Bitki/Heyvan De Novo Genom Sıralaması
Xidmət Üstünlükləri
Sekvensiya platformalarının və bioinformatikanın inkişafıde novogenom yığıncağı
(Amarasinghe SL və başqaları,Genom Biologiyası, 2020)
● Yeni genomların qurulması və maraq doğuran növlər üçün mövcud istinad genomlarının təkmilləşdirilməsi.
● Montajda daha yüksək dəqiqlik, davamlılıq və tamlıq
● Ardıcıllıq polimorfizmi, QTL-lər, gen redaktəsi, seleksiya və s.-də tədqiqat üçün fundamental resursun qurulması.
● Üçüncü nəsil sekvensiya platformalarının tam spektri ilə təchiz olunub: bir pəncərəli genom montaj həlli
● Fərqli xüsusiyyətlərə malik müxtəlif genomları yerinə yetirən çevik ardıcıllıq və montaj strategiyaları
● Poliploidlər, nəhəng genomlar və s. daxil olmaqla mürəkkəb genom birləşmələrində böyük təcrübəyə malik yüksək ixtisaslı bioinformatika komandası.
● 900-dən çox yığılmış dərc edilmiş təsir faktoru ilə 100-dən çox uğurlu iş
● Xromosom səviyyəli genom yığılması üçün 3 aya qədər tez çevrilmə müddəti.
● Həm eksperimental, həm də bioinformatika sahəsində bir sıra patentlər və proqram müəllif hüquqları ilə möhkəm texniki dəstək.
Xidmət Xüsusiyyətləri
|
Məzmun
|
Platforma
|
Oxu Uzunluğu
|
Əhatə dairəsi
|
| Genom sorğusu
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genom ardıcıllığı
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi oxuyur
| ≥ 30X
|
| Salam C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
İş axını
Nümunə Tələbləri və Çatdırılma
Nümunə tələbləri:
| Növlər | Doku | PacBio üçün | Nanopore üçün |
| Heyvanlar | Visseral orqanlar (qaraciyər, dalaq və s.) | ≥ 1,0 q | ≥ 3,5 q |
| Əzələ | ≥ 1,5 q | ≥ 5,0 q | |
| Məməlilərin qanı | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Balıqların və ya quşların qanı | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Bitkilər | Təzə yarpaqlar | ≥ 1,5 q | ≥ 5,0 q |
| Ləçək və ya gövdəsi | ≥ 3,5 q | ≥ 10,0 q | |
| Köklər və ya toxumlar | ≥ 7,0 q | ≥ 20,0 q | |
| Hüceyrələr | Hüceyrə mədəniyyəti | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Tövsiyə olunan Nümunə Çatdırılması
Konteyner: 2 ml sentrifuqa borusu (qalay folqa tövsiyə edilmir)
Əksər nümunələr üçün etanolda saxlamamağı tövsiyə edirik.
Nümunələrin etiketlənməsi: Nümunələr aydın şəkildə etiketlənməlidir və təqdim edilmiş nümunə məlumat forması ilə eyni olmalıdır.
Göndərmə: Quru buz: Nümunələr əvvəlcə torbalara yığılmalı və quru buzda basdırılmalıdır.
Xidmət İş Akışı
Təcrübə dizaynı
Nümunə çatdırılması
DNT çıxarılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Satış sonrası xidmətlər
*Burada göstərilən demo nəticələrinin hamısı Biomarker Technologies ilə nəşr olunan genomlardandır
1.Circos on xromosom səviyyəli genom montajıG. rotundifoliumNanopore sıralama platforması ilə
Wang M et al.,Molekulyar Biologiya və Təkamül, 2021
2. Weining çovdar genomunun yığılması və annotasiyasının statistikası
Li G və başqaları,Təbiət Genetikası, 2021
3. Gen proqnozuSechium eduleüç proqnozlaşdırma metodundan əldə edilən genom:De novoproqnozlaşdırma, Homologiyaya əsaslanan proqnoz və RNT-Seq məlumatlarına əsaslanan proqnoz
Fu A və başqaları,Bağçılıq Tədqiqatı, 2021
4.Üç pambıq genomunda bütöv uzun terminal təkrarlarının müəyyən edilməsi
Wang M et al.,Molekulyar Biologiya və Təkamül, 2021
5.Hi-C istilik xəritəsiC. acuminatagenom boyu hərtərəfli qarşılıqlı əlaqəni göstərən genom.Hi-C qarşılıqlı təsirlərinin intensivliyi kontiglər arasındakı xətti məsafəyə mütənasibdir.Bu istilik xəritəsindəki təmiz düz xətt xromosomlarda kontiglərin yüksək dəqiqliklə bağlandığını göstərir.(Contig ankraj nisbəti: 96.03%)
kang M et al.,Təbiət Əlaqələri,2021
BMK işi
Yüksək keyfiyyətli genom məclisi çovdarın genomik xüsusiyyətlərini və aqronomik cəhətdən vacib genləri vurğulayır
Nəşr olundu: Təbiət Genetikası, 2021
Ardıcıllıq strategiyası:
Genom yığımı: 20 kb kitabxana ilə PacBio CLR rejimi (497 Gb, təqribən 63×)
Ardıcıllığın düzəldilməsi: Illumina platformasında 270 bp DNT kitabxanası (430 Gb, təqribən 54×) ilə NGS
Contigs ankrajı: Illumina platformasında Hi-C kitabxanası (560 Gb, təqribən 71×)
Optik xəritə: (779,55 Gb, təqribən 99×) Bionano Irys-də
Əsas nəticələr
1. Weining çovdar genomunun ümumi genom ölçüsü 7,74 Gb (axın sitometriyası ilə təxmin edilən genom ölçüsünün 98,74%-i) ilə nəşr olundu.Bu montajın iskele N50 1,04 Gb əldə etdi.Kontiglərin 93,67%-i 7 psevdoxromosomda uğurla bağlandı.Bu məclis əlaqə xəritəsi, LAI və BUSCO ilə qiymətləndirildi və bu, bütün qiymətləndirmələrdə yüksək ballarla nəticələndi.
2. Bu genom əsasında müqayisəli genomika, genetik əlaqə xəritəsi, transkriptomika üzrə əlavə tədqiqatlar aparılmışdır.Genom miqyasında gen təkrarlanması və onların nişasta biosintezi genlərinə təsiri də daxil olmaqla, bir sıra əlamətlərlə əlaqəli genomik xüsusiyyətlər aşkar edilmişdir;mürəkkəb prolamin lokuslarının fiziki təşkili, erkən başlıq əlamətinin əsasını təşkil edən gen ifadəsi xüsusiyyətləri və çovdarda əhliləşdirmə ilə əlaqəli xromosom bölgələri və lokusları.
 Weining çovdar genomunun genomik xüsusiyyətlərinə dair sirkos diaqramı |  Çovdar genomunun təkamül və xromosom sintezi təhlili |
Li, G., Vanq, L., Yang, J.və b.Yüksək keyfiyyətli genom məclisi çovdarın genomik xüsusiyyətlərini və aqronomik cəhətdən vacib genləri vurğulayır.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
