-
በሃይ-ሲ ላይ የተመሠረተ የክሮማቲን መስተጋብር
ሃይ-ሲ የመመርመሪያ ቅርበት ላይ የተመሰረቱ መስተጋብሮችን እና ከፍተኛ-ውጤት ቅደም ተከተልን በማጣመር የጂኖሚክ ውቅርን ለመያዝ የተነደፈ ዘዴ ነው። ዘዴው የተመሠረተው በክሮማቲን ከፎርማልዴይድ ጋር በመገናኘት ላይ ሲሆን በመቀጠልም በተጣመሩ ቁርጥራጮች ብቻ የተገናኙ የሊጌሽን ምርቶችን እንዲፈጥሩ በሚያስችል መንገድ መፈጨት እና እንደገና መገጣጠም ላይ ነው። እነዚህን የሊጌሽን ምርቶች በቅደም ተከተል በማድረግ የጂኖምን 3D አደረጃጀት ማጥናት ይቻላል። ሃይ-ሲ በትንሹ የታሸጉትን (A ክፍሎች፣ ዩክሮማቲን) እና በትራንስክሪፕት ንቁ የመሆን ዕድላቸው ከፍተኛ የሆኑ የጂኖም ክፍሎችን ስርጭት እና የበለጠ በጥብቅ የታሸጉትን ክልሎች (B ክፍሎች፣ ሄትሮክሮማቲን) ለማጥናት ያስችላል። ሃይ-ሲ እንዲሁም ቶፖሎጂካል አሶሴሽን ዶሜይንስ (TADs)፣ የታጠፉ መዋቅሮች ያሏቸው እና ተመሳሳይ የአገላለጽ ቅጦች ሊኖራቸው የሚችል የጂኖም ክልሎችን ለመለየት እና የክሮማቲን ሉፖችን፣ በፕሮቲኖች አንድ ላይ የተጣበቁ እና ብዙውን ጊዜ በተቆጣጣሪ አካላት የበለፀጉ የዲኤንኤ ክልሎችን ለመለየት ጥቅም ላይ ሊውል ይችላል። የቢኤምኬጂኔ የሃይ-ሲ ቅደም ተከተል አገልግሎት ተመራማሪዎች የጂኖሚክስን የቦታ ገጽታዎች እንዲመረምሩ ያስችላቸዋል፣ ይህም የጂኖም ቁጥጥርን እና በጤና እና በበሽታ ላይ ያለውን አንድምታ ለመረዳት አዳዲስ መንገዶችን ይከፍታል።
-
ክሮማቲን ኢሚውኖፕሬሲፒቴሽን ሴክዊንሲንግ (ChIP-seq)
ክሮማቲን ኢሚውኖፕሬሲፒቴሽን (CHIP) ፀረ እንግዳ አካላትን በመጠቀም የዲኤንኤ-ማሰሪያ ፕሮቲኖችን እና ተዛማጅ የጂኖሚክስ ኢላማዎቻቸውን በምርጫ ለማበልጸግ የሚያስችል ዘዴ ነው። ከኤንጂኤስ ጋር ያለው ውህደት ከሂስቶን ማሻሻያ፣ ከትራንስክሪፕሽን ምክንያቶች እና ከሌሎች የዲኤንኤ-ማሰሪያ ፕሮቲኖች ጋር የተያያዙ የዲኤንኤ ኢላማዎችን በጂኖም-አቀፍ መገለጫ እንዲፈጥሩ ያስችላል። ይህ ተለዋዋጭ አካሄድ በተለያዩ የሴል ዓይነቶች፣ ሕብረ ሕዋሳት ወይም ሁኔታዎች ውስጥ ያሉ የማሰሪያ ቦታዎችን ማወዳደር ያስችላል። የቺአይፒ-ሴክ አፕሊኬሽኖች ከትራንስክሪፕሽን ቁጥጥር እና የእድገት መንገዶችን ከማጥናት ጀምሮ እስከ የበሽታ ዘዴዎችን ግልጽ ማድረግ ድረስ፣ ይህም የጂኖሚክ ቁጥጥር ገጽታዎችን ለመረዳት እና የሕክምና ግንዛቤዎችን ለማሳደግ አስፈላጊ መሣሪያ ያደርገዋል።
መድረክ፡ ኢሉሚና ኖቫሴክ
-
ሙሉ የጂኖም ቢሰልፋይት ቅደም ተከተል (WGBS)
ይህ ዘዴ፣ ሜቲላይትድ ሳይቶሳይኖችን ወደ ዩራሲል (C ወደ U) ለመቀየር በቢሰልፋይት ዲኤንኤ ሕክምና ላይ የተመሠረተ ሲሆን፣ ሜቲላይትድ ሳይቶሳይኖችን ሳይቀይሩ ሲቀሩ፣ የዲኤንኤ ሜቲላይዝመንት ጥልቅ ፍለጋ ለማድረግ የወርቅ ደረጃውን የጠበቀ ዘዴ ሆኖ ያገለግላል፣ በተለይም በሳይቶሲን (5-mC) ውስጥ ያለው አምስተኛው ቦታ፣ የጂን አገላለጽ እና የሴሉላር እንቅስቃሴ ወሳኝ ተቆጣጣሪ።
