-
PacBio-ሙሉ-ርዝመት 16S/18S/ITS የአምፒኮን ቅደም ተከተል
የአምፒኮን (16S/18S/ITS) መድረክ የተገነባው በማይክሮባላዊ ልዩነት ፕሮጀክት ትንተና ውስጥ ለዓመታት ልምድ ያለው ሲሆን ደረጃውን የጠበቀ መሰረታዊ ትንተና እና ግላዊ ትንተናን ያካትታል፡ መሰረታዊ ትንተና የአሁኑን የማይክሮባላዊ ምርምር ዋና ዋና የትንታኔ ይዘቶችን ይሸፍናል፣ የትንታኔው ይዘት የበለፀገ እና ሁሉን አቀፍ ነው፣ እና የትንታኔ ውጤቶች በፕሮጀክት ሪፖርቶች መልክ ቀርበዋል፤ ግላዊ ትንተና ይዘት የተለያዩ ነው። ናሙናዎች ሊመረጡ እና ግቤቶች በመሠረታዊ የትንታኔ ሪፖርት እና የምርምር ዓላማ መሰረት በተለዋዋጭ ሁኔታ ሊቀመጡ ይችላሉ፣ ግላዊ መስፈርቶችን ለማሳካት። የዊንዶውስ ኦፐሬቲንግ ሲስተም፣ ቀላል እና ፈጣን።
-
PacBio-Full-length ትራንስክሪፕቶሜ (ማጣቀሻ ያልሆነ)
የፓሲፊክ ባዮሳይንስ (ፓክባዮ) የኢሶፎርም ቅደም ተከተል መረጃን እንደ ግብዓት በመውሰድ፣ ይህ መተግበሪያ የሙሉ ርዝመት የጽሑፍ ቅደም ተከተሎችን (ያለ ስብሰባ) መለየት ይችላል። የሙሉ ርዝመት ቅደም ተከተሎችን ከማጣቀሻ ጂኖም ጋር በማዛመድ፣ የጽሑፍ ግልባጮች በሚታወቁ ጂኖች፣ የጽሑፍ ግልባጮች፣ የኮድ ክልሎች፣ ወዘተ ሊመቻቹ ይችላሉ። በዚህ ሁኔታ፣ እንደ አማራጭ ስፒሊንግ፣ ወዘተ ያሉ የ mRNA አወቃቀሮችን የበለጠ ትክክለኛ መለየት ይቻላል። ከ NGS ትራንስክሪፕቶሜ ቅደም ተከተል መረጃ ጋር የጋራ ትንተና በትራንስክሪፕቶ ደረጃ ላይ የበለጠ አጠቃላይ ማብራሪያ እና የበለጠ ትክክለኛ መጠን እንዲኖር ያስችላል፣ ይህም በአብዛኛው የታችኛውን ልዩነት አገላለጽ እና ተግባራዊ ትንተናን ይጠቅማል።
-
የመሳሪያ ኪቶች
BMKCloud ለጂኖሚክ ፕሮግራሞች አንድ-ማቆሚያ መፍትሄ የሚሰጥ ግንባር ቀደም የባዮኢንፎርማቲክ መድረክ ሲሆን ይህም በተለያዩ ዘርፎች ተመራማሪዎች ዘንድ በሰፊው ይታመናል። BMKCloud ባዮኢንፎርማቲክ ትንተና መድረኮችን እና መሳሪያዎችን፣ የኮምፒዩተር ግብዓቶችን፣ የህዝብ ዳታቤዝን፣ ባዮኢንፎርማቲክ የመስመር ላይ ኮርሶችን ወዘተ ጨምሮ የተቀናጁ፣ አስተማማኝ እና ቀልጣፋ አገልግሎቶችን ለመስጠት ቁርጠኛ ነው። BMKCloud የጂን ማብራሪያ፣ የዝግመተ ለውጥ ጄኔቲክ መሳሪያዎችን፣ ncRNAን፣ የውሂብ ጥራት ቁጥጥርን፣ መሰብሰብን፣ አሰላለፍን፣ የውሂብ ማውጣትን፣ ሚውቴሽንን፣ ስታቲስቲክስን፣ የምስል ጀነሬተርን፣ የቅደም ተከተል ትንተናን፣ ወዘተ ጨምሮ ብዙ ጊዜ ጥቅም ላይ የዋሉ የባዮኢንፎርማቲክ መሳሪያዎችን ይሰጣል።
