-
Metagenomik ardıcıllıq -NGS
Metagenom, ətraf mühit və insan metagenomları kimi qarışıq orqanizmlər cəmiyyətinin ümumi genetik materialının toplusudur. Tərkibində həm becərilə bilən, həm də becərilməyən mikroorqanizmlərin genomları var. NGS ilə ov tüfənginin metagenomik ardıcıllığı taksonomik profilləşdirmədən daha çoxunu təmin etməklə ekoloji nümunələrə daxil edilmiş bu mürəkkəb genomik landşaftların öyrənilməsinə imkan verir, həmçinin növlərin müxtəlifliyi, bolluq dinamikası və mürəkkəb populyasiya strukturları haqqında ətraflı məlumat verir. Taksonomik tədqiqatlardan əlavə, ov tüfəngi metagenomikası həm də kodlanmış genlərin və onların ekoloji proseslərdə ehtimal olunan rollarının araşdırılmasına imkan verən funksional genomik perspektiv təklif edir. Nəhayət, genetik elementlər və ətraf mühit faktorları arasında korrelyasiya şəbəkələrinin yaradılması mikrob icmaları və onların ekoloji fonları arasında mürəkkəb qarşılıqlı əlaqənin vahid başa düşülməsinə kömək edir. Yekun olaraq, metagenomik ardıcıllıq müxtəlif mikrob icmalarının genomik incəliklərini açmaq, bu mürəkkəb ekosistemlər daxilində genetika və ekologiya arasında çoxşaxəli əlaqələri işıqlandırmaq üçün əsas vasitə kimi dayanır.
Platformalar: Illumina NovaSeq və DNBSEQ-T7
-
Metagenomik ardıcıllıq-TGS
Metagenom, ətraf mühit və insan metagenomları kimi qarışıq orqanizmlər cəmiyyətinin genetik materialının toplusudur. Tərkibində həm becərilə bilən, həm də becərilməyən mikroorqanizmlərin genomları var. Metagenomik ardıcıllıq, taksonomik profilləşdirmədən daha çoxunu təmin etməklə ekoloji nümunələrə daxil edilmiş bu mürəkkəb genomik mənzərələrin öyrənilməsinə imkan verir. O, həmçinin kodlanmış genləri və onların ətraf mühit proseslərində ehtimal olunan rollarını araşdıraraq funksional genomik perspektiv təklif edir. Illumina ardıcıllığı ilə ənənəvi ov tüfəngi yanaşmaları metagenomik tədqiqatlarda geniş istifadə olunsa da, Nanopore və PacBio uzun müddət oxunan ardıcıllığın yaranması sahəni dəyişdi. Nanopore və PacBio texnologiyası aşağı axın bioinformatika analizlərini, xüsusən də metagenom birləşməsini təkmilləşdirir və daha davamlı birləşmələri təmin edir. Hesabatlar göstərir ki, Nanopore əsaslı və PacBio əsaslı metagenomika kompleks mikrobiomlardan tam və qapalı bakterial genomları uğurla yaradıb (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Nanopore oxunuşlarının Illumina oxunuşları ilə inteqrasiyası Nanopore-ə xas olan aşağı dəqiqliyi azaldaraq səhvlərin düzəldilməsi üçün strateji yanaşma təmin edir. Bu sinergetik birləşmə potensial məhdudiyyətləri aradan qaldırmaq və metagenomik analizlərin dəqiqliyini və etibarlılığını artırmaq üçün möhkəm həll təklif edərək, hər bir ardıcıllıq platformasının güclü tərəflərindən istifadə edir.
Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia və PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S və 18S rRNA genləri, Daxili Transkripsiya edilmiş Spacer (ITS) bölgəsi ilə birlikdə, yüksək dərəcədə qorunan və hiper-dəyişkən bölgələrin birləşməsinə görə əsas molekulyar barmaq izi markerləri kimi xidmət edir və onları prokaryotik və eukaryotik orqanizmləri xarakterizə etmək üçün əvəzolunmaz alətlər edir. Bu bölgələrin gücləndirilməsi və ardıcıllığı müxtəlif ekosistemlərdə mikrob tərkibini və müxtəlifliyini araşdırmaq üçün izolyasiyasız bir yanaşma təklif edir. Illumina ardıcıllığı adətən 16S və ITS1-in V3-V4 kimi qısa hiperdəyişən bölgələrini hədəfləsə də, 16S, 18S və ITS-in tam uzunluğunu ardıcıllaşdırmaqla üstün taksonomik annotasiyaya nail olmaq olar. Bu hərtərəfli yanaşma növlərin identifikasiyasına qədər uzanan həlledicilik səviyyəsinə nail olmaqla dəqiq təsnif edilmiş ardıcıllığın daha yüksək faizləri ilə nəticələnir. PacBio-nun Tək Molekullu Real-Time (SMRT) ardıcıllıq platforması, Illumina ardıcıllığının dəqiqliyi ilə rəqabət apararaq, tam uzunluqlu amplikonları əhatə edən yüksək dəqiqlikli uzun oxunuşlar (HiFi) təmin etməklə fərqlənir. Bu qabiliyyət tədqiqatçılara misilsiz bir üstünlük əldə etməyə imkan verir - genetik mənzərənin panoramik görünüşü. Geniş əhatə dairəsi, xüsusilə bakterial və ya göbələk icmaları daxilində növ annotasiyasındakı qətnaməni əhəmiyyətli dərəcədə artırır və mikrob populyasiyalarının incəliklərini daha dərindən başa düşməyə imkan verir.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Xüsusilə 16S, 18S və ITS genetik markerlərini hədəf alan Illumina texnologiyası ilə amplikon ardıcıllığı mikrob icmaları daxilində filogeniya, taksonomiya və növ bolluğunu açmaq üçün güclü üsuldur. Bu yanaşma ev təsərrüfatının genetik markerlərinin hiperdəyişən bölgələrinin ardıcıllığını nəzərdə tutur. Əvvəlcə molekulyar barmaq izi kimi təqdim edildiWoeses və başqaları1977-ci ildə bu texnika təcrid olunmayan analizlərə imkan verməklə mikrobiom profilinin yaradılmasında inqilab etdi. 16S (bakteriyalar), 18S (göbələklər) və Daxili Transkripsiya edilmiş Spacer (ITS, göbələklər) ardıcıllığı vasitəsilə tədqiqatçılar təkcə bol növləri deyil, həm də nadir və naməlum növlərini müəyyən edə bilirlər. Əsas alət kimi geniş şəkildə qəbul edilən amplikon ardıcıllığı müxtəlif mühitlərdə, o cümlədən insan ağzı, bağırsaqları, nəcis və başqa yerlərdə diferensial mikrob kompozisiyalarının müəyyən edilməsində mühüm rol oynamışdır.
-
Bakterial və göbələklərin bütün genomunun yenidən sıralanması
Bakterial və göbələk bütöv genomunun təkrar ardıcıllaşdırılması layihələri mikrob genomlarının tamamlanmasına və müqayisəsinə imkan verməklə mikrob genomikasının inkişafı üçün mühüm əhəmiyyət kəsb edir. Bu, fermentasiya mühəndisliyini, sənaye proseslərinin optimallaşdırılmasını və ikincil metabolizm yollarının araşdırılmasını asanlaşdırır. Bundan əlavə, göbələk və bakteriyanın təkrar ardıcıllığı ətraf mühitə uyğunlaşmanı başa düşmək, ştammları optimallaşdırmaq və tibb, kənd təsərrüfatı və ətraf mühit elmində geniş təsirləri olan genetik təkamül dinamikasını aşkar etmək üçün çox vacibdir.
