Metagenomik ardıcıllıq -NGS
Xidmət Üstünlükləri
● Mikrob icmasının profilini çıxarmaq üçün izolyasiya və becərilməz
● Ətraf mühit nümunələrində az bol olan növlərin aşkar edilməsində yüksək dəqiqlik
● “Meta-” ideyası bütün bioloji xüsusiyyətləri funksional səviyyədə, növ səviyyəsində və gen səviyyəsində birləşdirir ki, bu da reallığa daha yaxın olan dinamik mənzərəni əks etdirir.
● BMK 10.000-dən çox nümunə ilə müxtəlif nümunə növləri üzrə böyük təcrübə toplayır.
Xidmət Xüsusiyyətləri
| Platforma | Sıralama | Tövsiyə olunan məlumatlar | Dönmə vaxtı |
| Illumina NovaSeq Platforması | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 iş günü |
Bioinformatika analizləri
● Xam məlumatların keyfiyyətinə nəzarət
● Metagenom montajı
● Qeyri-ehtiyatsız gen dəsti və annotasiya
● Növlərin müxtəlifliyinin təhlili
● Genetik funksiyaların müxtəlifliyinin təhlili
● Qruplararası təhlil
● Eksperimental amillərə qarşı assosiasiya təhlili
Nümunə Tələbləri və Çatdırılma
Nümunə tələbləri:
üçünDNT ekstraktları:
| Nümunə növü | Məbləğ | Konsentrasiya | Saflıq |
| DNT ekstraktları | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Ətraf mühit nümunələri üçün:
| Nümunə növü | Tövsiyə olunan nümunə götürmə proseduru |
| Torpaq | Nümunə miqdarı: təqribən.5 q;Qalan qurumuş maddə səthdən çıxarılmalıdır;Böyük parçaları doğrayın və 2 mm filtrdən keçirin;Rezervasiya üçün steril EP-boru və ya cyrotubda aliquot nümunələri. |
| Nəcis | Nümunə miqdarı: təqribən.5 q;Rezervasiya üçün steril EP-boru və ya kriotubedə nümunələri toplayın və alikvotlayın. |
| Bağırsaq məzmunu | Nümunələr aseptik şəraitdə emal edilməlidir.Toplanmış toxumaları PBS ilə yuyun;PBS-ni sentrifuqa edin və çöküntünü EP borularında toplayın. |
| Şlam | Nümunə miqdarı: təqribən.5 q;Şlam nümunəsini rezervasiya üçün steril EP-boruda və ya kriotubda toplayın və hissəciklər alın |
| Su obyekti | Kran suyu, quyu suyu və s. kimi məhdud miqdarda mikrob olan nümunə üçün ən azı 1 L su toplayın və membrandakı mikrobi zənginləşdirmək üçün 0,22 μm filtrdən keçirin.Membranı steril boruda saxlayın. |
| Dəri | Dərinin səthini steril pambıq çubuq və ya cərrahi bıçaqla diqqətlə qırın və steril boruya qoyun. |
Tövsiyə olunan Nümunə Çatdırılması
Nümunələri maye azotda 3-4 saat dondurun və maye azotda və ya -80 dərəcədən uzunmüddətli rezervasiyada saxlayın.Quru buz ilə nümunə göndərmə tələb olunur.
Xidmət İş Akışı
Nümunə çatdırılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Satış sonrası xidmətlər
1.Histoqram: Növlərin paylanması
2. KEGG metabolik yollarına şərh edilmiş funksional genlər
3.İstilik xəritəsi: Nisbi gen bolluğuna əsaslanan diferensial funksiyalar
4.CARD antibiotik müqavimət genlərinin sirkləri
BMK işi
Torpaq-mangrov kök davamlılığı boyunca antibiotik müqavimət genlərinin və bakterial patogenlərin yayılması
Nəşr olundu:Təhlükəli Materiallar Jurnalı, 2021
Ardıcıllıq strategiyası:
Materiallar: Mangrov kökü ilə əlaqəli nümunələrin dörd fraqmentinin DNT ekstraktları: əkilməmiş torpaq, rizosfer, episfer və endosfer bölmələri
Platforma: Illumina HiSeq 2500
Hədəflər: Metagenom
16S rRNA geni V3-V4 bölgəsi
Əsas nəticələr
Antibiotik müqavimət genlərinin (ARG) torpaqdan bitkilərə yayılmasının öyrənilməsi məqsədilə manqrov tinglərinin torpaq-kök kontinuumunda metagenomik ardıcıllıq və metabarkodlama profili işlənmişdir.Metagenomik məlumatlar göstərdi ki, antibiotik müqavimət genlərinin 91,4%-i yuxarıda qeyd olunan dörd torpaq bölməsinin hamısında müəyyən edilib və bu, davamlı bir moda nümayiş etdirir.16S rRNA amplikon ardıcıllığı 346 növü təmsil edən 29,285 ardıcıllıq yaratdı.Amplikon ardıcıllığı ilə növlərin profilləşdirilməsi ilə birləşərək, bu yayılmanın köklə əlaqəli mikrobiotadan asılı olmadığı aşkar edildi, lakin bu, genetik elementlərin mobilliyi ilə asanlaşdırıla bilər.Bu tədqiqat qarşılıqlı əlaqəli torpaq-kök kontinuumu vasitəsilə torpaqdan bitkilərə ARG və patogenlərin axını müəyyən etdi.
İstinad
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L..(2020).Torpaq-mangrov kök davamlılığı boyunca antibiotik müqavimət genlərinin və bakterial patogenlərin yayılması.Təhlükəli Materiallar Jurnalı, 408, 124985.
