትሪፉጅ ቱቦ (ቲን ፎይል አይመከርም)
ለአብዛኛዎቹ ናሙናዎች በኤታኖል ውስጥ እንዳይቀመጡ እንመክራለን.
የናሙና መሰየሚያ፡ ናሙናዎች በግልጽ መሰየም አለባቸው እና ከቀረበው የናሙና መረጃ ቅጽ ጋር ተመሳሳይ ናቸው።
ጭነት: ደረቅ-በረዶ: ናሙናዎች በቅድሚያ በከረጢቶች ውስጥ ተጭነው በደረቅ በረዶ ውስጥ መቀበር አለባቸው.

የአገልግሎት ሥራ ፍሰት

የሙከራ ንድፍ

ናሙና መላኪያ

የዲኤንኤ ማውጣት

የቤተ መፃህፍት ግንባታ

ቅደም ተከተል

የውሂብ ትንተና

ከሽያጭ በኋላ አገልግሎቶች

ቀዳሚ፡ የሰው ሙሉ Exome ቅደም ተከተል

ቀጣይ፡- ሃይ-ሲ ላይ የተመሰረተ ጂኖም ስብሰባ

* እዚህ የሚታዩት የማሳያ ውጤቶች ሁሉም በባዮማርከር ቴክኖሎጂዎች የታተሙ ጂኖም ናቸው።

1.Circos በ ክሮሞሶም-ደረጃ ጂኖም ስብሰባ ላይG. rotundifoliumበናኖፖር ቅደም ተከተል መድረክ

3Circos-on-genomic-የጥጥ-ጂኖም ባህሪያት

ዋንግ ኤም እና ሌሎች፣ሞለኪውላር ባዮሎጂ እና ዝግመተ ለውጥ, 2021

2.የቫይኒንግ ራይ ጂኖም ስብሰባ እና ማብራሪያ ስታትስቲክስ

4የጂኖም-ስብስብ-እና-ማብራሪያ ስታቲስቲክስ

ሊ ጂ እና ሌሎች.የተፈጥሮ ጄኔቲክስ, 2021

3.Gene ትንበያ የሴቺየም ኢዱሌጂኖም፣ ከሶስት የትንበያ ዘዴዎች የተገኘ፡-ደ ኖቮትንበያ፣ ሆሞሎጂን መሰረት ያደረገ ትንበያ እና አር ኤን ኤ-ሴቅ መረጃን መሰረት ያደረገ ትንበያ

5 ጂን-ትንበያ

ፉ ኤ እና ሌሎችየሆርቲካልቸር ምርምር, 2021

በሦስት የጥጥ ጂኖም ውስጥ ያልተነካ ረጅም ተርሚናል ድግግሞሽ 4.Identification

6-የጂኖም-ተደጋጋሚ-አካላትን መለየት

ዋንግ ኤም እና ሌሎች፣ሞለኪውላር ባዮሎጂ እና ዝግመተ ለውጥ, 2021

የ 5.Hi-C የሙቀት ካርታC. acuminataጂኖም ጂኖም-ሰፊ ሁሉን አቀፍ ግንኙነቶችን ያሳያል።የHi-C መስተጋብሮች ጥንካሬ በኮንጊግ መካከል ካለው ቀጥተኛ ርቀት ጋር ተመጣጣኝ ነው።በዚህ የሙቀት ካርታ ላይ ያለው ንፁህ ቀጥተኛ መስመር በክሮሞሶምች ላይ በጣም ትክክለኛ የሆነ የ contigs መልህቅን ያመለክታል።(መልህቅ ጥምርታ፡ 96.03%)

7Hi-C-የሙቀት-ካርታ-ላይ-የተሰበሰበ-ቅደም ተከተል-መልሕቅ

ካንግ ኤም እና ሌሎች፣የተፈጥሮ ግንኙነቶች ፣2021

BMK መያዣ

ከፍተኛ ጥራት ያለው የጂኖም ስብስብ የሩዝ ጂኖሚክ ባህሪያትን እና አግሮኖሚካዊ ጠቃሚ ጂኖችን ያጎላል

የታተመ የተፈጥሮ ጄኔቲክስ, 2021

የቅደም ተከተል ስልት፡

የጂኖም ስብሰባ፡ PacBio CLR ሁነታ ከ20 ኪባ ቤተ-መጽሐፍት (497 ጊባ፣ በግምት 63×)
ተከታታይ እርማት፡ NGS ከ 270 ቢፒ ዲኤንኤ ቤተ-መጽሐፍት (430 Gb፣ በግምት 54×) በኢሉሚና መድረክ ላይ
Contigs መልህቅ፡ Hi-C ላይብረሪ(560 Gb፣ በግምት 71×) በኢሉሚና መድረክ ላይ
የእይታ ካርታ፡ (779.55 ጊባ፣ በግምት 99×) በBionano Irys ላይ

ቁልፍ ውጤቶች

1.የዋይኒንግ ራይ ጂኖም አጠቃላይ የጂኖም መጠን 7.74 Gb(98.74% የሚገመተው የጂኖም መጠን በወራጅ ሳይቶሜትሪ) ታትሟል።የዚህ ስብሰባ ስካፎል N50 1.04 Gb አሳክቷል።93.67% የሚሆኑት ኮንቲግዎች በተሳካ ሁኔታ በ7 አስመሳይ ክሮሞሶምች ላይ መያያዝ ችለዋል።ይህ ጉባኤ በሊንኬጅ ካርታ፣ LAI እና BUSCO የተገመገመ ሲሆን ይህም በሁሉም ግምገማዎች ከፍተኛ ውጤት አስገኝቷል።

2. በንፅፅር ጂኖም ፣ በጄኔቲክ ትስስር ካርታ ፣ በሥርዓተ-ጽሑፍ ጥናቶች ላይ ተጨማሪ ጥናቶች የተካሄዱት በዚህ ጂኖም መሠረት ነው።ጂኖም-ሰፊ የጂን ማባዛትን እና በስታርች ባዮሲንተሲስ ጂኖች ላይ ያላቸውን ተፅእኖ ጨምሮ ተከታታይ የጂኖሚክ ባህሪዎች ተገለጡ።ውስብስብ የፕሮላሚን ሎሲ አካላዊ አደረጃጀት፣ የጂን አገላለጽ ባህሪያት ቀደምት አርዕስት ባህሪ እና ከሀገር ውስጥ የቤት ውስጥ ግንኙነት ጋር የተገናኙ ክሮሞሶም ክልሎች እና ሎሲ በአጃ።