-
አነስተኛ አር ኤን ኤ
ትናንሽ አር ኤን ኤዎች በአማካይ ከ18-30 ንት ርዝመት ያላቸው አጭር ኮድ-አልባ አር ኤን ኤ አይነት ሲሆኑ፣ ሚአር ኤን ኤ፣ ሲአር ኤን ኤ እና ፒአር ኤን ኤ ያካትታሉ። እነዚህ ትናንሽ አር ኤን ኤዎች እንደ ኤምአርኤንኤ መበላሸት፣ የትርጉም መከልከል፣ ሄትሮክሮማቲን መፈጠር፣ ወዘተ ባሉ የተለያዩ ባዮሎጂያዊ ሂደቶች ውስጥ እንደሚሳተፉ በከፍተኛ ሁኔታ ተዘግቧል። የአነስተኛ አር ኤን ኤ ቅደም ተከተል ትንተና በእንስሳት/ተክል ልማት፣ በሽታ፣ ቫይረስ፣ ወዘተ ላይ በተደረጉ ጥናቶች በስፋት ጥቅም ላይ ውሏል። አነስተኛ አር ኤን ኤ ቅደም ተከተል ትንተና መድረክ መደበኛ ትንተና እና የላቀ የውሂብ ማዕድን ማውጣትን ያካትታል። በRNA-seq መረጃ ላይ በመመስረት፣ መደበኛ ትንተና የmiRNA መለያ እና ትንበያ፣ የmiRNA ኢላማ ጂን ትንበያ፣ ማብራሪያ እና አገላለጽ ትንተና ማግኘት ይችላል። የላቀ ትንተና ብጁ የmiRNA ፍለጋ እና ማውጣት፣ የቬን ዲያግራም ማመንጨት፣ ሚአር ኤን ኤ እና የዒላማ ጂን አውታረ መረብ መገንባት ያስችላል።
-
NGS-WGS (ኢሉሚና/ቢጂአይ)
NGS-WGS በባዮማርከር ቴክኖሎጂዎች ውስጥ ባለው የበለፀገ ልምድ ላይ የተመሠረተ ሙሉ የጂኖም ዳግም ቅደም ተከተል ትንተና መድረክ ነው። ይህ ለአጠቃቀም ቀላል የሆነ መድረክ ከኢሉሚና መድረክ እና ከቢጂአይ ቅደም ተከተል መድረክ የሚመነጩ የዲኤንኤ ቅደም ተከተል መረጃዎችን የሚያሟላ ጥቂት መሰረታዊ መለኪያዎችን በማዘጋጀት የተቀናጀ የትንታኔ የስራ ፍሰት በፍጥነት እንዲገባ ያስችላል። ይህ መድረክ በከፍተኛ አፈጻጸም የኮምፒውተር አገልጋይ ላይ የተተገበረ ሲሆን ይህም በጣም በተወሰነ ጊዜ ውስጥ በጣም ቀልጣፋ የውሂብ ትንተናን ያነቃቃል። የግል የውሂብ ማዕድን ማውጣት በመደበኛ ትንተና ላይ የተመሠረተ ሲሆን ይህም የተዛባ የጂን መጠይቅ፣ የፒሲአር ፕሪመር ዲዛይን፣ ወዘተ.
