تسلسل شظايا مُضخَّمة محددة الموقع (SLAF-Seq)
سير العمل
تتمتع الخدمة ببعض التصميم المسبق في الحاسوب لضمان اختيار الإنزيم الأمثل عند تحضير المكتبة.
المخطط الفني
ميزات الخدمة
● التسلسل على NovaSeq مع PE150.
● إعداد المكتبة باستخدام الباركود المزدوج، مما يتيح تجميع أكثر من 1000 عينة.
● مستقل عن الجينوم المرجعي:
مع الجينوم المرجعي: اكتشاف SNP وInDel
جينوم بدون مرجع: تجميع العينات واكتشاف SNP
● فيفي الحاسوبيتم فحص مجموعات إنزيمات التقييد المتعددة في مرحلة ما قبل التصميم للعثور على تلك التي تولد توزيعًا موحدًا لعلامات SLAF على طول الجينوم.
● أثناء التجربة الأولية، يتم اختبار ثلاث مجموعات من الإنزيمات في 3 عينات لتوليد 9 مكتبات SLAF، ويتم استخدام هذه المعلومات لاختيار مجموعة الإنزيمات المقيدة المثالية للمشروع.
مزايا الخدمة
●اكتشاف العلامات الجينية العالية:نحن ندمج نظام الباركود المزدوج عالي الإنتاجية مما يسمح بالتسلسل المتزامن لعدد كبير من السكان، والتضخيم المحدد للمكان مما يعزز الكفاءة، مما يضمن أن أرقام العلامات تلبي المتطلبات المتنوعة لأسئلة البحث المختلفة.
● انخفاض الاعتماد على الجينوم:يمكن تطبيقه على الأنواع التي تحتوي على جينوم مرجعي أو لا تحتوي عليه.
●تصميم مخطط مرن:يمكن اختيار الهضم باستخدام إنزيم واحد، أو إنزيم مزدوج، أو إنزيم متعدد، وأنواع مختلفة من الإنزيمات لتلبية أهداف بحثية أو أنواع مختلفة.
● كفاءة عالية في الهضم الأنزيمي:توصيلفي الحاسوبيضمن التصميم المسبق والتجربة المسبقة التصميم الأمثل مع التوزيع المتساوي لعلامات SLAF على الكروموسوم (علامة SLAF واحدة / 4 كيلو بايت) وتقليل التسلسل المتكرر (<5٪).
●خبرة واسعةنحن نقدم ثروة من الخبرة لكل مشروع، مع سجل حافل بإغلاق أكثر من 5000 مشروع SLAF-Seq على مئات الأنواع، بما في ذلك النباتات والثدييات والطيور والحشرات والكائنات المائية.
● سير عمل المعلوماتية الحيوية الذي تم تطويره ذاتيًا:لقد قمنا بتطوير سير عمل المعلوماتية الحيوية المتكاملة لـ SLAF-Seq لضمان موثوقية ودقة الناتج النهائي.
مواصفات الخدمة
| نوع التحليل | مقياس السكان الموصى به | استراتيجية التسلسل | |
| عمق تسلسل العلامات | رقم العلامة | ||
| الخرائط الجينية | 2 من الوالدين و >150 من الأبناء | الآباء: 20x WGS النسل: 10x | حجم الجينوم: <400 ميجا بايت: يوصى باستخدام WGS <1 جيجابايت: 100 ألف علامة 1-2 جيجابايت:: 200 ألف علامة >2 جيجابايت: 300 ألف علامة الحد الأقصى 500 ألف علامة |
| دراسات الارتباط على مستوى الجينوم (GWAS) | ≥200 عينة | 10x | |
| التطور الجيني | ≥30 عينة، مع >10 عينات من كل مجموعة فرعية | 10x | |
متطلبات الخدمة
التركيز ≥ 5 نانوغرام/ميكرولتر
إجمالي الكمية ≥ 80 نانوغرام
نانودروب OD260/280=1.6-2.5
هلام الآجاروز: لا يوجد تحلل أو تلوث أو تحلل محدود
تسليم العينة الموصى به
الحاوية: أنبوب طرد مركزي سعة 2 مل
(بالنسبة لمعظم العينات، نوصي بعدم الحفظ في الإيثانول)
تسمية العينة: يجب أن تكون العينات مُسمّاة بشكل واضح ومتطابقة مع نموذج معلومات العينة المُقدّم.
الشحن: الثلج الجاف: يجب تعبئة العينات في أكياس أولاً ودفنها في الثلج الجاف.
سير عمل الخدمة
عينة مراقبة الجودة
تجربة تجريبية
تجربة SLAF
إعداد المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
يتضمن تحليلنا المعلوماتي الحيوي ما يلي:
مراقبة جودة البيانات وتقليمها لإزالة قراءات N الغنية أو قراءات المحول أو القراءات ذات الجودة المنخفضة.
