Tam uzunluqlu mRNT ardıcıllığı-nanopor
Xidmət Üstünlükləri
● Aşağı ardıcıllıq meyli
● Tam uzunluqlu cDNT molekullarının aşkarlanması
● Eyni sayda transkriptləri əhatə etmək üçün daha az məlumat tələb olunur
● gen başına çoxsaylı izoformların müəyyən edilməsi
● İzoforma səviyyəsində ifadənin kəmiyyətləşdirilməsi
Xidmət Xüsusiyyətləri
| Kitabxana | Platforma | Tövsiyə olunan məlumat gəliri (Gb) | Keyfiyyətə nəzarət |
| cDNA-PCR (Poly-A ilə zənginləşdirilmiş) | Nanopore PromethION P48 | 6 Gb/nümunə (növlərdən asılı olaraq) | Tam uzunluq nisbəti＞70% Orta keyfiyyət balı: Q10
|
Bioinformatika analizləri
●Xam məlumatların işlənməsi
● Transkript identifikasiyası
● Alternativ birləşmə
● Gen səviyyəsində və izoform səviyyəsində ifadənin kəmiyyəti
● Diferensial ifadə təhlili
● Funksiya annotasiyası və zənginləşdirilməsi (DEG və DET)
Nümunə Tələbləri və Çatdırılma
Nümunə tələbləri:
Nukleotidlər:
| Kons.(ng/μl) | Məbləğ (μg) | Saflıq | Dürüstlük |
| ≥ 100 | ≥ 0,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Zülal və ya DNT ilə çirklənmə məhduddur və ya yoxdur. | Bitkilər üçün: RIN≥7.0; Heyvanlar üçün: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; məhdud və ya əsas yüksəklik yoxdur |
Toxuma: Çəki (quru): ≥1 g
*5 mq-dan kiçik toxumalar üçün flaş dondurulmuş (maye azotda) toxuma nümunəsi göndərməyi tövsiyə edirik.
Hüceyrə suspenziyası: Hüceyrə sayı = 3×106- 1×107
*Biz dondurulmuş hüceyrə lizatını göndərməyi tövsiyə edirik.Bu hüceyrənin sayı 5×10-dan kiçik olduqda5, mikro ekstraksiya üçün üstünlük verilən maye azotda dondurulmuş flaş tövsiyə olunur.
Qan nümunələri: Həcmi≥1 ml
Tövsiyə olunan Nümunə Çatdırılma
Konteyner: 2 ml sentrifuqa borusu (qalay folqa tövsiyə edilmir)
Nümunə etiketləmə: Qrup+təkrar, məsələn, A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Göndərmə: 2、Quru buz: Nümunələr çantalara yığılmalı və quru buzda basdırılmalıdır.
- RNT-stabil borular: RNT nümunələri RNT stabilizasiya borusunda (məsələn, RNAstable®) qurudula və otaq temperaturunda göndərilə bilər.
Xidmət İş Akışı
Nukleotidlər:
Nümunə çatdırılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Satışdan sonrakı xidmətlər
Xidmət İş Akışı
Doku:
Təcrübə dizaynı
Nümunə çatdırılması
RNT çıxarılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Satışdan sonrakı xidmətlər
1.Diferensial ifadə təhlili -Vulkan süjeti
Diferensial ifadə analizi diferensial şəkildə ifadə olunan genləri (DEGs) müəyyən etmək üçün həm gen səviyyəsində, həm də diferensial şəkildə müəyyən etmək üçün izoform səviyyəsində işlənə bilər.
ifadəli transkriptlər (DETs)
2.İerarxik klasterləşmə istilik xəritəsi
3.Alternativ splicing identifikasiyası və təsnifatı
Astalavista tərəfindən beş növ alternativ birləşmə hadisəsi proqnozlaşdırıla bilər.
4.Alternativ poliadenilasiya (APA) hadisələrinin identifikasiyası və poli-A-dan yuxarı 50 bp-də Motif
BMK işi
Nanopor tam uzunluqlu transkriptom ardıcıllığı ilə alternativ splays identifikasiyası və izoform səviyyəli kəmiyyət
Nəşr olundu:Təbiət Əlaqələri, 2020
Ardıcıllıq strategiyası:
Qruplaşdırma: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(K700E mutasiyası);3. Normal B-hüceyrələri
Ardıcıllıq strategiyası: MinION 2D kitabxana ardıcıllığı, PromethION 1D kitabxana ardıcıllığı;eyni nümunələrdən qısa oxunuş məlumatları
Ardıcıllıq platforması: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;
Əsas nəticələr
1.İzoform səviyyəli Alternativ Splicing İdentifikasiyası
Uzun müddət oxunan ardıcıllıqlar mutant SF3B1-in identifikasiyasına imkan verirK700E-izoform səviyyəsində dəyişdirilmiş birləşmə yerləri.35 alternativ 3′SS və 10 alternativ 5′SS-nin SF3B1 arasında əhəmiyyətli dərəcədə diferensial şəkildə birləşdiyi aşkar edildi.K700Evə SF3B1WT.35 dəyişiklikdən 33-ü uzun müddət oxunan ardıcıllıqla yeni kəşf edildi.
2.İzoform səviyyəli Alternativ Qoşma kəmiyyəti
SF3B1-də intron tutma (IR) izoformalarının ifadəsiK700Evə SF3B1WTSF3B1-də İQ izoformalarının qlobal aşağı tənzimləməsini aşkar edən nanoporə ardıcıllığı əsasında kəmiyyəti müəyyən edilmişdir.K700E.
İstinad
Tang AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.Xroniki lenfositik lösemidə SF3B1 mutasiyasının tam uzunluqlu transkript xarakteristikası saxlanılan intronların [J] aşağı tənzimlənməsini aşkar edir.Təbiət Əlaqələri.