-
mRNA (ማጣቀሻ)
ትራንስክሪፕቶሜ በጂኖሚክ ጄኔቲክ መረጃ እና በባዮሎጂካል ተግባር ፕሮቲኦም መካከል ያለው አገናኝ ነው። ትራንስክሪፕሽን ደረጃ ቁጥጥር በጣም አስፈላጊ እና በስፋት የተጠናው የህዋሳት የቁጥጥር ዘዴ ነው። ትራንስክሪፕቶሜ ቅደም ተከተል በማንኛውም ጊዜ ወይም በማንኛውም ሁኔታ ውስጥ ትራንስክሪፕቶሜውን ቅደም ተከተል ማድረግ ይችላል፣ ለአንድ ኑክሊዮታይድ ትክክለኛ ጥራት አለው። የጂን ግልባጭ ደረጃን በተለዋዋጭነት ሊያንፀባርቅ፣ በተመሳሳይ ጊዜ ብርቅዬ እና መደበኛ ግልባጮችን መለየት እና መጠን መስጠት፣ እና የናሙና የተወሰኑ ግልባጮችን መዋቅራዊ መረጃ መስጠት ይችላል።
በአሁኑ ጊዜ፣ የትራንስክሪፕቶሜ ሴኩዊንሲንግ ቴክኖሎጂ በግብርና፣ በሕክምና እና በሌሎች የምርምር ዘርፎች በስፋት ጥቅም ላይ ውሏል፤ ከእነዚህም ውስጥ የእንስሳትና የእፅዋት ልማት ቁጥጥር፣ የአካባቢ መላመድ፣ የበሽታ መከላከል መስተጋብር፣ የጂን አካባቢያዊነት፣ የዝርያዎች ጄኔቲክ ዝግመተ ለውጥ እና የቲሞር እና የጄኔቲክ በሽታ መለየት ይገኙበታል።
-
ሜታጂኖሚክስ (ኤንጂኤስ)
ይህ የትንታኔ መድረክ ለዓመታት ልምድ መሰረት ሆኖ የሻምበል ሜታጂኖሚክ ዳታ ትንተና የተነደፈ ነው። የውሂብ ማቀነባበሪያ፣ የዝርያ ደረጃ ጥናቶች፣ የጂን ተግባር ደረጃ ጥናቶች፣ ሜታጂኖም ቢኒንግ፣ ወዘተ ጨምሮ የተለያዩ የተለመዱ የሜታጂኖሚክስ ትንታኔዎችን የያዘ የተቀናጀ የስራ ፍሰትን ያካትታል። በተጨማሪም፣ ብጁ የውሂብ ማዕድን ቁፋሮ መሳሪያዎች በመደበኛ የትንታኔ የስራ ፍሰት ላይ ይገኛሉ፣ ይህም ጂን እና የዝርያ መጠይቅ፣ የፓራሜትር አቀማመጥ፣ ለግል የተበጀ ምስል ማመንጨት፣ ወዘተ.
