Metagenomik ardıcıllıq -NGS
Metagenom, ətraf mühit və insan metagenomları kimi qarışıq orqanizmlər cəmiyyətinin ümumi genetik materialının toplusudur. Tərkibində həm becərilə bilən, həm də becərilməyən mikroorqanizmlərin genomları var. NGS ilə ov tüfənginin metagenomik ardıcıllığı taksonomik profilləşdirmədən daha çoxunu təmin etməklə ekoloji nümunələrə daxil edilmiş bu mürəkkəb genomik landşaftların öyrənilməsinə imkan verir, həmçinin növlərin müxtəlifliyi, bolluq dinamikası və mürəkkəb populyasiya strukturları haqqında ətraflı məlumat verir. Taksonomik tədqiqatlardan əlavə, ov tüfəngi metagenomikası həm də kodlanmış genlərin və onların ekoloji proseslərdə ehtimal olunan rollarının araşdırılmasına imkan verən funksional genomik perspektiv təklif edir. Nəhayət, genetik elementlər və ətraf mühit faktorları arasında korrelyasiya şəbəkələrinin yaradılması mikrob icmaları və onların ekoloji fonları arasında mürəkkəb qarşılıqlı əlaqənin vahid başa düşülməsinə kömək edir. Yekun olaraq, metagenomik ardıcıllıq müxtəlif mikrob icmalarının genomik incəliklərini açmaq, bu mürəkkəb ekosistemlər daxilində genetika və ekologiya arasında çoxşaxəli əlaqələri işıqlandırmaq üçün əsas vasitə kimi dayanır.
Platformalar: Illumina NovaSeq və DNBSEQ-T7
Xidmət Üstünlükləri
●Mikrob İcmasının Profilinin Təsdiqlənməsi üçün İzolyasiya və Becərilməsiz Metod: Becərilməyən orqanizmlərdən genetik materialın ardıcıllığını təmin etmək.
●Yüksək qətnamə: Ətraf mühit nümunələrində az bol olan növləri aşkar edin.
●Hərtərəfli Bioinformatika Analizi:Təkcə taksonomik müxtəlifliyə deyil, həm də cəmiyyətin funksional müxtəlifliyinə diqqət yetirir.
●Geniş Təcrübə:Müxtəlif tədqiqat sahələrində çoxsaylı metagenomik layihələri uğurla bağlamaq və 200.000-dən çox nümunəni emal etmək təcrübəsi ilə komandamız hər bir layihəyə zəngin təcrübə gətirir.
Xidmət Xüsusiyyətləri
| Sıralama platforması | Ardıcıllıq Strategiyası | Məlumat tövsiyə olunur | Keyfiyyətə nəzarət |
| Illumina NovaSeq və ya DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Gb | Q30≥85% |
Xidmət Tələbləri
| Konsentrasiya (ng/µL) | Ümumi məbləğ (ng) | Həcm (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Torpaq/lil: 2-3g
● Bağırsaq məzmunu-heyvan: 0,5-2q
● Bağırsaq tərkibi-həşərat: 0,1-0,25q
● Bitki səthi (zənginləşdirilmiş çöküntü): 0,5-1q
● Fermentasiya bulyonu zənginləşdirilmiş çöküntü): 0,2-0,5 q
● Nəcis (iri heyvanlar): 0,5-2 q
● Nəcis (siçan): 3-5 dənə
● Ağciyər alveolyar yuyulması mayesi: filtr kağızı
● Vaginal tampon: 5-6 tampon
● Dəri/genital tampon/tüpürcək/ağızın yumşaq toxuması/faringeal tampon/rektal tampon: 2-3 tampon
● Səth mikroorqanizmi: 5-6 tampon
● Su hövzəsi/hava/biofilm: filtr kağızı
● Endofitlər: 2-3q
● Diş lövhəsi: 0,5-1 q
Xidmət İş Akışı
Nümunə çatdırılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Satış sonrası xidmətlər
Aşağıdakı təhlili ehtiva edir:
● Məlumatların keyfiyyətinə nəzarətin ardıcıllığı
● Metagenomların yığılması və genlərin proqnozlaşdırılması
● Gen annotasiyası
● Taksonomik alfa müxtəlifliyinin təhlili
● İcmanın funksional təhlili: bioloji funksiya, metabolik, antibiotik müqaviməti
● Həm funksional, həm də taksonomik müxtəliflik üzrə təhlil:
Beta müxtəliflik təhlili
Qruplararası təhlil
Korrelyasiya təhlili: ətraf mühit amilləri ilə OUT tərkibi və müxtəlifliyi arasında
Funksional analiz: CARD antibiotik müqaviməti
KEGG metabolik yollarının diferensial təhlili: əhəmiyyətli yolların istilik xəritəsi
Taksonomik paylanmanın alfa müxtəlifliyi: ACE indeksi
Taksonomik paylanmanın beta müxtəlifliyi: PCoA
Seçilmiş nəşrlər toplusu vasitəsilə BMKGene-nin Illumina ilə metagenom ardıcıllığı xidmətləri ilə asanlaşdırılan irəliləyişləri araşdırın.
Hai, Q. və b. (2023) 'Müxtəlif mədəniyyət su temperaturlarında infeksion hematopoetik nekroz virusu ilə yoluxmuş göy qurşağı alabalığının (Oncorhynchus mykiss) bağırsaq tərkibindəki dəyişikliklərin metagenomik və metabolomik təhlili',Mikrobiologiyada sərhədlər, 14, səh. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Müxtəlif trofik dövlətlərin şəhər göllərində mikrob icmaları, müqavimət genləri və müqavimət riskləri: Daxili əlaqələr və xarici təsirlər',Journal of Hazardous Materials Advances, 9, s. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Metagenomik Təhlil Qoyun Rumeninin Maye ilə Əlaqəli və Bərk Əlaqəli Mikroorqanizmlər Arasındakı Tərkibində və Funksiyasında Fərqləri aşkar etdi',Mikrobiologiyada sərhədlər, 13, səh. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Obese Ningxiang donuzlarından əldə edilən mikrobiota yağsız DLY donuzlarında əzələ yağ turşusunun çökməsini təşviq etmək üçün karnitin metabolizmasını bərpa edir',Yenilik, 4(5), səh. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. və başqaları. (2023) 'Haihe Estuarinin yuxarı və aşağı axınlarında təmsil olunan bio/parçalanmayan plastik və qeyri-plastik zibilin potensial risklərinə dair metagenomik anlayışlar, Çin',Ümumi Ətraf Mühit Elmi, 887, s. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
