10x الجينوم فيزيوم النسخ المكاني
سمات
● الدقة: 100 ميكرومتر
● قطر البقعة: 55 ميكرومتر
● عدد المواقع: 4992
● منطقة الالتقاط: 6.5 × 6.5 ملم
● يتم تحميل كل بقعة مشفرة ببادئات مكونة من 4 أقسام:
- ذيل بولي (dT) لتحضير mRNA وتوليف cDNA
- المعرف الجزيئي الفريد (UMI) لتصحيح تحيز التضخيم
- الباركود المكاني
- تسلسل ملزم للقراءة الجزئية 1 تسلسل التمهيدي
● تلطيخ H&E للأقسام
مزايا
●خدمة وقفة واحدة: يدمج كل الخبرات والخطوات القائمة على المهارات، بما في ذلك تقطيع البرد، والتلطيخ، وتحسين الأنسجة، والتشفير المكاني، وإعداد المكتبة، والتسلسل والمعلوماتية الحيوية.
● فريق فني ذو مهارات عالية: مع خبرة في أكثر من 250 نوعًا من الأنسجة وأكثر من 100 نوع بما في ذلك الإنسان والفئران والثدييات والأسماك والنباتات.
●التحديث في الوقت الحقيقي على المشروع بأكمله: مع السيطرة الكاملة على التقدم التجريبي.
●المعلوماتية الحيوية القياسية الشاملة:تتضمن الحزمة 29 تحليلاً وأكثر من 100 رقم عالي الجودة.
●تحليل البيانات المخصصة والتصور: متاح لطلبات البحث المختلفة.
●تحليل مشترك اختياري مع تسلسل مرنا أحادي الخلية
تحديد
| متطلبات العينة | مكتبة | استراتيجية التسلسل | البيانات الموصى بها | رقابة جودة |
| OCT جزءا لا يتجزأ من عينات البرد، وعينات FFPE (القطر الأمثل: حوالي 6x6x6 مم3) 3 كتل لكل عينة | مكتبة Visium [كدنا] 10X | الومينا PE150 | 50 ألف PE يقرأ لكل بقعة (60 جيجابايت) | رين>7 |
لمزيد من التفاصيل حول إرشادات إعداد العينات وسير عمل الخدمة، فلا تتردد في التحدث إلى أخبير بمكجين
سير عمل الخدمة
في مرحلة إعداد العينة، يتم إجراء تجربة أولية لاستخراج الحمض النووي الريبي لضمان الحصول على الحمض النووي الريبي عالي الجودة.في مرحلة تحسين الأنسجة، يتم تلطيخ الأقسام وتصورها ويتم تحسين ظروف النفاذية لإطلاق الرنا المرسال من الأنسجة.ثم يتم تطبيق البروتوكول الأمثل أثناء بناء المكتبة، يليه التسلسل وتحليل البيانات.
يتضمن سير عمل الخدمة الكامل تحديثات في الوقت الفعلي وتأكيدات من العميل للحفاظ على حلقة تعليقات سريعة الاستجابة، مما يضمن التنفيذ السلس للمشروع.
يتضمن التحليل التالي:
مراقبة جودة البيانات:
o إخراج البيانات وتوزيع نقاط الجودة
o الكشف عن الجينات لكل بقعة
o تغطية الأنسجة
تحليل العينة الداخلية:
o ثراء الجينات
o التجميع الموضعي، بما في ذلك تحليل الأبعاد المخفضة
o تحليل التعبير التفاضلي بين المجموعات: تحديد الجينات المميزة
o الشرح الوظيفي وإثراء الجينات العلامة
التحليل بين المجموعات
o إعادة دمج البقع من كلا العينتين (على سبيل المثال، المريضة والشاهدة) وإعادة التجمع
o تحديد الجينات الواسمة لكل مجموعة
o الشرح الوظيفي وإثراء الجينات العلامة
o التعبير التفاضلي لنفس المجموعة بين المجموعات
تحليل العينة الداخلية
التجمعات البقعية
تحديد الجينات علامة والتوزيع المكاني
التحليل بين المجموعات
مجموعة البيانات من كلا المجموعتين وإعادة المجموعة
الجينات المميزة للمجموعات الجديدة
استكشف التطورات التي سهلتها خدمة النسخ المكانية من BMKGene بواسطة 10X Visium في هذه المنشورات المميزة:
تشن، D. وآخرون.(2023) 'mthl1، وهو تماثل محتمل لذبابة الفاكهة من التصاق الثدييات GPCRs، ويشارك في التفاعلات المضادة للأورام للخلايا المسرطنة المحقونة في الذباب'، وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم بالولايات المتحدة الأمريكية، 120 (30)، ص.e2303462120.دوى: /10.1073/pnas.2303462120
تشن، Y. وآخرون.(2023) "STEEL يتيح التحديد عالي الدقة للبيانات النسخية الزمانية المكانية"، إحاطات في المعلوماتية الحيوية، 24(2)، الصفحات من 1 إلى 10.دوى: 10.1093/BIB/BBAD068.
ليو، C. وآخرون.(2022) "أطلس مكاني زماني لتكوين الأعضاء في تطور زهور الأوركيد"، أبحاث الأحماض النووية، 50(17)، الصفحات من 9724 إلى 9737.دوى: 10.1093/نار/GKAC773.
وانغ، J. وآخرون.(2023) "دمج علم النسخ المكاني وتسلسل الحمض النووي الريبي أحادي النواة يكشف عن الاستراتيجيات العلاجية المحتملة للورم العضلي الأملس الرحمي"، المجلة الدولية للعلوم البيولوجية، 19(8)، الصفحات من 2515 إلى 2530.دوى: 10.7150/IJBS.83510.
