تسلسل جينوم النبات/الحيوان دي نوفو
مزايا الخدمة
تطوير منصات التسلسل والمعلوماتية الحيوية فيمن جديدتجميع الجينوم
(أماراسينغ إس إل وآخرون،بيولوجيا الجينوم، 2020)
● بناء جينومات جديدة وتحسين الجينومات المرجعية الموجودة للأنواع محل الاهتمام.
● دقة أعلى واستمرارية واكتمال في التجميع
● بناء الموارد الأساسية للبحث في تعدد الأشكال التسلسلي، وQTLs، وتحرير الجينات، والتربية، وما إلى ذلك.
● مجهزة بمجموعة كاملة من منصات التسلسل من الجيل الثالث: حل تجميع الجينوم الشامل
● استراتيجيات التسلسل والتجميع المرنة التي تحقق جينومات متنوعة بميزات مختلفة
● فريق متخصص في المعلوماتية الحيوية يتمتع بمهارات عالية ويتمتع بخبرة كبيرة في تجميعات الجينوم المعقدة، بما في ذلك متعددات الصيغ الصبغية والجينومات العملاقة، وما إلى ذلك.
● أكثر من 100 حالة ناجحة مع عامل تأثير منشور تراكمي يزيد عن 900
● فترة زمنية تصل إلى 3 أشهر لتجميع الجينوم على مستوى الكروموسوم.
● دعم فني قوي مع سلسلة من براءات الاختراع وحقوق الطبع والنشر للبرامج في كل من الجانب التجريبي والمعلوماتية الحيوية.
مواصفات الخدمة
|
محتوى
|
منصة
|
قراءة الطول
|
تغطية
|
| مسح الجينوم
| إلومينا نوفا سيك
| بي اي 150
| ≥ 50X
|
| تسلسل الجينوم
| باكبيو ريفيو
| 15 كيلو بايت يقرأ هاي فاي
| ≥ 30X
|
| مرحبا سي
| إلومينا نوفا سيك
| بي اي 150
| ≥100X
|
تدفق العمل
متطلبات العينة والتسليم
متطلبات العينة:
| صِنف | منديل | لباكبيو | بالنسبة للنانوبور |
| الحيوانات | الأعضاء الحشوية (الكبد والطحال وغيرها) | ≥ 1.0 جم | ≥ 3.5 جم |
| عضلة | ≥ 1.5 جم | ≥ 5.0 جم | |
| دماء الثدييات | ≥ 1.5 مل | ≥ 5.0 مل | |
| دم السمك أو الطيور | ≥ 0.2 مل | ≥ 0.5 مل | |
| النباتات | أوراق طازجة | ≥ 1.5 جم | ≥ 5.0 جم |
| البتلة أو الجذعية | ≥ 3.5 جم | ≥ 10.0 جم | |
| الجذور أو البذور | ≥ 7.0 جم | ≥ 20.0 جم | |
| الخلايا | زراعة الخلايا | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
أوصى تسليم العينة
الحاوية: أنبوب طرد مركزي سعة 2 مل (لا ينصح باستخدام ورق القصدير)
بالنسبة لمعظم العينات، نوصي بعدم حفظها في الإيثانول.
وضع العلامات على العينات: يجب أن يتم تصنيف العينات بوضوح وأن تكون مطابقة لنموذج معلومات العينة المقدم.
الشحنة: الثلج الجاف: يجب تعبئة العينات في أكياس أولاً ودفنها في الثلج الجاف.
تدفق عمل الخدمة
تصميم التجربة
تسليم العينة
استخراج الحمض النووي
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
*نتائج العرض التوضيحي الموضحة هنا كلها من الجينومات المنشورة بواسطة Biomarker Technologies
1.Circos على تجميع الجينوم على مستوى الكروموسومG. روتونديفوليومبواسطة منصة التسلسل Nanopore
وانغ م وآخرون،البيولوجيا الجزيئية والتطور، 2021
2. إحصائيات تجميع جينوم وينينغ راي والشرح
لي جي وآخرون،علم الوراثة الطبيعة، 2021
3. التنبؤ الجينيإيدول سيشيومالجينوم، المستمدة من ثلاث طرق للتنبؤ:من جديدالتنبؤ والتنبؤ القائم على التماثل والتنبؤ القائم على بيانات RNA-Seq
فو وآخرون،بحوث البستنة، 2021
4. تحديد التكرارات الطرفية الطويلة السليمة في ثلاثة جينومات قطنية
وانغ م وآخرون،البيولوجيا الجزيئية والتطور، 2021
5.Hi-C خريطة الحرارة للجيم المؤنفالجينوم يُظهر التفاعلات الشاملة على مستوى الجينوم.تتناسب شدة تفاعلات Hi-C مع المسافة الخطية بين contigs.يشير الخط المستقيم النظيف على هذه الخريطة الحرارية إلى تثبيت دقيق للغاية للمجموعات على الكروموسومات.(نسبة تثبيت Contig: 96.03%)
كانغ م وآخرون،اتصالات الطبيعة,2021
قضية بي إم كيه
يسلط تجميع الجينوم عالي الجودة الضوء على الخصائص الجينومية للجاودار والجينات المهمة من الناحية الزراعية
نشرت: علم الوراثة الطبيعة، 2021
استراتيجية التسلسل:
تجميع الجينوم: وضع PacBio CLR مع مكتبة سعة 20 كيلو بايت (497 جيجا بايت، حوالي 63 ×)
تصحيح التسلسل: NGS مع مكتبة DNA بسعة 270 نقطة أساس (430 جيجا بايت، حوالي 54 ×) على منصة Illumina
إرساء Contigs: مكتبة Hi-C (560 جيجا بايت، حوالي 71×) على منصة Illumina
الخريطة البصرية: (779.55 جيجا بايت، حوالي 99×) على Bionano Irys
النتائج الرئيسية
1. تم نشر مجموعة من جينوم وينينغ راي بحجم جينوم إجمالي قدره 7.74 جيجا بايت (98.74% من حجم الجينوم المقدر عن طريق قياس التدفق الخلوي).حقق Scaffold N50 لهذا التجميع 1.04 جيجا بايت.تم تثبيت 93.67% من contigs بنجاح على 7 كروموسومات زائفة.تم تقييم هذا التجميع من خلال خريطة الارتباط، LAI وBUSCO، مما أدى إلى الحصول على درجات عالية في جميع التقييمات.
2. تم إجراء المزيد من الدراسات حول الجينوم المقارن، وخريطة الارتباط الجيني، ودراسات النسخ على أساس هذا الجينوم.تم الكشف عن سلسلة من السمات الجينومية ذات الصلة بما في ذلك ازدواج الجينات على مستوى الجينوم وتأثيرها على جينات التخليق الحيوي للنشا؛التنظيم الجسدي لمواضع البرولامين المعقدة، يتميز التعبير الجيني الكامنة وراء سمة العنوان المبكرة ومناطق الكروموسومات المرتبطة بالتدجين المفترض والمواضع في الجاودار.
 مخطط سيركوس حول السمات الجينومية لجينوم وينينغ راي |  التحليلات التطورية والكروموسومية لجينوم الجاودار |
لي، ج.، وانغ، إل.، يانغ، ج.وآخرون.يسلط تجميع الجينوم عالي الجودة الضوء على الخصائص الجينومية للجاودار والجينات المهمة من الناحية الزراعية.نات جينيت 53،574-584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
