مجموعة الجينوم المستندة إلى Hi-C
مزايا الخدمة
نظرة عامة على مرحبا-C
(ليبرمان-إيدن إي وآخرون،علوم، 2009)
● لا حاجة لبناء مجموعة وراثية لترسيخ contig.
● ارتفاع كثافة العلامة مما يؤدي إلى ارتفاع نسبة تثبيت contigs بأكثر من 90%؛
● تمكين التقييم والتصحيحات على مجموعات الجينوم الموجودة؛
● زمن إنجاز أقصر مع دقة أعلى في تجميع الجينوم؛
● خبرة وفيرة مع أكثر من 1000 مكتبة Hi-C تم إنشاؤها لأكثر من 500 نوع؛
● أكثر من 100 حالة ناجحة مع عامل تأثير منشور تراكمي يزيد عن 760؛
● تجميع الجينوم القائم على Hi-C للجينوم متعدد الصيغة الصبغية، تم تحقيق معدل تثبيت بنسبة 100% في المشروع السابق؛
● براءات الاختراع الداخلية وحقوق الطبع والنشر للبرامج الخاصة بتجارب Hi-C وتحليل البيانات؛
● برنامج ضبط البيانات المرئية المطور ذاتيًا، يتيح تحريك الكتل يدويًا، وعكسها، وإبطالها، وإعادة العمل.
مواصفات الخدمة
|
نوع المكتبة
|
منصة | قراءة الطول | يوصي الاستراتيجية |
| مرحبا سي | إلومينا نوفا سيك | بي اي 150 | ≥ 100X |
تحليلات المعلوماتية الحيوية
● مراقبة جودة البيانات الأولية
● مراقبة جودة مكتبة Hi-C
● تجميع الجينوم القائم على Hi-C
● تقييم ما بعد التجميع
متطلبات العينة والتسليم
متطلبات العينة:
| حيوان | فطر | النباتات
|
| الأنسجة المجمدة: 1-2 جرام لكل مكتبة الخلايا: 1x10^7 خلايا لكل مكتبة | الأنسجة المجمدة: 1 جرام لكل مكتبة | الأنسجة المجمدة: 1-2 جرام لكل مكتبة
|
| * نوصي بشدة بإرسال قسامتين على الأقل (1 جم لكل منهما) لتجربة Hi-C. | ||
أوصى تسليم العينة
الحاوية: أنبوب طرد مركزي سعة 2 مل (لا ينصح باستخدام ورق القصدير)
بالنسبة لمعظم العينات، نوصي بعدم حفظها في الإيثانول.
وضع العلامات على العينات: يجب أن يتم تصنيف العينات بوضوح وأن تكون مطابقة لنموذج معلومات العينة المقدم.
الشحنة: الثلج الجاف: يجب تعبئة العينات في أكياس أولاً ودفنها في الثلج الجاف.
تدفق عمل الخدمة
تصميم التجربة
تسليم العينة
استخراج الحمض النووي
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
*النتائج التجريبية الموضحة هنا كلها مأخوذة من الجينومات المنشورة بواسطة Biomarker Technologies
1.Hi-C خريطة الحرارة التفاعليةكامبتوثيكا المؤنفالجينوم.وكما هو موضح في الخريطة، ترتبط شدة التفاعلات سلبًا بالمسافة الخطية، مما يشير إلى تجميع عالي الدقة على مستوى الكروموسوم.(نسبة التثبيت: 96.03%)
كانغ م وآخرون،اتصالات الطبيعة، 2021
2.Hi-C سهلت التحقق من صحة الانقلابات بينالجوسيبيوم هيرسوتومL. TM-1 A06 وG. المشتلChr06
يانغ زي وآخرون،اتصالات الطبيعة، 2019
3. التجميع والتمايز البياليليك لجينوم الكسافا SC205.أظهرت خريطة الحرارة Hi-C انقسامًا واضحًا في الكروموسومات المتماثلة.
هو جين تاو وآخرون،النبات الجزيئي، 2021
4. خريطة الحرارة Hi-C على مجموعة جينوم نوعين من أنواع اللبخ:واو ميكروكاربا(نسبة التثبيت: 99.3%) وF.hispida (نسبة التثبيت: 99.7%)
تشانغ إكس وآخرون،خلية، 2020
قضية بي إم كيه
توفر جينومات شجرة بانيان ودبور الملقحات نظرة ثاقبة للتطور المشترك لدبابير التين
نشرت: خلية، 2020
استراتيجية التسلسل:
واو ميكروكاربا الجينوم: تقريبا.84 X PacBio RSII (36.87 جيجابايت) + Hi-C (44 جيجابايت)
واو هيسبيداالجينوم: تقريبا.97 X PacBio RSII (36.12 جيجابايت) + Hi-C (60 جيجابايت)
يوبريستينا فيرتيسيلاتاالجينوم: تقريبا.170 × باكبيو آر إس آي آي (65 جيجابايت)
النتائج الرئيسية
1. تم إنشاء اثنين من جينومات شجرة البانيان وجينوم دبور الملقح باستخدام تسلسل PacBio، وHi-C، وخريطة الارتباط.
(1)واو ميكروكارباالجينوم: تم إنشاء مجموعة بحجم 426 ميجا بايت (97.7% من حجم الجينوم المقدر) مع contig N50 بقيمة 908 كيلو بايت، ودرجة BUSCO بنسبة 95.6%.تم تثبيت ما مجموعه 423 ميجا بايت من التسلسل على 13 كروموسومًا بواسطة Hi-C.أسفر شرح الجينوم عن 29416 جينًا لترميز البروتين.
(2)واو هيسبيداالجينوم: تم الحصول على مجموعة مكونة من 360 ميجابايت (97.3٪ من حجم الجينوم المقدر) مع contig N50 بقيمة 492 كيلو بايت ودرجة BUSCO بنسبة 97.4٪.تم تثبيت ما مجموعه 359 ميجا بايت على 14 كروموسومًا بواسطة Hi-C وهي متطابقة تمامًا مع خريطة الارتباط عالية الكثافة.
(3)يوبريستينا فيرتيسيلاتاالجينوم: تم إنشاء مجموعة بحجم 387 ميجا بايت (حجم الجينوم المقدر: 382 ميجا بايت) مع contig N50 بقيمة 3.1 ميجا بايت ودرجة BUSCO بنسبة 97.7٪.
2. كشف تحليل الجينوم المقارن عن عدد كبير من الاختلافات الهيكلية بين اثنيناللبخالجينومات، والتي وفرت موردًا وراثيًا لا يقدر بثمن لدراسات التطور التكيفي.قدمت هذه الدراسة، لأول مرة، نظرة ثاقبة حول التطور المشترك للتين ودبور على المستوى الجينومي.
 مخطط السيرك على السمات الجينومية لاثنيناللبخالجينومات، بما في ذلك الكروموسومات، والتضاعفات القطاعية (SDs)، والترانسبوزونات (LTR، TEs، DNA TEs)، والتعبير الجيني والتخليق |  تحديد الكروموسوم Y والجين المرشح لتحديد الجنس |
تشانغ، X.، وآخرون."توفر جينات شجرة بانيان ودبور الملقحات نظرة ثاقبة للتطور المشترك للتين والدبابير."الخلية 183.4(2020).