-
ኤልኤንሲአርኤንኤ
ረጅም ኮድ-አልባ አር ኤን ኤዎች (lncRNA) ከ200 nt በላይ ርዝመት ያላቸው የትራንስክሪፕቶች አይነት ሲሆኑ ፕሮቲኖችን ኮድ ማድረግ አይችሉም። የተጠራቀሙ ማስረጃዎች እንደሚያሳዩት አብዛኛዎቹ የlncRNAዎች ተግባራዊ የመሆን ዕድላቸው ከፍተኛ ነው። ከፍተኛ ፍጥነት ያላቸው የቅደም ተከተል ቴክኖሎጂዎች እና የባዮኢንፎርማቲክ ትንተና መሳሪያዎች የlncRNA ቅደም ተከተሎችን እንድናሳይ እና መረጃን በብቃት እንድናስቀምጥ እና ወሳኝ የቁጥጥር ተግባራት ያላቸውን lncRNAs እንድናገኝ ይረዱናል። BMKCloud ለደንበኞቻችን ፈጣን፣ አስተማማኝ እና ተለዋዋጭ የlncRNA ትንተና ለማሳካት የlncRNA ቅደም ተከተል ትንተና መድረክን በማቅረብ ኩራት ይሰማዋል።
-
ጂዋስ
የጂኖም-አቀፍ የማህበር ጥናት (GWAS) ከተወሰኑ ባህሪያት (phenotype) ጋር የተያያዙ የጄኔቲክ ልዩነቶችን (ጂኖታይፕ) ለመለየት ያለመ ነው። የጂኖም-አቀፍ ጥናቶች የጄኔቲክ ምልክቶች የብዙ ሰዎችን አጠቃላይ ጂኖም ያቋርጣሉ እና በሕዝብ ደረጃ በስታቲስቲክስ ትንተና የጂኖታይፕ-ፌኖታይፕ ግንኙነቶችን ይተነብያል። የጂኖም ዳግም ቅደም ተከተል ሁሉንም የጄኔቲክ ልዩነቶች ሊያገኝ ይችላል። ከፊኖታይፕ መረጃ ጋር በማጣመር፣ GWAS ከፊኖታይፕ ጋር የተያያዙ SNPs፣ QTLs እና እጩ ጂኖችን ለመለየት ሊሰራ ይችላል፣ ይህም ዘመናዊ የእንስሳት/የእፅዋት እርባታዎችን በጥብቅ ይደግፋል። SLAF በራሱ የተገነባ ቀላል የጂኖም ቅደም ተከተል ስትራቴጂ ሲሆን፣ በጂኖም-አቀፍ የተከፋፈሉ ማርከሮችን፣ SNPን ያገኛል። እነዚህ SNPs፣ እንደ ሞለኪውላር ጄኔቲክ ማርከሮች፣ ከታለሙ ባህሪያት ጋር ለተያያዙ የማህበር ጥናቶች ሊሰሩ ይችላሉ። ከጄኔቲክ ልዩነቶች ጋር የተያያዙ ውስብስብ ባህሪያትን ለመለየት ወጪ ቆጣቢ ስትራቴጂ ነው።
-
ናኖፖር ሙሉ-ርዝመት ትራንስክሪፕቶሚክስ
በህዋሳት ውስጥ ያሉ ውስብስብ እና ተለዋዋጭ አማራጭ ኢሶፎርሞች የጂን አገላለጽን እና የፕሮቲን ልዩነትን ለመቆጣጠር አስፈላጊ የጄኔቲክ ዘዴዎች ናቸው። የትራንስክሪፕት አወቃቀሮችን በትክክል መለየት የጂን አገላለጽ ቁጥጥር ቅጦችን በጥልቀት ለማጥናት መሰረት ነው። የናኖፖሬ ቅደም ተከተል መድረክ የትራንስክሪፕት ጥናትን ወደ ኢሶፎርም ደረጃ በተሳካ ሁኔታ አምጥቷል። ይህ የትንታኔ መድረክ በናኖፖሬ መድረክ ላይ የሚመነጨውን የRNA-ሴክ መረጃን በማጣቀሻ ጂኖም ላይ በመመስረት ለመተንተን የተነደፈ ሲሆን ይህም በጂን ደረጃ እና በትራንስክሪፕቶች ደረጃ የጥራት እና የቁጥር ትንታኔዎችን ያስገኛል።
-
ሰርክ-አር ኤን ኤ
