BMKCloud Log in
条形banner-03

Məhsullar

DNT/RNT ardıcıllığı - PacBio Sequencer

PacBio ardıcıllıq platforması, Üçüncü Nəsil Sequencing (TGS) texnologiyalarından biri kimi də tanınan, uzun müddət oxunan ardıcıllıq platformasıdır.Əsas texnologiya, tək molekullu real vaxt (SMRT), onlarla kilo-baza uzunluğunda oxunuşların yaradılmasına imkan verir.“Sequencing-by-Synthesis” əsasında tək nukleotidin həlli Sıfır rejimli dalğa ötürücü (ZMW) ilə əldə edilir, burada yalnız alt hissədə (molekul sintez yeri) məhdud həcm işıqlandırılır.Bundan əlavə, SMRT ardıcıllığı NGS sistemində ardıcıllıqla xüsusi qərəzliliyin qarşısını alır, belə ki, kitabxananın qurulması prosesində PCR gücləndirmə addımlarının əksəriyyəti tələb olunmur.

 

Platforma: Sequel II, Revio


Xidmət Təfərrüatları

Demo nəticələri

Xüsusiyyətləri

PacBio sequencer-də iki ardıcıllıq rejimi: Davamlı Uzun Oxu (CLR) və Dairəvi Konsensus Oxuması (CCS)

Sıralama rejimi Kitabxana ölçüsü Nəzəri məlumatlarMəhsuldarlıq (Hüceyrə Başına) Tək əsaslıDəqiqlik Tətbiqlər
CLR 20Kb, 30Kb və s. 80 Gb - 130 Gb təqribən.85% De novo, SV zəngi və s.
CCS 15-20 Kb

14 - 40 Gb/Hüceyrə (Növbəti II)

70 - 110 Gb/Cell (Revio)

Nümunələrdən asılıdır

təqribən.99% De novo, SNP/Indel/SV çağırışı, Iso-Seq,

Revio və Sequel II-nin performansının və xüsusiyyətlərinin müqayisəsi

Şərtlər

Davam II sistemi

Revio sistemi

Artırmaq

Daha yüksək sıxlıq

8 milyon ZMW

25 milyon ZMW

3x

Müstəqil mərhələlər

1

4

4x

Daha qısa iş vaxtları

30 saat

24 saat

1.25x

30X HiFi insan genomları / il

88

1300

1ümumi 5x

Xidmət Üstünlükləri

● Müxtəlif növlərlə minlərlə qapalı layihə ilə PacBio sıralama platformasında 8 ildən artıq təcrübə.

● Kifayət qədər ardıcıllıq ötürmə qabiliyyətini təmin etmək üçün ən son PacBio Sequencing platformaları, Revio ilə tam təchiz olunmuşdur.

● Daha sürətli dönüş vaxtı, daha yüksək məlumat məhsuldarlığı və daha dəqiq məlumat.

● PacBio əsaslı yüzlərlə yüksək təsirli nəşrlərdə iştirak etmişdir.

Nümunə tələbləri


Nümunə növü Məbləğ Konsentrasiya (Qubit®) Həcmi Saflıq Digərləri
Genomik DNT Data Tələbindən asılıdır ≥50 ng/μl ≥15μl OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230=1,8-2,5;
260 nm-də aydın zirvə,heç bir çirklənmə
Konsentrasiya Qubit və Qubit/Nanopor = 0,8-2,5 ilə ölçülməlidir.
Ümumi RNT ≥1.2μg ≥120 ng/μl ≥15μl OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5;heç bir çirklənmə

RIN dəyəri ≥7,5

5≥28S/18S≥1

 

Xidmət iş axını

nümunənin hazırlanması

Nümunə hazırlığı

Kitabxana Hazırlığı

Kitabxana tikintisi

Sıralama

Sıralama

Məlumatların təhlili

Məlumatların təhlili

Nümunə QC

Layihənin çatdırılması


  • Əvvəlki:
  • Sonrakı:

  • 1.Daxili məlumat gəliri

    63 CCS hüceyrəsindən əldə edilən məlumatlar (26 növdən)

    DATA-PacBio-CCS-15 Kb Orta Maks Min Median
    Gəlir - alt oxunuşlar (Gb) 421.12 544.27 221.38 426.58
    Yiled - CCS(Gb) 25.93 38.59 10.86 25.43
    Polimeraza N50 145,651 175,430 118,118 144,689
    Subreads N50 17,509 23,924 12,485 17,584
    CCS N50 14,490 19,034 9,876 14,747
    Orta uzunluq-Polimeraza 67,995 89,379 49,664 66,433
    Orta uzunluq-Subbreads 15,866 21,036 11,657 16,012
    Orta uzunluq-CCS 14,489 19,074 8,575 14,655

    16 CLR hüceyrəsindən əldə edilən məlumatlar (76 növdən)

    DATA-PacBio-CLR-30Kb Orta Maks Min Median
    Gəlir - alt oxunuşlar (Gb) 142.20 291.40 50.55 142.49
    Polimeraza N50 39,456 121,191 15,389 35,231
    Subreads N50 28,490 41,012 14,430 29,063
    Orta uzunluq-Polimeraza 22,063 48,886 8,747 21,555
    Orta uzunluq-Subbreads 17,720 27,225 8,293 17,779

    2.Data QC – DemoVerilən məlumatların statistik göstəriciləri

    Nümunə

    ccs Oxunan Say

    Ümumi ccs Əsasları (bp)

    ccs N50 oxuyur (bp)

    ccs Orta Uzunluq (bp)

    ccs Ən Uzun Oxuma (bp)

    subreads Əsaslar (bp)

    ccs dərəcəsi (%)

    PB_BMKxxx

    3,444,159

    54,164,122,586

    15,728

    15,726

    36,110

    863,326,330,465

    6.27

     

    sitat almaq

    Mesajınızı buraya yazın və bizə göndərin

    Mesajınızı bizə göndərin: