تسلسل mRNA غير المرجعي - Illumina
سمات
● مستقلة عن أي جينوم مرجعي،
● يمكن استخدام البيانات لتحليل بنية النصوص والتعبير عنها
● تحديد مواقع القطع المتغيرة
مزايا الخدمة
● تسليم النتائج المستندة إلى BMKCloud: يتم تسليم النتائج كملف بيانات وتقرير تفاعلي عبر منصة BMKCloud، مما يسمح بقراءة سهلة الاستخدام لمخرجات التحليل المعقدة واستخراج البيانات المخصصة على أساس تحليل المعلومات الحيوية القياسي.
● خدمات ما بعد البيع: خدمات ما بعد البيع صالحة لمدة 3 أشهر بعد اكتمال المشروع، بما في ذلك متابعة المشاريع، واستكشاف الأخطاء وإصلاحها، والأسئلة والأجوبة عن النتائج، وما إلى ذلك.
متطلبات العينة والتسليم
متطلبات العينة:
النيوكليوتيدات:
| Conc. (نانوغرام / ميكرولتر) | المبلغ (ميكروغرام) | نقاء | نزاهة |
| ≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 يظهر تلوث محدود أو معدوم بالبروتين أو الحمض النووي على الجل. | للنباتات: RIN≥6.5؛ للحيوانات: RIN≥7.0؛ 5.0≥28S/18S≥1.0؛ ارتفاع خط الأساس محدود أو معدوم |
الأنسجة: الوزن (الجاف): ≥1 جم
*بالنسبة للأنسجة الأصغر من 5 ملغ، نوصي بإرسال عينة من الأنسجة المجمدة (في النيتروجين السائل).
تعليق الخلايا: عدد الخلايا = 3 × 107
*نوصي بشحن محلول الخلايا المجمدة.في حالة أن عدد الخلايا أصغر من 5 × 105يوصى بتجميد الفلاش في النيتروجين السائل.
عينات من الدم:
PA × جين الدم RNATube؛
6 مل تريزول و 2 مل دم (تريزول: الدم = 3: 1)
أوصى تسليم العينة
حاوية:
2 مل أنبوب الطرد المركزي (لا ينصح باستخدام ورق القصدير)
وضع العلامات على العينات: المجموعة + النسخ المتماثل، على سبيل المثال A1، A2، A3؛ب1، ب2، ب3... ...
شحنة:
1.الثلج الجاف: يجب تعبئة العينات في أكياس ودفنها في الثلج الجاف.
2.أنابيب RNAstable: يمكن تجفيف عينات RNA في أنبوب تثبيت RNA (مثل RNAstable®) وشحنها في درجة حرارة الغرفة.
تدفق عمل الخدمة
تصميم التجربة
تسليم العينة
استخراج الحمض النووي الريبي
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
المعلوماتية الحيوية
1.mRNA (denovo) مبدأ التجميع
بواسطة ترينيتي، يتم تجزئة القراءات إلى أجزاء أصغر، تُعرف باسم K-mer.يتم بعد ذلك استخدام K-mers كبذور يتم تمديدها إلى contigs ثم تعتمد على المكونات على تداخلات contig.أخيرًا، تم تطبيق De Bruijn هنا للتعرف على النصوص الموجودة في المكونات.
مرنا (دي نوفو) نظرة عامة على الثالوث
2.mRNA (De novo) توزيع مستوى التعبير الجيني
RNA-Seq قادر على تحقيق تقدير حساس للغاية للتعبير الجيني.عادةً، يتراوح النطاق القابل للاكتشاف لتعبير النصوص FPKM من 10^-2 إلى 10^6
مرنا (دي نوفو) توزيع كثافة FPKM في كل عينة
3.mRNA (دي نوفو) GO تحليل تخصيب DEGs
قاعدة بيانات GO (Gene Ontology) هي نظام شرح بيولوجي منظم يحتوي على مفردات قياسية لوظائف الجينات ومنتجات الجينات.يحتوي على مستويات متعددة، حيث كلما كان المستوى أقل، كلما كانت الوظائف أكثر تحديدًا.
تصنيف mRNA (De novo) GO لـ DEGs في المستوى الثاني
قضية بي إم كيه
التحليل النسخي لاستقلاب السكروز أثناء تورم البصلة وتطورها في البصل (Allium cepa L.)
نشرت: الحدود في علم النبات,2016
استراتيجية التسلسل
الومينا HiSeq2500
جمع العينات
تم استخدام الصنف يوتا يلو سويت أسبانيا "Y1351" في هذه الدراسة.وكان عدد العينات التي تم جمعها
اليوم الخامس عشر بعد تورم (DAS) للبصيلة (قطر 2 سم ووزن 3-4 جم)، DAS الثلاثين (قطر 5 سم ووزن 100-110 جم)، و∼ 3 في DAS الأربعين (قطر 7 سم ووزن) 260-300 جرام).
النتائج الرئيسية
1. في مخطط فين، تم الكشف عن إجمالي 146 درجة حرارة عبر جميع الأزواج الثلاثة من مراحل النمو
2. تم تمثيل "نقل الكربوهيدرات والتمثيل الغذائي" بـ 585 unigene فقط (أي 7٪ من COG المشروح).
3.تم تصنيف Unigenes المشروحة بنجاح إلى قاعدة بيانات GO إلى ثلاث فئات رئيسية للمراحل الثلاث المختلفة لتطوير اللمبة.الأكثر تمثيلا في الفئة الرئيسية "العملية البيولوجية" كانت "العملية الأيضية"، تليها "العملية الخلوية".في الفئة الرئيسية "للوظيفة الجزيئية"، كانت الفئتان الأكثر تمثيلاً هما "الارتباط" و"النشاط التحفيزي".
 رسم بياني لمجموعات تصنيف المجموعات المتعامدة (COG). |  رسم بياني لتصنيف الجينات (GO) للجينات المستمدة من المصابيح في ثلاث مراحل تطورية |
 مخطط فين يوضح الجينات المعبر عنها تفاضليًا في أي مرحلتين من تطور بصلة البصل |
مرجع
تشانغ سي، تشانغ إتش، زان زد، وآخرون.التحليل النسخي لاستقلاب السكروز أثناء تورم البصلة وتطورها في البصل (Allium cepa L.)[J].الحدود في علوم النبات، 2016، 7:1425-.دوى: 10.3389/fpls.2016.01425
