Toplu Segregant analizi
Xidmət Üstünlükləri
Takagi et al., Bitki jurnalı, 2013
● Dəqiq lokalizasiya: Fon səs-küyünü minimuma endirmək üçün 30+30-dan 200+200-ə qədər olan kütlələri qarışdırmaq;qeyri-sinonim mutantlara əsaslanan namizəd regionun proqnozu.
● Hərtərəfli təhlil: NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG və s. daxil olmaqla, dərin namizəd gen funksiyası annotasiyası.
● Daha sürətli dönüş vaxtı: 45 iş günü ərzində sürətli gen lokalizasiyası.
● Geniş təcrübə: BMK bitkilər, su məhsulları, meşələr, çiçəklər, meyvələr və s. kimi müxtəlif növləri əhatə edən minlərlə xüsusiyyətlərin lokallaşdırılmasına töhfə verib.
Xidmət Xüsusiyyətləri
Əhali:
Əks fenotipləri olan valideynlərin nəsillərinin ayrılması.
məsələn, F2 nəsli, Backcrossing (BC), Rekombinant inbred xətt (RIL)
Qarışdırma hovuzu
Keyfiyyətli əlamətlər üçün: 30-50 fərd (minimum 20)/toplu
Kəmiyyət xüsusiyyətləri üçün: bütün populyasiyada ekstremal fenotipləri olan ilk 5%-10% fərdlər (minimum 30+30).
Tövsiyə olunan ardıcıllıq dərinliyi
Ən azı 20X/valideyn və 1X/övlad fərdi (məsələn, 30+30 fərdin nəslini qarışdırma hovuzu üçün, ardıcıllıq dərinliyi hər toplu üçün 30X olacaq)
Bioinformatika analizləri
● Bütün genomun təkrar sıralanması
● Məlumatların emalı
● SNP/Indel zəngi
● Namizədin regionunun yoxlanılması
● Namizəd gen funksiyası annotasiyası
Nümunə Tələbləri və Çatdırılma
Nümunə tələbləri:
Nukleotidlər:
| gDNT nümunəsi | Doku nümunəsi |
| Konsentrasiya: ≥30 ng/μl | Bitkilər: 1-2 q |
| Məbləğ: ≥2 μg (Həcmi ≥15 μl) | Heyvanlar: 0,5-1 q |
| Təmizlik: OD260/280= 1,6-2,5 | Tam qan: 1,5 ml |
Xidmət İş Akışı
Təcrübə dizaynı
Nümunə çatdırılması
RNT çıxarılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Satışdan sonrakı xidmətlər
1. Namizəd bölgəni müəyyən etmək üçün Evklid məsafəsi (ED) üzrə assosiasiya təhlili bazası.Aşağıdakı şəkildə
X oxu: Xromosom sayı;Hər bir nöqtə SNP-nin ED dəyərini təmsil edir.Qara xətt quraşdırılmış ED dəyərinə uyğundur.Daha yüksək ED dəyəri sayt və fenotip arasında daha əhəmiyyətli bir əlaqə olduğunu göstərir.Qırmızı tire xətti əhəmiyyətli birləşmənin astanasını təmsil edir.
2. SNP indeksinə əsaslanan assosiasiya təhlili
X oxu: Xromosom sayı;Hər bir nöqtə SNP indeksinin dəyərini təmsil edir.Qara xətt quraşdırılmış SNP indeksi dəyərini ifadə edir.Dəyər nə qədər böyükdürsə, birləşmə bir o qədər əhəmiyyətlidir.
BMK işi
Əsas effektli kəmiyyət əlaməti yeri Fnl7.1 xiyarda meyvə boyun uzunluğu ilə əlaqəli gec embriogenez bol proteini kodlayır.
Nəşr olundu: Bitki Biotexnologiyası Jurnalı, 2020
Ardıcıllıq strategiyası:
Valideynlər (Jin5-508, YN): 34 × və 20 × üçün bütün genomun təkrarlanması.
DNT hovuzları (50 uzun boyunlu və 50 qısa boyunlu): 61× və 52× üçün təkrar sıralama
Əsas nəticələr
Bu tədqiqatda uzun boyunlu xiyar xətti Jin5-508 və qısa boyunlu YN-ni keçmək yolu ilə ayrılan əhali (F2 və F2:3) yaradıldı.İki DNT hovuzu 50 həddindən artıq uzunboyunlu fərd və 50 həddindən artıq qısaboyunlu şəxs tərəfindən qurulmuşdur.Böyük effektli QTL Chr07-də BSA analizi və ənənəvi QTL xəritəsi ilə müəyyən edilib.Namizəd bölgə incə xəritəçəkmə, gen ifadəsinin kəmiyyətinin müəyyən edilməsi və transgenik təcrübələr vasitəsilə daha da daraldıldı ki, bu da boyun uzunluğuna nəzarət edən əsas geni aşkar etdi, CsFnl7.1.Bundan əlavə, CsFnl7.1 promotor bölgəsindəki polimorfizmin müvafiq ifadə ilə əlaqəli olduğu aşkar edilmişdir.Əlavə filogenetik təhlillər Fnl7.1 lokunun Hindistandan gəlmə ehtimalının yüksək olduğunu göstərdi.
 Xiyar boyun uzunluğu ilə əlaqəli namizəd bölgəni müəyyən etmək üçün BSA analizində QTL-mapping |  Chr07-də müəyyən edilmiş xiyar boyun uzunluğu QTL-nin LOD profilləri |
Xu, X. və başqaları.“Fnl7.1 əsas effektli kəmiyyət əlaməti lokus xiyarda meyvə boyun uzunluğu ilə əlaqəli gec embriogenez bol proteini kodlayır.”Bitki Biotexnologiyası Jurnalı 18.7(2020).
