كامل طول تسلسل مرنا-نانوبوري
مزايا الخدمة
● انحياز التسلسل المنخفض
● الكشف عن جزيئات [كدنا] كاملة الطول
● بيانات أقل مطلوبة لتغطية نفس العدد من النصوص
● تحديد الأشكال الإسوية المتعددة لكل جين
● التعبير الكمي في المستوى الإسوي
مواصفات الخدمة
| مكتبة | منصة | إنتاجية البيانات الموصى بها (جيجابايت) | رقابة جودة |
| [كدنا-PCR] (بولي-A المخصب) | نانوبور بروميثيون P48 | 6 جيجابايت/عينة (حسب النوع) | نسبة الطول الكامل> 70% متوسط نقاط الجودة: Q10
|
تحليلات المعلوماتية الحيوية
●معالجة البيانات الخام
● تحديد النص
● الربط البديل
● القياس الكمي للتعبير في مستوى الجينات ومستوى الشكل الإسوي
● تحليل التعبير التفاضلي
● شرح الوظيفة وإثرائها (DEGs وDETs)
متطلبات العينة والتسليم
متطلبات العينة:
النيوكليوتيدات:
| Conc. (نانوغرام / ميكرولتر) | المبلغ (ميكروغرام) | نقاء | نزاهة |
| ≥ 100 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 يظهر تلوث محدود أو معدوم بالبروتين أو الحمض النووي على الجل. | للنباتات: RIN≥7.0؛ للحيوانات: RIN≥7.5؛ 5.0≥28S/18S≥1.0؛ ارتفاع خط الأساس محدود أو معدوم |
الأنسجة: الوزن (الجاف): ≥1 جم
*بالنسبة للأنسجة الأصغر من 5 ملغ، نوصي بإرسال عينة من الأنسجة المجمدة (في النيتروجين السائل).
تعليق الخلايا: عدد الخلايا = 3 × 106- 1×107
*نوصي بشحن محلول الخلايا المجمدة.في حالة أن عدد الخلايا أصغر من 5 × 105يوصى بتجميد الفلاش في النيتروجين السائل، وهو الأفضل للاستخراج الدقيق.
عينات الدم: الحجم≥1 مل
أوصى تسليم العينة
الحاوية: أنبوب طرد مركزي سعة 2 مل (لا ينصح باستخدام ورق القصدير)
وضع العلامات على العينات: المجموعة + النسخ المتماثل، على سبيل المثال A1، A2، A3؛ب1، ب2، ب3... ...
الشحنة: 2. الثلج الجاف: يجب تعبئة العينات في أكياس ودفنها في الثلج الجاف.
- أنابيب RNAstable: يمكن تجفيف عينات RNA في أنبوب تثبيت RNA (مثل RNAstable®) وشحنها في درجة حرارة الغرفة.
تدفق عمل الخدمة
النيوكليوتيدات:
تسليم العينة
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
تدفق عمل الخدمة
منديل:
تصميم التجربة
تسليم العينة
استخراج الحمض النووي الريبي
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
1.تحليل التعبير التفاضلي – مؤامرة البركان
يمكن معالجة تحليل التعبير التفاضلي على مستوى الجينات لتحديد الجينات المعبر عنها تفاضليًا (DEGs) وفي المستوى الإسوي لتحديد الجينات بشكل تفاضلي
النصوص المعبر عنها (DETs)
2.خريطة الحرارة التجميعية الهرمية
3. تحديد الربط البديل وتصنيفه
يمكن التنبؤ بخمسة أنواع من أحداث الربط البديلة بواسطة Astalavista.
4.تحديد أحداث إلغاء الأدينيلات البديلة (APA) والحافز عند 50 نقطة أساس من poly-A
قضية بي إم كيه
تحديد الربط البديل والتقدير الكمي على مستوى الأيزوفورم عن طريق تسلسل النسخ كامل الطول من ثقب النانو
نشرت:اتصالات الطبيعة، 2020
استراتيجية التسلسل:
التجميع: 1.CLL-SF3B1(WT)؛2. CLL-SF3B1 (طفرة K700E)؛3. الخلايا البائية الطبيعية
استراتيجية التسلسل: تسلسل مكتبة MinION 2D، وتسلسل مكتبة PromethION 1D؛بيانات قصيرة القراءة من نفس العينات
منصة التسلسل: Nanopore MinION؛نانوبور بروميثيون؛
النتائج الرئيسية
1. تحديد الربط البديل على مستوى Isoform
تسلسلات القراءة الطويلة تمكن من تحديد SF3B1 المتحولةK700E-مواقع الوصلات المتغيرة على المستوى الإسوي.تم العثور على 35 بديل 3′SSs و10 بدائل 5′SSs مقسمة بشكل تفاضلي بين SF3B1K700EوSF3B1WT.تم اكتشاف 33 من التعديلات الـ 35 حديثًا من خلال تسلسلات طويلة القراءة.
2. القياس الكمي للربط البديل على مستوى Isoform
التعبير عن الأشكال الإسوية لاحتجاز الإنترون (IR) في SF3B1K700EوSF3B1WTتم قياسها كميًا بناءً على تسلسلات ثقب النانو، مما يكشف عن التنظيم العالمي للأشكال الإسوية للأشعة تحت الحمراء في SF3B1K700E.
مرجع
تانغ أد، سوليت سم، بارين إم جي في، وآخرون.يكشف توصيف النسخة الكاملة لطفرة SF3B1 في سرطان الدم الليمفاوي المزمن عن تقليل تنظيم الإنترونات المحتجزة [J].اتصالات الطبيعة.
