Uzun kodlaşdırılmayan ardıcıllıq-Illumina
Xidmət Üstünlükləri
● Xidmət Üstünlükləri
● Hüceyrə və toxuma spesifik
● Xüsusi mərhələ dinamik ifadə dəyişikliyini ifadə edir və təqdim edir
● Zaman və məkan ifadəsinin dəqiq nümunələri
● mRNT məlumatları ilə birgə təhlil.
● BMKCloud-a əsaslanan nəticənin çatdırılması: Platformada fərdiləşdirilmiş məlumatların öyrənilməsi mövcuddur.
● Satışdan sonrakı xidmətlər layihənin tamamlanmasından sonra 3 ay müddətində etibarlıdır
Nümunə Tələbləri və Çatdırılma
| Kitabxana | Platforma | Tövsiyə olunan məlumatlar | Data QC |
| rRNA-nın tükənməsi | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Kons.(ng/μl) | Məbləğ (μg) | Saflıq | Dürüstlük |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Zülal və ya DNT ilə çirklənmə məhduddur və ya yoxdur. | Bitkilər üçün: RIN≥6,5; Heyvanlar üçün: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; məhdud və ya əsas yüksəklik yoxdur |
Nukleotidlər:
Toxuma: Çəki (quru): ≥1 g
*5 mq-dan kiçik toxumalar üçün flaş dondurulmuş (maye azotda) toxuma nümunəsi göndərməyi tövsiyə edirik.
Hüceyrə suspenziyası: Hüceyrə sayı = 3×107
*Biz dondurulmuş hüceyrə lizatını göndərməyi tövsiyə edirik.Bu hüceyrənin sayı 5×10-dan kiçik olduqda5, maye azotda dondurulmuş flaş tövsiyə olunur.
Qan nümunələri:
PA × genBloodRNATube;
6mLTRIzol və 2mL qan (TRIzol:Qan=3:1)
Tövsiyə olunan Nümunə Çatdırılma
Konteyner: 2 ml sentrifuqa borusu (qalay folqa tövsiyə edilmir)
Nümunə etiketləmə: Qrup+təkrar, məsələn, A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Göndərmə:
1.Quru buz: Nümunələr torbalara yığılmalı və quru buzda basdırılmalıdır.
2.RNAstabil borular: RNT nümunələri RNT stabilizasiya borusunda (məsələn, RNAstable®) qurudula və otaq temperaturunda göndərilə bilər.
Xidmət İş Akışı
Təcrübə dizaynı
Nümunə çatdırılması
RNT çıxarılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Satışdan sonrakı xidmətlər
Bioinformatika
1.LncRNA təsnifatı
Yuxarıdakı dörd proqram tərəfindən proqnozlaşdırılan LncRNA 4 kateqoriyaya bölündü: lincRNA, anti-sens-LncRNA, intronic-LncRNA;hissi-LncRNA.LncRNA təsnifatı aşağıdakı histoqramda göstərilmişdir.
LncRNA təsnifatı
2.DE-lncRNA zənginləşdirmə analizinin Cis-məqsədli genləri
ClusterProfiler bioloji proseslər, molekulyar funksiyalar və hüceyrə komponentləri baxımından diferensial şəkildə ifadə olunmuş lncRNA (DE-lncRNA)-nın cis-məqsədli genlərində GO zənginləşdirmə təhlilində istifadə edilmişdir.GO zənginləşdirmə təhlili bütün genomla müqayisədə DEG yönümlü əhəmiyyətli dərəcədə zənginləşdirilmiş GO şərtlərini müəyyən etmək üçün bir prosesdir.Zənginləşdirilmiş terminlər aşağıda göstərildiyi kimi histoqram, qabarcıq diaqramı və s. şəklində təqdim edilmişdir.
DE-lncRNA zənginləşdirmə analizinin Cis hədəfli genləri -Bubble chart
3. mRNT və lncRNA-nın uzunluğunu, ekzon nömrəsini, ORF və ifadə miqdarını müqayisə edərək, biz onların arasında struktur, ardıcıllıq və s. fərqləri başa düşə, həmçinin proqnozlaşdırdığımız yeni lncRNA-nın ümumi xüsusiyyətlərə uyğun olub-olmadığını yoxlaya bilərik.
BMK işi
KRAS-G12D mutasiyası və P53 nokautu olan siçan ağciyər adenokarsinomalarında tənzimlənməmiş lncRNA ifadə profili
Nəşr olundu:Hüceyrə və Molekulyar Tibb Jurnalı,2019
Ardıcıllıq strategiyası
İllumina
Nümunə kolleksiyası
NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) hüceyrələri və mənfi nəzarət (sh-Scr) hüceyrələri xüsusi bir viral infeksiyanın 6-cı günündə əldə edilmişdir.
Əsas nəticələr
Bu tədqiqat P53 nokautlu və KrasG12D mutasiyası olan siçan ağciyər adenokarsinomasında qeyri-bərabər ifadə olunmuş lncRNA-ları araşdırır.
1,6424 lncRNA diferensial şəkildə ifadə edildi (≥ 2 qat dəyişiklik, P <0,05).
2.Bütün 210 lncRNA(FC≥8) arasında 11 lncRNA-nın ifadəsi müvafiq olaraq P53, KRAS tərəfindən 33 lncRNA və birincil KP hüceyrələrində 13 lncRNA hipoksiya ilə tənzimlənirdi.
3.NONMMUT015812, siçan ağciyər adenokarsinomasında nəzərəçarpacaq dərəcədə yuxarı tənzimlənən və P53 yenidən ifadəsi ilə mənfi şəkildə tənzimlənir, hüceyrə funksiyasını təhlil etmək üçün aşkar edilmişdir.
4. NONMMUT015812-nin shRNA-lar tərəfindən yıxılması KP hüceyrələrinin proliferasiya və miqrasiya qabiliyyətlərini azaldır.NONMMUT015812 potensial onkogen idi.
 NONMMUT015812-knockdown KP hüceyrələrində diferensial şəkildə ifadə olunan genlərin KEGG yolunun təhlili |  NONMMUT015812-knockdown KP hüceyrələrində diferensial şəkildə ifadə olunan genlərin Gen Ontologiyası təhlili |
İstinad
KRAS-G12D mutasiyası və P53 nokautu [J] olan siçan ağciyər adenokarsinomalarında tənzimlənməmiş lncRNA ifadə profili.Hüceyrə və Molekulyar Tibb Jurnalı, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