-
Prokaryotik RNT ardıcıllığı
RNT ardıcıllığı, xüsusi şərtlər altında hüceyrələrdəki bütün RNT transkriptlərinin hərtərəfli profilini təmin edir. Bu qabaqcıl texnologiya mürəkkəb gen ifadə profillərini, gen strukturlarını və müxtəlif bioloji proseslərlə əlaqəli molekulyar mexanizmləri üzə çıxaran güclü bir vasitə kimi xidmət edir. Fundamental tədqiqatlarda, klinik diaqnostikada və dərmanların hazırlanmasında geniş şəkildə tətbiq edilən RNT ardıcıllığı hüceyrə dinamikası və genetik tənzimləmənin incəliklərinə dair fikirlər təklif edir. Bizim prokaryotik RNT nümunə emalımız prokaryotik transkriptomlar üçün uyğunlaşdırılmışdır, rRNT-nin tükənməsi və istiqamətli kitabxana hazırlığı daxildir.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Metatranskriptomun ardıcıllığı
Illumina ardıcıllıq texnologiyasından istifadə edərək, BMKGENE-nin metatranskriptom ardıcıllığı xidməti torpaq, su, dəniz, nəcis və bağırsaq kimi təbii mühitlərdə eukariotlardan prokariotlara və viruslara qədər müxtəlif mikrobların dinamik gen ifadəsini açır. Bizim hərtərəfli xidmətimiz tədqiqatçılara kompleks mikrob icmalarının tam gen ifadə profillərini araşdırmaq imkanı verir. Taksonomik analizdən başqa, metatranskriptom sıralama xidmətimiz funksional zənginləşdirmənin tədqiqini asanlaşdırır, diferensial şəkildə ifadə olunan genlərə və onların rollarına işıq salır. Bu müxtəlif ekoloji nişlər daxilində gen ifadəsinin, taksonomik müxtəlifliyin və funksional dinamikanın mürəkkəb mənzərələrində naviqasiya edərkən zəngin bioloji anlayışları kəşf edin.
-
De novo Mantar Genom Assambleyası
BMKGENE, müxtəlif tədqiqat ehtiyaclarını və arzu olunan genom tamlığını təmin edən, göbələk genomları üçün çox yönlü həllər təklif edir. Təkcə qısa oxunan Illumina ardıcıllığından istifadə qaralama genomun yaradılmasına imkan verir. Nanopore və ya Pacbio istifadə edərək qısa oxunuş və uzun müddət oxunan ardıcıllıq daha uzun kontiglərə malik daha zərif göbələk genomu üçün birləşdirilir. Üstəlik, Hi-C ardıcıllığının inteqrasiyası imkanları daha da artırır, tam xromosom səviyyəli genom əldə etməyə imkan verir.
-
De novo Bakterial Genom Assambleyası
Biz 0 boşluğa zəmanət verən tam bakterial genom montaj xidməti təqdim edirik. Bu, montaj üçün Nanopore və PacBio kimi uzun müddət oxunan ardıcıllaşdırma texnologiyalarını və montajın yoxlanılması və ONT oxunuşlarının xətalarının düzəldilməsi üçün Illumina ilə qısa oxunan ardıcıllığın inteqrasiyası ilə mümkündür. Xidmətimiz xüsusi tədqiqat məqsədlərini yerinə yetirərək montajdan, funksional annotasiyadan və qabaqcıl bioinformatik analizdən tam bioinformatik iş axını təmin edir. Bu xidmət müxtəlif genetik və genomik tədqiqatlar üçün dəqiq istinad genomlarının hazırlanmasına imkan verir. Bundan əlavə, o, elmi anlayışların və biotexnoloji innovasiyaların inkişafı üçün mühüm əhəmiyyət kəsb edən etibarlı və boşluqsuz genomik məlumatların təmin edilməsi, gərginliyin optimallaşdırılması, genetik mühəndisliyi və mikrob texnologiyasının inkişafı kimi tətbiqlər üçün əsas təşkil edir.