ይህ ዘዴ ነጠላ-ቤዝ ጥራትን ይሰጣል፣ ይህም ተመራማሪዎች ሜቲሎምን በጥልቀት እንዲመረምሩ እና በናሙናዎቹ ውስጥ ያልተለመዱ የሜቲሌሽን ቅጦችን እንዲያወጡ ያስችላቸዋል። WGBSን በመጠቀም፣ ሳይንቲስቶች በጂኖም-አቀፍ የሜቲሌሽን መልክዓ ምድሮች ላይ ተወዳዳሪ የሌለው ግንዛቤ ማግኘት ይችላሉ፣ ይህም የተለያዩ ባዮሎጂያዊ ሂደቶችን እና በሽታዎችን የሚያካትቱትን የኤፒጄኔቲክ ዘዴዎችን በጥልቀት መረዳትን ይሰጣል።
-
ከፍተኛ የመተላለፊያ ቅደም ተከተል ያለው ትራንስፖዛዝ-አዳራሽ ክሮማቲን (ATAC-seq) ምርመራ
ATAC-seq ለጂኖም-አቀፍ የክሮማቲን ተደራሽነት ትንተና የሚያገለግል ከፍተኛ-የውጤት ቅደም ተከተል ዘዴ ነው። በጂን አገላለጽ ላይ ስላለው ዓለም አቀፍ የኤፒጄኔቲክ ቁጥጥር ውስብስብ ዘዴዎችን በጥልቀት መረዳትን ይሰጣል። ዘዴው በተመሳሳይ ጊዜ የክፍት ክሮማቲን ክልሎችን ለመከፋፈል እና መለያ ለመስጠት ከፍተኛ እንቅስቃሴ ያለው Tn5 ትራንስፖዛዝ ይጠቀማል። ቀጣይ የPCR ማጉላት የቅደም ተከተል ቤተ-መጽሐፍትን ይፈጥራል፣ ይህም በተወሰኑ የቦታ-ጊዜ ሁኔታዎች ውስጥ ክፍት ክሮማቲን ክልሎችን አጠቃላይ ለመለየት ያስችላል። ATAC-seq በትራንስክሪፕት ፋክተር ማያያዣ ጣቢያዎች ወይም በተወሰኑ ሂስቶን-የተሻሻሉ ክልሎች ላይ ብቻ የሚያተኩሩ ዘዴዎችን ሳይሆን ተደራሽ የሆኑ የክሮማቲን መልክዓ ምድሮችን አጠቃላይ እይታ ይሰጣል። እነዚህን ክፍት ክሮማቲን ክልሎች በቅደም ተከተል በማድረግ፣ ATAC-seq ንቁ የቁጥጥር ቅደም ተከተሎችን እና ሊሆኑ የሚችሉ የትራንስክሪፕት ፋክተር ማያያዣ ጣቢያዎችን የመጠቀም ዕድላቸው ከፍተኛ መሆኑን ያሳያል፣ ይህም በጂኖም ውስጥ ስላለው የጂን አገላለጽ ተለዋዋጭ ሞጁል ጠቃሚ ግንዛቤዎችን ይሰጣል።
-
የተቀነሰ ውክልና የቢሰልፋይት ቅደም ተከተል (RRBS)
የተቀነሰ የውክልና ቢሱልፋይት ቅደም ተከተል (RRBS) የሚወሰነው በMspI ክሊቫጅ የሲፒጂ ደሴት የበለጸጉ ክልሎችን በማበልጸግ ላይ ሲሆን በመቀጠልም ከ200-500/600 bps ቁርጥራጮች የመጠን ምርጫን ያካትታል። በዚህም ምክንያት፣ ከሲፒጂ ደሴቶች አቅራቢያ ያሉ ክልሎች ብቻ በቅደም ተከተል የሚቀመጡ ሲሆን፣ ሩቅ የሲፒጂ ደሴቶች ያላቸው ደግሞ ከትንታኔው አይካተቱም። ይህ ሂደት፣ ከቢሱልፋይት ቅደም ተከተል ጋር ተዳምሮ፣ የዲኤንኤ ሜቲሌሽን ከፍተኛ ጥራት ያለው መለየት ያስችላል፣ እና የቅደም ተከተል አቀራረብ፣ PE150፣ በተለይ በመሃል ላይ ሳይሆን በመሃል ላይ ባሉት ማስገቢያዎች ጫፎች ላይ ያተኩራል፣ ይህም የሜቲሌሽን መገለጫ ውጤታማነትን ይጨምራል።
ይህ ዘዴ በዲኤንኤ ሜቲሌሽን ጥናት ውስጥ ለጠቅላላ ጂኖም ቢሱልፋይት ሴክዩንሲንግ (WGBS) ወጪ ቆጣቢ እና ቀልጣፋ አማራጭ ሆኖ ብቅ ብሏል። WGBS መላውን ጂኖም በአንድ መሰረታዊ ጥራት በመመርመር አጠቃላይ ግንዛቤዎችን ቢሰጥም፣ ከፍተኛ ወጪው ውስን ሊሆን ይችላል፣ ይህም RRBS የጂኖምን ተወካይ ክፍል በምርጫ በመተንተን ይህንን ተግዳሮት በስትራቴጂካዊ መንገድ ያቃልላል። ይህ ዘዴ ወጪ ቆጣቢ የዲኤንኤ ሜቲሌሽን ምርምርን የሚያመቻች እና የኤፒጄኔቲክ ዘዴዎችን እውቀት የሚያሻሽል እጅግ ጠቃሚ መሳሪያ ነው።
