Bitki/Heyvan bütöv genomunun ardıcıllığı
1.Xidmət Üstünlükləri
1000-dən çox növ üçün genom ardıcıllığı üzrə geniş təcrübə.
4000-dən çox yığılan impakt faktoru olan 800-dən çox dərc edilmiş hal.
Variasiya çağırışı və funksiya analizi üzrə hərtərəfli bioinformatika təhlili.
2. Xidmət Xüsusiyyətləri
| Platforma | Kitabxana | Tövsiyə olunan ardıcıllıq dərinliyi | |
| İllumina | PE 150 | SNP üçün InDel ≥ 10x çağırır SV üçün CNY zəngi ≥ 30x
| |
| Nanopor
| 8 kb | SV üçün, CNY zəngi ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | ≥ 10x zəng edən SNP, InDel, SV, CNY üçün |
3. Nümunə Tələbləri
| Platforma | Kons.(ng/μL)
| Məbləğ (ng)
| Saflıq
| Agaroz gel
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Əsas bandı yox və ya məhdud şəkildə silingel üzərində deqradasiya müşahidə edilir. 2. RNT və ya zülal çirklənməsi yoxdur və ya məhduddur
| ||||
| İllumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopor
| ≥30 | Verilən məlumatdan asılıdır 10μg / hüceyrə | 1.7-2.2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1.8-2.5 | ||
4. Bioinformasiya təhlili
5. Xidmətin İş axını
Nümunə çatdırılması
DNT çıxarılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Məlumatların çatdırılması
1) Genom Xəritəçəkmə Statistikası
Cədvəl 1 Xəritəçəkmə nəticəsinin statistikası
Şəkil 1 Daxiletmə ölçüsünün və oxunuşların əhatə dairəsinin paylanması.
2) Dəyişikliklərin aşkarlanması
Şəkil 2 Nümunələr arasında SNP/INDEL/SV statistikası və annotasiyası
Şəkil 3 Vatiasiyaların genom üzrə paylanması
3) Variasiyaların funksional annotasiyası
| 2019 | Təbiət rabitəsi | Bütün genomun təkrar ardıcıllığı Brassica napus mənşəyini və onun təkmilləşdirilməsində iştirak edən genetik lokusları ortaya qoyur |
| 2020 | PNAS | Qızıl balıqların (Carassius auratus) təkamül mənşəyi və əhliləşdirmə tarixi |
| 2021 | Bitki Biotexnologiyası Jurnalı | İki becərilən jüt növünün istinad genomları |
| 2021 | Bitki Biotexnologiyası Jurnalı | Bitki və yağlı allopoliploid Brassicajuncea-nın genomik imzaları və qlükozinolatların yığılmasına nəzarət edən genetik lokuslar |
| 2019 | Molekulyar Bitki | Dünya miqyasında kolza birləşmələrinin kolleksiyasının bütöv genomunun təkrar ardıcıllığı onların ekotip fərqliliyinin genetik əsasını aşkar edir |
| 2022 | Bağçılıq Tədqiqatı | Genom miqyaslı assosiasiya analizi qarpız toxumunun ölçüsünün təbii dəyişməsinə dair molekulyar anlayışlar təmin edir. |
| 2021 | Eksperimental Botanika Jurnalı | Genom miqyaslı assosiasiya araşdırması pambıqda soyuq tolerantlıq verən GhSAD1 variantlarını müəyyən edir |
| 2021 | Eksperimental Botanika Jurnalı | Genom miqyaslı assosiasiya tədqiqi və transkriptom müqayisəsi kolza toxumunda ləçək ölçüsünü idarə edən yeni QTL və namizəd genlərini ortaya qoyur. |
