Məhsullar

Tam uzunluqlu mRNT ardıcıllığı -PacBio

De novokimi də tanınan tam uzunluqlu transkriptom ardıcıllığıDe novoIso-Seq oxunuş uzunluğunda PacBio sequencer-in üstünlüklərindən istifadə edir ki, bu da tam uzunluqlu cDNT molekullarının heç bir fasiləsiz ardıcıllığını təmin edir.Bu, transkript yığma addımlarında yaranan hər hansı səhvlərdən tamamilə qaçınır və izoform səviyyəli qətnamə ilə unigen dəstləri qurur.Bu unigen dəstləri transkriptom səviyyəsində “istinad genomu” kimi güclü genetik məlumat verir.Bundan əlavə, növbəti nəsil ardıcıllıq məlumatları ilə birləşərək, bu xidmət izoform səviyyəli ifadənin dəqiq kəmiyyətini təmin edir.

Platforma: PacBio Sequel II

Kitabxana: SMRT zəng kitabxanası

Bizimlə əlaqə saxlayın

Xidmət Təfərrüatları

Demo nəticələri

Case Study

Xidmət Üstünlükləri

● Tam uzunluqlu cDNA molekulunun 3'- ucundan 5'- ucuna kimi birbaşa oxunması

● Ardıcıllıq strukturunda İzo-forma səviyyəli qətnamə

● Yüksək dəqiqlik və bütövlüklə transkriptlər

● Vaiours növlərinə yüksək uyğunluq

● Təchiz edilmiş 4 PacBio Sequel II ardıcıllıq platforması ilə böyük ardıcıllıq qabiliyyəti

● 700-dən çox Pacbio əsaslı RNT ardıcıllığı layihələrində yüksək təcrübəyə malikdir

● BMKCloud-a əsaslanan nəticənin çatdırılması: Platformada fərdiləşdirilmiş məlumatların öyrənilməsi mövcuddur.

● Satışdan sonrakı xidmətlər layihənin tamamlanmasından sonra 3 ay müddətində etibarlıdır

Xidmət Xüsusiyyətləri

Platforma: PacBio Sequel II

Ardıcıllıq kitabxanası: Poli A ilə zənginləşdirilmiş mRNA kitabxanası

Tövsiyə olunan məlumat məhsuldarlığı: 20 Gb/nümunə (növlərdən asılı olaraq)

FLNC（%）: ≥75%

*FLNC: Tam uzunluqlu qeyri-kimerik transkriptlər

Bioinformatika analizləri

● Xam məlumatların emalı

● Transkript identifikasiyası

● Ardıcıllıq strukturu

● İfadə Kəmiyyəti

● Funksiya Annotasiyası

Nümunə Tələbləri və Çatdırılma

Nümunə tələbləri:

Nukleotidlər:

Kons.(ng/μl)

Məbləğ (μg)

Saflıq

Dürüstlük

≥ 120

≥ 0,6

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Zülal və ya DNT ilə çirklənmə məhduddur və ya yoxdur.

Bitkilər üçün: RIN≥7,5;

Heyvanlar üçün: RIN≥8.0;

5,0≥ 28S/18S≥1,0;

məhdud və ya əsas yüksəklik yoxdur

Toxuma: Çəki (quru):≥1 q
*5 mq-dan kiçik toxumalar üçün flaş dondurulmuş (maye azotda) toxuma nümunəsi göndərməyi tövsiyə edirik.

Hüceyrə suspenziyası:Hüceyrə sayı = 3×10⁶- 1×10⁷
*Biz dondurulmuş hüceyrə lizatını göndərməyi tövsiyə edirik.Bu hüceyrənin sayı 5×10-dan kiçik olduqda⁵, mikro ekstraksiya üçün üstünlük verilən maye azotda dondurulmuş flaş tövsiyə olunur.

Qan nümunələri:Həcmi≥1 mL

Mikroorqanizm:Kütləsi ≥ 1 g

Tövsiyə olunan Nümunə Çatdırılma

Konteyner:
2 ml sentrifuqa borusu (qalay folqa tövsiyə edilmir)
Nümunə etiketləmə: Qrup+təkrar, məsələn, A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Göndərmə:

1. Quru buz: Nümunələr torbalara yığılmalı və quru buzda basdırılmalıdır.
2. RNT-stabil borular: RNT nümunələri RNT stabilizasiya borusunda (məsələn, RNAstable®) qurudula və otaq temperaturunda göndərilə bilər.