يتم إجراء فحص جودة ثانٍ للقراءات النظيفة للتحقق من توزيع القاعدة وجودة التسلسل وتقييم البيانات، ولكن أيضًا للتحقق من كفاءة الهضم والإدخالات التي تم الحصول عليها.
بمجرد التحقق من القراءات، هناك خياران:
- رسم الخرائط إلى الجينوم المرجعي
- بدون جينوم مرجعي: التجميع
بعد ذلك، يتم استخدام تحليل علامات SLAF لإجراء بعض استدعاءات المتغيرات للمساعدة في اكتشاف العلامة: استدعاء SNP وInDel وSNV وCV والتعليق التوضيحي
توزيع علامات SLAF على الكروموسومات:
توزيع SNPs على الكروموسومات:
شرح SNP
جيانج إس، لي إس، لوه جيه، وانج إكس، وشي سي (2023) رسم خريطة كمية الجينوم وتحليل النسخ لمحتوى السكر أثناء نضج الفاكهةشجرة البايروس بيريفوليا.الجبهة. علم النبات.14:1137104. دوى: 10.3389/fpls.2023.1137104
لي، جيه، تشانغ، واي، ما، آر، هوانغ، دبليو، هو، جيه، فانغ، سي، وسون، إل (2022). يكشف تحديد الجين st1 عن انتقاء يتضمن تداخلًا في شكل البذور ومحتوى الزيت أثناء تدجين فول الصويا.مجلة التكنولوجيا الحيوية النباتية، 20(6)، 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
شو، بي، تشانغ، إكس، وانغ، إكس.وآخرونتسلسل الجينوم والتنوع الجيني للكارب الشائع،سمك الكارب.نات جينيت 46، 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
تشوانغ، دبليو، تشن، إتش، يانغ، إم.وآخرونيوفر جينوم الفول السوداني المزروع نظرة ثاقبة على النمط النووي للبقوليات وتطور الصبغيات المتعددة وتدجين المحاصيل.نات جينيت 51، 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| سنة | مجلة | IF | عنوان | التطبيقات |
| 2022 | اتصالات الطبيعة | 17.694 | الأساس الجينومي للكروموسومات الضخمة والجينوم الضخم لشجرة الفاوانيا بايونيا أوستي | SLAF-GWAS |
| 2015 | عالم نباتات جديد | 7.433 | بصمات التدجين ترسخ المناطق الجينومية ذات الأهمية الزراعية في فول الصويا | SLAF-GWAS |
| 2022 | مجلة البحوث المتقدمة | 12.822 | التداخلات الاصطناعية على مستوى الجينوم لـ Gossypium barbadense في G. hirsutum الكشف عن مواضع متفوقة لتحسين جودة ألياف القطن وإنتاجيتها في وقت واحد سمات | SLAF-علم الوراثة التطوري |
| 2019 | النبات الجزيئي | 10.81 | يكشف تحليل الجينوم السكاني والتجميع الجديد عن أصل الأعشاب الضارة الأرز كلعبة تطورية | SLAF-علم الوراثة التطوري |
| 2019 | علم الوراثة الطبيعية | 31.616 | تسلسل الجينوم والتنوع الجيني لسمك الشبوط الشائع، Cyprinus carpio | خريطة ربط SLAF |
| 2014 | علم الوراثة الطبيعية | 25.455 | يوفر جينوم الفول السوداني المزروع نظرة ثاقبة على النمط النووي للبقوليات، والتعدد الصبغيات التطور وتدجين المحاصيل. | خريطة ربط SLAF |
| 2022 | مجلة التكنولوجيا الحيوية النباتية | 9.803 | يكشف تحديد ST1 عن اختيار يتضمن التنقل بين مورفولوجيا البذور ومحتوى الزيت أثناء تدجين فول الصويا | تطوير علامة SLAF |
| 2022 | المجلة الدولية للعلوم الجزيئية | 6.208 | تحديد وتطوير علامة الحمض النووي لـ Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) استبدال الكروموسومات ثنائية الذرة | تطوير علامة SLAF |
| سنة | مجلة | IF | عنوان | التطبيقات |
| 2023 | الحدود في علم النبات | 6.735 | رسم خريطة كمية الجينوم وتحليل النسخ لمحتوى السكر أثناء نضج ثمار Pyrus pyrifolia | الخريطة الجينية |
| 2022 | مجلة التكنولوجيا الحيوية النباتية | 8.154 | يكشف تحديد ST1 عن اختيار يتضمن ارتباطًا بين شكل البذور ومحتوى الزيت أثناء تدجين فول الصويا
| نداء SNP |
| 2022 | الحدود في علم النبات | 6.623 | رسم خريطة ارتباط على مستوى الجينوم للأنماط الظاهرية للقشرة الشبه عارية في بيئة الجفاف.
| دراسات ارتباط الجينوم الشاملة |