ክብ አር ኤን ኤ (cirRNA) ኮድ የማያደርግ አር ኤን ኤ አይነት ሲሆን በቅርብ ጊዜ በልማት፣ በአካባቢ መቋቋም፣ ወዘተ ውስጥ በሚሳተፉ የቁጥጥር አውታረ መረቦች ውስጥ ወሳኝ ሚና እንደሚጫወቱ ተረጋግጧል። ከሊኒየር አር ኤን ኤ ሞለኪውሎች የተለዩት ለምሳሌ mRNA፣ lncRNA፣ የcirRNA 3′ እና 5′ ጫፎች አንድ ላይ ተገናኝተው ክብ መዋቅር ይፈጥራሉ፣ ይህም ከ exonuclease መፈጨት ያድናቸዋል እና ከአብዛኞቹ መስመራዊ አር ኤን ኤ የበለጠ የተረጋጋ ነው። ሲር ኤን ኤ የጂን አገላለጽን በመቆጣጠር ረገድ የተለያዩ ተግባራት እንዳሉት ተገኝቷል። ሲር ኤን ኤ እንደ ceRNA ሆኖ ሊያገለግል ይችላል፣ ይህም ሚአር ኤን ኤ ስፖንጅ በመባል የሚታወቀውን miRNA በተወዳዳሪነት ያገናኛል። የcirRNA ቅደም ተከተል ትንተና መድረክ የcirRNA መዋቅር እና አገላለጽ ትንተና፣ የዒላማ ትንበያ እና የጋራ ትንተና ከሌሎች የRNA ሞለኪውሎች ዓይነቶች ጋር ያነቃቃል።
-
ቢኤስኤ
የጅምላ ሴግሬገንት ትንተና መድረክ አንድ-ደረጃ መደበኛ ትንተና እና ከተበጀ የፓራሜትር ቅንብር ጋር የላቀ ትንተናን ያካትታል። BSA ከፊኖታይፕ ጋር የተያያዙ የጄኔቲክ ምልክቶችን በፍጥነት ለመለየት የሚያገለግል ዘዴ ነው። የBSA ዋና የስራ ፍሰት የሚከተሉትን ያካትታል፡ 1. እጅግ በጣም ተቃራኒ የሆኑ ፊኖታይፕ ያላቸውን ሁለት ግለሰቦች ቡድን መምረጥ፤ 2. ዲኤንኤ፣ አር ኤን ኤ ወይም SLAF-seq (በባዮማርከር የተገነባ) ሁለት ዲኤንኤዎችን ለመፍጠር ከሁሉም ግለሰቦች ጋር ማዋሃድ፤ 3. በማጣቀሻ ጂኖም ወይም በመካከላቸው ያለውን ልዩነት መለየት፣ 4. በED እና SNP-ኢንዴክስ ስልተ ቀመር የእጩዎችን የተገናኙ ክልሎችን መተንበይ፤ 5. በእጩ ክልሎች ውስጥ ባሉ ጂኖች ላይ ተግባራዊ ትንተና እና ማበልጸግ፣ ወዘተ. በጄኔቲክ ማርከር ማጣሪያ እና ፕሪመር ዲዛይን ጨምሮ በመረጃ ውስጥ የበለጠ የላቀ የማዕድን ቁፋሮ እንዲሁ ይገኛል።
-
አምፒኮን (16S/18S/ITS)
የአምፒኮን (16S/18S/ITS) መድረክ የተገነባው በማይክሮባላዊ ልዩነት ፕሮጀክት ትንተና ውስጥ ለዓመታት ልምድ ያለው ሲሆን ደረጃውን የጠበቀ መሰረታዊ ትንተና እና ግላዊ ትንተናን ያካትታል፡ መሰረታዊ ትንተና የአሁኑን የማይክሮባላዊ ምርምር ዋና ዋና የትንታኔ ይዘቶችን ይሸፍናል፣ የትንታኔው ይዘት የበለፀገ እና ሁሉን አቀፍ ነው፣ እና የትንታኔ ውጤቶች በፕሮጀክት ሪፖርቶች መልክ ቀርበዋል፤ ግላዊ ትንተና ይዘት የተለያዩ ነው። ናሙናዎች ሊመረጡ እና ግቤቶች በመሠረታዊ የትንታኔ ሪፖርት እና የምርምር ዓላማ መሰረት በተለዋዋጭ ሁኔታ ሊቀመጡ ይችላሉ፣ ግላዊ መስፈርቶችን ለማሳካት። የዊንዶውስ ኦፐሬቲንግ ሲስተም፣ ቀላል እና ፈጣን።