Xidmət İş Akışı

Təcrübə dizaynı

Nümunə çatdırılması

RNT çıxarılması

Kitabxana tikintisi

Sıralama

Məlumatların təhlili

Satışdan sonrakı xidmətlər

Əvvəlki: Eukaryotik mRNT Sequencing-Illumina

Sonrakı: Tam uzunluqlu mRNT ardıcıllığı-nanopor

1.FLNC uzunluğunun paylanması

Tam uzunluqlu qeyri-kimerik oxunuşun (FLNC) uzunluğu kitabxana quruluşunda cDNA uzunluğunu göstərir.FLNC uzunluğu bölgüsü kitabxana tikintisinin keyfiyyətinin qiymətləndirilməsində mühüm göstəricidir.

mRNA-FLNC-oxumaq uzunluğunun paylanması

FLNC oxu uzunluğu paylanması

2. Tam ORF regionunun uzunluğu paylanması

Biz bütün nümunələrdə tam lazımsız transkript məlumatı olan unigen dəstləri yaratmaq üçün zülal kodlaşdırma bölgələrini və müvafiq amin turşusu ardıcıllığını proqnozlaşdırmaq üçün TransDekoderdən istifadə edirik.

mRNA-Tam-ORF-uzunluğu-paylanması

Tam ORF bölgəsinin uzunluğu paylanması

3.KEGG yolunun zənginləşdirilməsi təhlili

Diferensial şəkildə ifadə edilmiş transkriptlər (DETs) PacBio ardıcıllıq məlumatları tərəfindən yaradılan tam uzunluqlu transkript dəstlərində NGS əsaslı RNT ardıcıllığı məlumatlarını uyğunlaşdırmaqla müəyyən edilə bilər.Bu DET-lər müxtəlif funksional analizlər üçün, məsələn, KEGG yolunun zənginləşdirilməsi təhlili üçün daha da işlənə bilər.

mRNA-DEG-KEGG-yol zənginləşdirmə

DET KEGG yolunun zənginləşdirilməsi -Nöqtə süjeti

BMK işi

Populus kök transkriptomunun inkişaf dinamikası

Nəşr olundu: Bitki Biotexnologiyası Jurnalı, 2019

Ardıcıllıq strategiyası:
Nümunə kolleksiyası:kök bölgələri: Nanlin895-dən zirvə, birinci internod(IN1), ikinci internode(IN2), üçüncü internode(IN3), internode(IN4) və internode(IN5)
NGS ardıcıllığı:15 fərdin RNT-si bir bioloji nümunə kimi birləşdirildi.Hər bir nöqtənin üç bioloji təkrarı NGS ardıcıllığı üçün işlənmişdir
TGS ardıcıllığı:Kök bölgələri üç bölgəyə bölündü, yəni apex, IN1-IN3 və IN4-IN5.Hər bir bölgə dörd növ kitabxana ilə PacBio ardıcıllığı üçün işlənmişdir: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb və 3-10 kb.

Əsas nəticələr

1.Cəmi 87150 tammetrajlı transkript müəyyən edilmişdir ki, bunlarda 2081 yeni izoforma və 62058 yeni alternativ birləşdirilmiş izoforma müəyyən edilmişdir.
2.1187 lncRNA və 356 füzyon geni müəyyən edilmişdir.
3.İlkin böyümədən ikincili böyüməyə qədər 995 diferensial şəkildə ifadə olunan genlərdən 15838 diferensial ifadə edilmiş transkript müəyyən edilmişdir.Bütün DEG-lərdə 1216 transkripsiya faktoru olub, onların əksəriyyəti hələ bildirilməyib.
4.GO zənginləşdirmə analizi ilkin və ikincili böyümədə hüceyrələrin bölünməsi və oksidləşmə-reduksiya prosesinin əhəmiyyətini üzə çıxardı.