تجميع الجينوم باستخدام تقنية Hi-C
تقنية Hi-C هي طريقة مصممة لالتقاط بنية الكروموسومات من خلال الجمع بين تحليل التفاعلات القائمة على التقارب والتسلسل عالي الإنتاجية. يُعتقد أن شدة هذه التفاعلات ترتبط عكسيًا بالمسافة الفيزيائية على الكروموسومات. لذلك، تُستخدم بيانات Hi-C لتوجيه تجميع وترتيب وتوجيه التسلسلات المُجمّعة في مسودة الجينوم، وتثبيتها على عدد محدد من الكروموسومات. تُمكّن هذه التقنية من تجميع الجينوم على مستوى الكروموسوم في غياب خريطة جينية قائمة على السكان. كل جينوم يحتاج إلى Hi-C.
ميزات الخدمة
● التسلسل على جهاز Illumina NovaSeq باستخدام PE150.
● تتطلب الخدمة عينات من الأنسجة، بدلاً من الأحماض النووية المستخرجة، للربط المتبادل مع الفورمالديهايد والحفاظ على تفاعلات الحمض النووي والبروتين.
● تتضمن تجربة Hi-C تقييد وإصلاح الأطراف اللاصقة باستخدام البيوتين، يليه تدوير الأطراف غير اللاصقة الناتجة مع الحفاظ على التفاعلات. ثم يتم استخلاص الحمض النووي باستخدام خرزات الستربتافيدين وتنقيته لإعداد المكتبة لاحقًا.
مزايا الخدمة
نظرة عامة على Hi-C
(ليبرمان-أيدن إي وآخرون،علوم(2009)
●إلغاء الحاجة إلى بيانات السكان الجينية:يستبدل Hi-C المعلومات الأساسية المطلوبة لتثبيت القطع المتجاورة.
●كثافة عالية للعلامات:مما يؤدي إلى نسبة تثبيت عالية للقطع المتجاورة تتجاوز 90%.
●خبرة واسعة وسجل منشورات حافل:تتمتع شركة BMKGene بخبرة واسعة في مجال تجميع الجينوم بتقنية Hi-C لأكثر من 2000 حالة، تشمل 1000 نوع مختلف من الكائنات الحية وبراءات اختراع متعددة. وقد بلغ معامل التأثير التراكمي لأكثر من 200 حالة منشورة أكثر من 2000.
●فريق متخصص في المعلوماتية الحيوية ذو مهارات عالية:بفضل براءات الاختراع الداخلية وحقوق التأليف والنشر للبرامج الخاصة بتجارب Hi-C وتحليل البيانات، يتيح برنامج عرض البيانات المطوّر ذاتيًا إمكانية تحريك الكتل يدويًا وعكسها وإلغائها وإعادة تنفيذها.
●دعم ما بعد البيع:يمتد التزامنا إلى ما بعد إتمام المشروع، حيث نقدم خدمة ما بعد البيع لمدة ثلاثة أشهر. خلال هذه الفترة، نوفر متابعة للمشروع، ومساعدة في حل المشكلات، وجلسات أسئلة وأجوبة للإجابة على أي استفسارات تتعلق بالنتائج.
●شرح شاملنستخدم قواعد بيانات متعددة لشرح وظائف الجينات ذات الاختلافات المحددة وإجراء تحليل الإثراء المقابل، مما يوفر رؤى حول مشاريع بحثية متعددة.
مواصفات الخدمة
| إعداد المكتبة | استراتيجية التسلسل | مخرجات البيانات الموصى بها | ضبط الجودة |
| مكتبة Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
متطلبات العينة
| منديل | المبلغ المطلوب |
| أحشاء الحيوانات | ≥ 2 غرام |
| عضلات الحيوانات | |
| دم الثدييات | ≥ 2 مل |
| دم الدواجن/الأسماك | |
| نبات - أوراق طازجة | ≥ 3 غرام |
| الخلايا المستنبتة | ≥ 1x107 |
| حشرة | ≥ 2 غرام |
سير عمل الخدمة
تصميم التجربة
تسليم العينات
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
1) مراقبة جودة البيانات الأولية
2) مراقبة جودة مكتبة Hi-C: تقدير تفاعلات Hi-C الصحيحة
3) تجميع Hi-C: تجميع القطع المتجاورة في مجموعات، يليه ترتيب القطع المتجاورة داخل كل مجموعة وتحديد اتجاهها.
4) تقييم Hi-C
مراقبة جودة مكتبة Hi-C – تقدير أزواج التفاعل الصالحة لـ Hi-C
إحصائيات تجميع Hi-C
تقييم ما بعد التجميع - خريطة حرارية لشدة الإشارة بين الفئات
استكشف التطورات التي سهّلتها خدمات تجميع Hi-C من BMKGene من خلال مجموعة مختارة من المنشورات.
تيان، ت. وآخرون (2023) "تجميع الجينوم والتحليل الجيني لسلالة بارزة من الذرة المقاومة للجفاف"، مجلة علم الوراثة الطبيعية 2023 55:3، 55(3)، ص 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
وانغ، زد إل وآخرون (2020) "تجميع على مستوى الكروموسوم لجينوم نحل العسل الآسيوي Apis cerana"، مجلة Frontiers in Genetics، 11، ص. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'الكشف عن تطور التخليق الحيوي لقلويدات التروبان من خلال تحليل جينومين في عائلة الباذنجانيات'، Nature Communications 2023 14:1، 14(1)، ص 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
تشانغ، إكس. وآخرون (2020) «جينومات شجرة البانيان ودبور التلقيح تُقدّم رؤىً حول التطور المشترك بين التين والدبور»، مجلة Cell، 183(4)، ص 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
